More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1009 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1009  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 403 aa  827    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02330  tyrosyl-tRNA synthetase  62.44 
 
 		 403 aa  528  1e-149  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.083172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0588  tyrosyl-tRNA synthetase  63.03 
 
 		 403 aa  513  1e-144  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00683761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08370  tyrosyl-tRNA synthetase  60.85 
 
 		 405 aa  508  1e-143  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.464474 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  47.91 
 
 		 407 aa  409  1e-113  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 432 aa  406  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  51.87 
 
 		 404 aa  401  9.999999999999999e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 		 401 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  48.64 
 
 		 403 aa  396  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  48.52 
 
 		 403 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  45.95 
 
 		 406 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  48.02 
 
 		 400 aa  394  1e-108  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  48.15 
 
 		 403 aa  394  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  47.68 
 
 		 408 aa  388  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  45.91 
 
 		 413 aa  384  1e-105  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  46.31 
 
 		 404 aa  385  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  47.26 
 
 		 396 aa  380  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  45.43 
 
 		 403 aa  376  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  46.63 
 
 		 401 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  47.28 
 
 		 413 aa  374  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  45.19 
 
 		 407 aa  374  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  46.7 
 
 		 398 aa  372  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  45.81 
 
 		 403 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  48.28 
 
 		 395 aa  369  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 405 aa  367  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3822  tyrosyl-tRNA synthetase  44.55 
 
 		 404 aa  366  1e-100  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  44.96 
 
 		 395 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3069  tyrosyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 		 413 aa  365  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.498889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  45.14 
 
 		 401 aa  365  1e-100  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  46.75 
 
 		 392 aa  365  1e-99  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 		 413 aa  365  1e-99  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 		 405 aa  363  2e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1311  tyrosyl-tRNA synthetase  45.27 
 
 		 388 aa  364  2e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000763452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  47.51 
 
 		 399 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  43.9 
 
 		 398 aa  361  1e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  47.26 
 
 		 399 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  45.39 
 
 		 401 aa  360  3e-98  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  44.99 
 
 		 402 aa  360  3e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  44.96 
 
 		 412 aa  359  5e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  46.27 
 
 		 398 aa  358  8e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 398 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  44.84 
 
 		 398 aa  355  1e-96  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  46.27 
 
 		 399 aa  353  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  44.25 
 
 		 399 aa  353  2e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  43.64 
 
 		 400 aa  354  2e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0528  tyrosyl-tRNA synthetase  45.07 
 
 		 405 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.445418  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  44.28 
 
 		 400 aa  353  4e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 413 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 413 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 		 413 aa  352  7e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  45.91 
 
 		 398 aa  352  7e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  42.54 
 
 		 398 aa  352  1e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  45.04 
 
 		 392 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  44.53 
 
 		 398 aa  350  2e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 413 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  44.47 
 
 		 438 aa  350  2e-95  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 395 aa  350  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 		 413 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 		 404 aa  350  3e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  44.53 
 
 		 399 aa  350  3e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  44.53 
 
 		 399 aa  349  4e-95  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1161  tyrosyl-tRNA synthetase  46.06 
 
 		 402 aa  349  6e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  44.17 
 
 		 413 aa  349  6e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  43.56 
 
 		 406 aa  348  7e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  45.52 
 
 		 398 aa  348  8e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  43.67 
 
 		 410 aa  348  9e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0006  tyrosyl-tRNA synthetase  44.85 
 
 		 413 aa  348  9e-95  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.274156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  45.03 
 
 		 413 aa  348  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  43.92 
 
 		 413 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  43.39 
 
 		 414 aa  348  1e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 413 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  43.95 
 
 		 421 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  45.77 
 
 		 403 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  44.11 
 
 		 432 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  44.91 
 
 		 403 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1723  tyrosyl-tRNA synthetase  44.28 
 
 		 398 aa  347  2e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543628  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 416 aa  347  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 		 413 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 		 413 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 		 413 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 		 413 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 416 aa  346  3e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  46.81 
 
 		 399 aa  346  3e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 408 aa  346  4e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  43.18 
 
 		 399 aa  346  4e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  42.36 
 
 		 421 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  43.42 
 
 		 454 aa  345  7e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  47.71 
 
 		 410 aa  345  7e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  43.28 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 398 aa  345  8e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  45.27 
 
 		 398 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 398 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  44.17 
 
 		 413 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  43.92 
 
 		 413 aa  344  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 		 399 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  45.16 
 
 		 399 aa  345  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000021558  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  45.27 
 
 		 399 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  45.27 
 
 		 399 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  45.27 
 
 		 399 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  44.78 
 
 		 398 aa  344  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>