More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4868 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4824  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  67.68 
 
 		 923 aa  1194    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.688381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4868  sensor histidine kinase/response regulator RetS  100 
 
 		 929 aa  1889    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0706  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  60.43 
 
 		 928 aa  1020    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4408  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:histidine kinase:histidine kinase  93.97 
 
 		 929 aa  1684    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5576  sensor/response regulator hybrid  58.64 
 
 		 962 aa  973    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0611  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  73.5 
 
 		 925 aa  1344    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4614  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  67.9 
 
 		 923 aa  1188    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.863482  normal  0.296425 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06870  hybrid histidine protein kinase RetS  52.64 
 
 		 933 aa  847    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577631  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4877  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  67.68 
 
 		 923 aa  1202    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.876139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64230  RetS (regulator of exopolysaccharide and Type III secretion)  58.53 
 
 		 942 aa  970    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0403381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4699  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  67.57 
 
 		 923 aa  1192    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.200679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.15 
 
 		 921 aa  341  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.11 
 
 		 812 aa  337  9e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  38.58 
 
 		 1177 aa  332  2e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.33 
 
 		 1499 aa  323  9.999999999999999e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  36.31 
 
 		 847 aa  320  7.999999999999999e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  35.97 
 
 		 1346 aa  317  8e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  34.49 
 
 		 977 aa  316  9.999999999999999e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  39.42 
 
 		 1322 aa  317  9.999999999999999e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 		 758 aa  315  1.9999999999999998e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.83 
 
 		 977 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  34 
 
 		 765 aa  313  6.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 		 835 aa  312  2e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.7 
 
 		 1550 aa  312  2e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 		 1397 aa  311  2e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.3 
 
 		 1069 aa  310  9e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.53 
 
 		 1040 aa  310  1.0000000000000001e-82  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 		 1369 aa  307  6e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  33.81 
 
 		 1763 aa  307  7e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 		 1398 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 		 946 aa  303  7.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 		 1284 aa  303  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1670  ATPase domain-containing protein  35.93 
 
 		 750 aa  301  3e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.081803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.27 
 
 		 1771 aa  301  3e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  32.27 
 
 		 1014 aa  300  6e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 		 1202 aa  299  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.23 
 
 		 1442 aa  298  3e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.83 
 
 		 1433 aa  297  6e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  33.52 
 
 		 1765 aa  295  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2687  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.97 
 
 		 784 aa  296  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.762737  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.86 
 
 		 914 aa  295  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 1765 aa  295  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 1118 aa  294  5e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 		 1326 aa  294  5e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 925 aa  294  6e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 		 1768 aa  294  7e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 950 aa  293  8e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 		 916 aa  293  9e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 		 1072 aa  293  1e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.5 
 
 		 923 aa  292  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  28.49 
 
 		 918 aa  292  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.79 
 
 		 1611 aa  292  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 		 1240 aa  291  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 		 705 aa  291  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.68 
 
 		 1240 aa  290  6e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 		 1767 aa  291  6e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 		 1767 aa  290  8e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 		 1767 aa  290  9e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.9 
 
 		 1784 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  28.59 
 
 		 918 aa  290  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.3 
 
 		 929 aa  289  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.86 
 
 		 1331 aa  288  2e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 1820 aa  288  4e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3070  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 		 1166 aa  288  4e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109625 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 		 876 aa  288  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2858  signal transduction histidine kinase-like protein  35.37 
 
 		 1001 aa  287  8e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.920291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.53 
 
 		 1786 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 		 1131 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.6 
 
 		 1792 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.34 
 
 		 1782 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 1363 aa  286  2.0000000000000002e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.76 
 
 		 1165 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 1090 aa  285  4.0000000000000003e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 1126 aa  281  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  31.11 
 
 		 861 aa  280  8e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.89 
 
 		 1310 aa  279  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 		 1255 aa  277  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 		 1622 aa  277  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.08 
 
 		 816 aa  276  9e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1949  two component hybrid histidine kinase/sensor response regulator  34.85 
 
 		 833 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 		 936 aa  275  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  33.33 
 
 		 1109 aa  275  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  30.84 
 
 		 2035 aa  275  4.0000000000000004e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  34.03 
 
 		 1135 aa  274  5.000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  32.12 
 
 		 1030 aa  274  6e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 919 aa  274  7e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 		 1582 aa  273  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  31.85 
 
 		 1574 aa  273  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 1009 aa  273  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  33.4 
 
 		 1287 aa  272  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  34.81 
 
 		 1407 aa  272  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 		 1340 aa  273  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.24 
 
 		 1788 aa  270  8.999999999999999e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.16 
 
 		 833 aa  270  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  31.06 
 
 		 1683 aa  270  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 		 1548 aa  270  1e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 770 aa  269  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.72 
 
 		 1033 aa  267  5e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 		 1064 aa  267  8e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  34.4 
 
 		 917 aa  267  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>