216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2825 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2825  integrase, putative  100 
 
 		 155 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0344644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2864  phage integrase family protein  83.56 
 
 		 385 aa  254  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2957  integrase family protein  76.13 
 
 		 436 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  32.12 
 
 		 445 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  35 
 
 		 378 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  32.88 
 
 		 402 aa  65.5  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  31.16 
 
 		 419 aa  64.7  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3377  phage integrase family protein  27.74 
 
 		 353 aa  63.9  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1459  putative prophage integrase  26.81 
 
 		 403 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000102793  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  32.12 
 
 		 410 aa  62.8  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  30 
 
 		 420 aa  60.8  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  30.15 
 
 		 462 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  27.54 
 
 		 421 aa  60.5  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0886  phage integrase  29.71 
 
 		 454 aa  60.1  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00972856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  31.91 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1034  phage integrase  25 
 
 		 444 aa  58.5  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.288738  normal  0.327892 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  26.81 
 
 		 407 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  29.5 
 
 		 406 aa  57.8  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1605  phage integrase  30.71 
 
 		 448 aa  57.8  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0701164 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  27.86 
 
 		 404 aa  57.8  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  30.94 
 
 		 412 aa  57.4  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  28.26 
 
 		 429 aa  57  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  27.46 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  23.36 
 
 		 404 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  34.06 
 
 		 412 aa  56.2  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  28.06 
 
 		 422 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  28.37 
 
 		 413 aa  55.5  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  28.29 
 
 		 411 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  28.87 
 
 		 643 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  28.87 
 
 		 487 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  32.85 
 
 		 406 aa  54.3  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  28.68 
 
 		 394 aa  54.3  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0676  phage integrase family site specific recombinase  25.18 
 
 		 303 aa  53.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.825642  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  26.47 
 
 		 404 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  27.66 
 
 		 416 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  26.53 
 
 		 404 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  26.95 
 
 		 416 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  31.88 
 
 		 403 aa  52.4  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  30.99 
 
 		 409 aa  52.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  29.69 
 
 		 405 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  31.91 
 
 		 389 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  29.5 
 
 		 397 aa  52.4  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  27.89 
 
 		 421 aa  52  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3701  phage integrase  26.39 
 
 		 276 aa  52.4  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  25 
 
 		 402 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  28.57 
 
 		 428 aa  52.4  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  27.89 
 
 		 410 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2541  putative CP4-like integrase  25.36 
 
 		 412 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  28.47 
 
 		 414 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 403 aa  51.6  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  27.46 
 
 		 409 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  27.94 
 
 		 402 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  29.08 
 
 		 410 aa  51.2  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1514  integrase family protein  25.17 
 
 		 423 aa  51.2  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  27.46 
 
 		 414 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  26.62 
 
 		 405 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  25.55 
 
 		 402 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  28.17 
 
 		 404 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1337  integrase  26.24 
 
 		 418 aa  50.1  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  29.58 
 
 		 401 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  26.43 
 
 		 423 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  29.93 
 
 		 410 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3652  phage integrase family protein  26.47 
 
 		 387 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  27.46 
 
 		 409 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  26.43 
 
 		 409 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  26.62 
 
 		 407 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  26.43 
 
 		 409 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  27.78 
 
 		 409 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1711  phage integrase family site specific recombinase  18.05 
 
 		 412 aa  49.3  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.109481  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  24.82 
 
 		 418 aa  49.3  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  30.66 
 
 		 402 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  27.89 
 
 		 395 aa  49.7  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  29.93 
 
 		 394 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  26.43 
 
 		 436 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  29.08 
 
 		 404 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  24.82 
 
 		 440 aa  48.5  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  29.08 
 
 		 404 aa  48.5  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  27.69 
 
 		 401 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  29.08 
 
 		 404 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  25 
 
 		 413 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  24.83 
 
 		 422 aa  48.5  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5647  integrase family protein  27.59 
 
 		 410 aa  48.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  29.93 
 
 		 404 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  24.11 
 
 		 418 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  24.49 
 
 		 416 aa  48.1  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  27.21 
 
 		 419 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1189  phage integrase family protein  24.84 
 
 		 421 aa  48.1  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.172941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  27.21 
 
 		 419 aa  47.8  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  26.36 
 
 		 412 aa  47.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  30.2 
 
 		 415 aa  47.8  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  23.4 
 
 		 419 aa  47.4  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1115  integrase family protein  27.54 
 
 		 365 aa  47  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  28.57 
 
 		 404 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01627  integrase  30.56 
 
 		 290 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  24.38 
 
 		 463 aa  46.6  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  21.83 
 
 		 404 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  29.93 
 
 		 412 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  23.91 
 
 		 404 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  21.83 
 
 		 404 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2782  phage integrase family protein  28.36 
 
 		 356 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.507501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>