71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2856 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2856  general secretion pathway protein H  100 
 
 		 188 aa  384  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1416  general secretion pathway protein H  90.43 
 
 		 188 aa  331  4e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1303  general secretion pathway protein H  50 
 
 		 179 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1474  general secretion pathway protein H  48.6 
 
 		 179 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0007  general secretion pathway protein H  46.78 
 
 		 184 aa  124  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183951 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4587  general secretion pathway protein H  29.55 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.248042  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4730  general secretion pathway protein H  23.3 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.129836  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  30.25 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  30.25 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  30.25 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03180  predicted general secretory pathway component, cryptic  29.63 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0101  general secretion pathway protein H  26.29 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03131  hypothetical protein  29.63 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0109  general secretion pathway protein H  26.14 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0235  general secretion pathway protein H  26.67 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3563  general secretion pathway protein H  23.86 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4731  general secretion pathway protein G  36.04 
 
 		 144 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0599807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  32.04 
 
 		 144 aa  49.3  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1352  general secretion pathway protein H  22.37 
 
 		 177 aa  48.5  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4355  general secretion pathway protein G  36.04 
 
 		 144 aa  48.5  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3134  general secretion pathway protein H  29.66 
 
 		 187 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02834  GspH, hypothetical type II secretion protein  29.66 
 
 		 187 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000472105  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0155  general secretion pathway protein H  23.47 
 
 		 190 aa  47.8  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4203  general secretion pathway protein G  36.7 
 
 		 144 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0156  general secretion pathway protein G  36.7 
 
 		 144 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3408  general secretion pathway protein GspH  29.66 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4247  general secretion pathway protein H  29.11 
 
 		 177 aa  46.6  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0707676 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0156  general secretion pathway protein G  36.7 
 
 		 144 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.051245 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3616  general secretion pathway protein G  34.23 
 
 		 144 aa  46.2  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0152  general secretion pathway protein G  35.78 
 
 		 144 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0147  general secretion pathway protein G  35.14 
 
 		 144 aa  45.8  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0157  general secretion pathway protein H  22.03 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0154  general secretion pathway protein G  33.59 
 
 		 144 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0159  general secretion pathway protein G  33.59 
 
 		 144 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4202  general secretion pathway protein H  22.03 
 
 		 191 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0157  general secretion pathway protein H  22.03 
 
 		 191 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0172  general secretion pathway protein G  34.26 
 
 		 143 aa  45.4  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0154  general secretion pathway protein G  32.81 
 
 		 144 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0108  general secretion pathway protein G  36.04 
 
 		 144 aa  45.4  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0170  general secretion pathway protein H  22.73 
 
 		 190 aa  45.4  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0153  general secretion pathway protein H  22.03 
 
 		 191 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0169  general secretion pathway protein G  32.81 
 
 		 144 aa  45.4  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3243  general secretion pathway protein GspH  28.81 
 
 		 187 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.793793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3423  general secretion pathway protein H  29.66 
 
 		 187 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3564  general secretion pathway protein G  33.07 
 
 		 144 aa  44.7  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2033  general secretion pathway protein H  25.79 
 
 		 172 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3385  general secretion pathway protein H  28.8 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0124  general secretion pathway protein G  65.52 
 
 		 144 aa  44.3  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2921  general secretion pathway protein G  30.1 
 
 		 149 aa  44.3  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3576  hypothetical protein  23.81 
 
 		 187 aa  44.3  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2391  general secretion pathway protein G  36 
 
 		 144 aa  44.3  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000271033 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00604  general secretion pathway protein G  29.41 
 
 		 146 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4154  hypothetical protein  29.21 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833679  normal  0.161997 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2302  general secretion pathway protein H  27.84 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001889  general secretion pathway protein G  28.68 
 
 		 147 aa  42.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24040  general secretion pathway outer membrane protein H precursor  25.64 
 
 		 172 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2667  general secretion pathway protein H  35.59 
 
 		 199 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.668264  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0013  general secretion pathway protein H  35.59 
 
 		 199 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.036848  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0013  general secretion pathway protein H  35.59 
 
 		 199 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1885  general secretion pathway protein H  35.59 
 
 		 199 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.096237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3513  general secretion pathway protein H  35.59 
 
 		 199 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0225  general secretion pathway protein H  35.59 
 
 		 199 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2780  general secretion pathway protein H  35.59 
 
 		 196 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2303  general secretion pathway protein G  31.31 
 
 		 146 aa  42  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4496  general secretion pathway protein H  26.67 
 
 		 193 aa  41.6  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818073  normal  0.141626 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2373  general secretion pathway protein H  26.26 
 
 		 187 aa  41.6  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2372  general secretion pathway protein G  35.35 
 
 		 144 aa  41.2  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.411005  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3222  general secretion pathway protein H  36.49 
 
 		 166 aa  41.2  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  27.78 
 
 		 140 aa  41.2  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0866  hypothetical protein  35.63 
 
 		 701 aa  41.2  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  34.29 
 
 		 164 aa  41.2  0.01  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>