More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1521 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1521  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
290 aa  603  1.0000000000000001e-171  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  43.6 
 
 
299 aa  240  2e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1158  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  43.21 
 
 
299 aa  238  8e-62  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  36.46 
 
 
301 aa  203  3e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  37.41 
 
 
304 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  38.24 
 
 
297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.55 
 
 
294 aa  172  6.999999999999999e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.93 
 
 
297 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.81 
 
 
292 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.42 
 
 
297 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.46 
 
 
297 aa  169  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.05 
 
 
299 aa  169  5e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  35.49 
 
 
297 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.49 
 
 
297 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.3 
 
 
297 aa  168  9e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
297 aa  167  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  35.46 
 
 
298 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 
275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.06 
 
 
297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0410  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.93 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.96 
 
 
305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.7 
 
 
303 aa  160  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1421  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.18 
 
 
298 aa  157  2e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00665782  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.18 
 
 
300 aa  154  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  36.52 
 
 
304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  33.59 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 
303 aa  152  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.34 
 
 
319 aa  152  5e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 
300 aa  152  7e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.38 
 
 
322 aa  152  8e-36  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  36.67 
 
 
302 aa  151  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  34.44 
 
 
352 aa  150  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.89 
 
 
306 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.89 
 
 
306 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 
305 aa  150  3e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.84 
 
 
331 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  40.95 
 
 
310 aa  149  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.12 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.02 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.12 
 
 
302 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  37.02 
 
 
306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.75 
 
 
304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  34.29 
 
 
334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.43 
 
 
276 aa  145  8.000000000000001e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.27 
 
 
306 aa  145  9e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  37.07 
 
 
304 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  35.83 
 
 
315 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
302 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  38.14 
 
 
293 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
356 aa  143  4e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  35.14 
 
 
578 aa  142  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.57 
 
 
296 aa  143  4e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  35.65 
 
 
311 aa  142  5e-33  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  37.05 
 
 
314 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.18 
 
 
526 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.7 
 
 
296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.52 
 
 
303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.81 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  35.18 
 
 
302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.29 
 
 
306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.33 
 
 
343 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.33 
 
 
304 aa  139  4.999999999999999e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  34.93 
 
 
352 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.24 
 
 
304 aa  139  7e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  30.92 
 
 
305 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  36.23 
 
 
327 aa  139  7.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.72 
 
 
305 aa  137  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.68 
 
 
302 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.26 
 
 
302 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  34.26 
 
 
302 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.52 
 
 
309 aa  137  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.26 
 
 
302 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.87 
 
 
324 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 
302 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 
302 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  30.66 
 
 
344 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  32.49 
 
 
342 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  34.85 
 
 
316 aa  136  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.1 
 
 
302 aa  136  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  31.47 
 
 
303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.17 
 
 
323 aa  135  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  36.13 
 
 
308 aa  135  7.000000000000001e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  34.46 
 
 
352 aa  135  8e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  31.79 
 
 
298 aa  135  8e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  31.79 
 
 
298 aa  135  8e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  32.96 
 
 
310 aa  135  8e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  30.98 
 
 
297 aa  135  9e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.12 
 
 
333 aa  135  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  30.82 
 
 
298 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.96 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.58 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.96 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  30.59 
 
 
325 aa  134  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.86 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  35.98 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.47 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  37.21 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  35.34 
 
 
321 aa  133  3e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>