75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2247 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2247  Rhomboid family protein  100 
 
 		 352 aa  707    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229384  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1979  Rhomboid family protein  91.64 
 
 		 336 aa  552  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0967  rhomboid family protein  58.92 
 
 		 319 aa  342  5e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0078595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2506  rhomboid-like protein  55.66 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3495  rhomboid family protein  53.85 
 
 		 313 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1665  rhomboid family protein  60.9 
 
 		 271 aa  266  5e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0200971  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2353  Rhomboid family protein  49.84 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2453  uncharacterized membrane protein  47.68 
 
 		 310 aa  229  8e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1329  Rhomboid family protein  37.79 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0879302  normal  0.29151 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3108  Rhomboid family protein  43.72 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0121231 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2879  Rhomboid family protein  38.79 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.474415  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1844  rhomboid family protein  41.45 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2421  rhomboid family protein  34.07 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00797483  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0982  rhomboid family protein  31.47 
 
 		 283 aa  85.9  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942219 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1385  Rhomboid family protein  33.2 
 
 		 325 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.159221  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  29.59 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  28.48 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  25.23 
 
 		 487 aa  56.6  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  25.23 
 
 		 487 aa  56.6  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  29.13 
 
 		 227 aa  55.5  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  33.18 
 
 		 356 aa  55.8  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  25.13 
 
 		 486 aa  55.8  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  28.38 
 
 		 519 aa  53.9  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  25.15 
 
 		 205 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  29.1 
 
 		 356 aa  53.1  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  31.71 
 
 		 182 aa  52.8  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  28.67 
 
 		 186 aa  52.8  0.000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  25.6 
 
 		 342 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  26.17 
 
 		 342 aa  52.4  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5062  rhomboid family protein  33.98 
 
 		 190 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  27.33 
 
 		 223 aa  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  29.89 
 
 		 570 aa  51.6  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  29.36 
 
 		 224 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 303 aa  50.8  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  25.12 
 
 		 365 aa  51.2  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  26.09 
 
 		 554 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  29.86 
 
 		 141 aa  50.4  0.00005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  31.84 
 
 		 547 aa  49.7  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  32.68 
 
 		 371 aa  48.9  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  33 
 
 		 226 aa  48.9  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  30.87 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0264  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 190 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.886981  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 541 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  27.11 
 
 		 389 aa  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  35.44 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  27.72 
 
 		 513 aa  47  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  30.1 
 
 		 190 aa  47  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  27.14 
 
 		 358 aa  47  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  26.79 
 
 		 579 aa  47  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  31.84 
 
 		 541 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  30.1 
 
 		 190 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  30.1 
 
 		 190 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  30.1 
 
 		 190 aa  46.6  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  30.1 
 
 		 190 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  30.63 
 
 		 625 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  26.53 
 
 		 234 aa  46.6  0.0007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  29.76 
 
 		 268 aa  46.2  0.0008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  26.97 
 
 		 190 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  35.14 
 
 		 489 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  31.37 
 
 		 327 aa  45.8  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  34.74 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 235 aa  46.2  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 235 aa  46.2  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  28.28 
 
 		 190 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  29.31 
 
 		 214 aa  45.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  30.83 
 
 		 219 aa  45.1  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  32.35 
 
 		 360 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  32.98 
 
 		 360 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  31.31 
 
 		 360 aa  43.5  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  28.21 
 
 		 523 aa  43.5  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  30.13 
 
 		 625 aa  43.1  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.13 
 
 		 625 aa  43.1  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  28.29 
 
 		 569 aa  43.1  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  30.13 
 
 		 625 aa  43.1  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  28.99 
 
 		 381 aa  43.1  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>