63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0967 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0967  rhomboid family protein  100 
 
 		 319 aa  631  1e-180  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0078595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2506  rhomboid-like protein  60.19 
 
 		 316 aa  357  9.999999999999999e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2247  Rhomboid family protein  60.6 
 
 		 352 aa  322  6e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229384  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1979  Rhomboid family protein  59.24 
 
 		 336 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3495  rhomboid family protein  59.55 
 
 		 313 aa  305  9.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1665  rhomboid family protein  62.55 
 
 		 271 aa  278  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0200971  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2353  Rhomboid family protein  51.77 
 
 		 312 aa  246  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2453  uncharacterized membrane protein  44.41 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1329  Rhomboid family protein  37.68 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0879302  normal  0.29151 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3108  Rhomboid family protein  38.55 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0121231 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1844  rhomboid family protein  34.89 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2421  rhomboid family protein  35.25 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00797483  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2879  Rhomboid family protein  37.76 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.474415  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0982  rhomboid family protein  32.46 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942219 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1385  Rhomboid family protein  33.46 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.159221  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  29.35 
 
 		 236 aa  67  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  24.64 
 
 		 487 aa  60.5  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  24.64 
 
 		 487 aa  60.5  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  30.87 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  25.5 
 
 		 486 aa  56.6  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  32.21 
 
 		 625 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  32.41 
 
 		 625 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.21 
 
 		 625 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  32.41 
 
 		 625 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  26.89 
 
 		 365 aa  53.9  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  29.81 
 
 		 554 aa  53.1  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  32.74 
 
 		 186 aa  53.1  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  28.66 
 
 		 190 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5062  rhomboid family protein  29.81 
 
 		 190 aa  52  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  29.34 
 
 		 205 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  27.63 
 
 		 223 aa  50.8  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  25.29 
 
 		 227 aa  50.4  0.00004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  32.21 
 
 		 625 aa  50.1  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  28.32 
 
 		 198 aa  49.7  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  25.17 
 
 		 205 aa  49.7  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  31.76 
 
 		 235 aa  49.7  0.00006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  31.76 
 
 		 235 aa  49.7  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  28.32 
 
 		 198 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  34.62 
 
 		 303 aa  48.9  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  30.97 
 
 		 268 aa  48.5  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  28.95 
 
 		 190 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0264  rhomboid family protein  29.81 
 
 		 190 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.886981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  28.95 
 
 		 190 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  29.06 
 
 		 190 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  28.29 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  28.29 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  28.29 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  32.41 
 
 		 226 aa  46.6  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  29.29 
 
 		 359 aa  46.6  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  30.99 
 
 		 303 aa  46.2  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  29.58 
 
 		 519 aa  45.4  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  35.51 
 
 		 541 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  34.58 
 
 		 547 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  30.14 
 
 		 225 aa  45.8  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  33.64 
 
 		 541 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  31.54 
 
 		 386 aa  43.9  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  30.82 
 
 		 515 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  30.2 
 
 		 570 aa  43.9  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  32.14 
 
 		 214 aa  43.5  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  32.39 
 
 		 228 aa  43.1  0.006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  29.86 
 
 		 342 aa  43.1  0.007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  30.2 
 
 		 306 aa  42.7  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  34.38 
 
 		 369 aa  42.4  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>