42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3108 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_3108  Rhomboid family protein  100 
 
 		 343 aa  661    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0121231 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1844  rhomboid family protein  55.17 
 
 		 337 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2421  rhomboid family protein  45.21 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00797483  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2506  rhomboid-like protein  41.2 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1385  Rhomboid family protein  43.41 
 
 		 325 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.159221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0967  rhomboid family protein  38.93 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0078595  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2247  Rhomboid family protein  41.05 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229384  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1329  Rhomboid family protein  35.74 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0879302  normal  0.29151 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3495  rhomboid family protein  43.01 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1979  Rhomboid family protein  40.95 
 
 		 336 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2353  Rhomboid family protein  35.58 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2453  uncharacterized membrane protein  36.45 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1665  rhomboid family protein  45.15 
 
 		 271 aa  116  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0200971  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2879  Rhomboid family protein  33.55 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.474415  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0982  rhomboid family protein  40.12 
 
 		 283 aa  94  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942219 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  25.35 
 
 		 486 aa  62.8  0.000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  30.61 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  27.54 
 
 		 487 aa  60.5  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  27.54 
 
 		 487 aa  60.5  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  27.78 
 
 		 570 aa  50.8  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  28.77 
 
 		 396 aa  50.8  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  34.51 
 
 		 283 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  31.36 
 
 		 234 aa  49.3  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  26.24 
 
 		 182 aa  47.4  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  28.05 
 
 		 186 aa  47  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  29.7 
 
 		 261 aa  46.2  0.0009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  31.08 
 
 		 223 aa  45.8  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  25.53 
 
 		 190 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  28.99 
 
 		 356 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  25.53 
 
 		 190 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  28.82 
 
 		 205 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  27.91 
 
 		 190 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0264  rhomboid family protein  29.27 
 
 		 190 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.886981  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  27.91 
 
 		 190 aa  44.7  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  27.91 
 
 		 190 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  31.85 
 
 		 228 aa  44.3  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  29.52 
 
 		 381 aa  43.5  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  29.89 
 
 		 226 aa  42.7  0.008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  27.66 
 
 		 190 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  37.78 
 
 		 225 aa  42.7  0.01  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5062  rhomboid family protein  28.05 
 
 		 190 aa  42.4  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  37.04 
 
 		 303 aa  42.7  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>