69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1782 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1782  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 219 aa  449  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.264525  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2465  polysaccharide deacetylase  54.03 
 
 		 348 aa  235  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2541  polysaccharide deacetylase  31.97 
 
 		 318 aa  65.1  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0393046  normal  0.0973746 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1249  polysaccharide deacetylase  43.75 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.651285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3074  polysaccharide deacetylase  29.93 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1967  polysaccharide deacetylase  30 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1640  polysaccharide deacetylase  34.41 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0677  polysaccharide deacetylase  39.53 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2015  polysaccharide deacetylase  30.5 
 
 		 333 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2013  polysaccharide deacetylase  29.75 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05320  Polysaccharide deacetylase  32.77 
 
 		 351 aa  57  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.354337  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0678  polysaccharide deacetylase  26.67 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0301  polysaccharide deacetylase  26.67 
 
 		 353 aa  55.5  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351436  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2336  polysaccharide deacetylase  28.66 
 
 		 339 aa  55.5  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  27.78 
 
 		 645 aa  55.1  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0110  polysaccharide deacetylase  33.02 
 
 		 316 aa  54.3  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2413  glycosyl transferase family polysaccharide deacetylase  31.82 
 
 		 672 aa  53.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.944476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  30.63 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0895  polysaccharide deacetylase  30.84 
 
 		 615 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0313662  normal  0.429695 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0869  polysaccharide deacetylase  30.84 
 
 		 615 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0187  hypothetical protein  28.64 
 
 		 314 aa  52.4  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0340  polysaccharide deacetylase family protein  33.33 
 
 		 273 aa  51.6  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0340  polysaccharide deacetylase family protein  33.33 
 
 		 273 aa  51.6  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.568999  normal  0.212352 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0333  polysaccharide deacetylase family protein  33.33 
 
 		 273 aa  51.6  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0332  polysaccharide deacetylase family protein  33.33 
 
 		 273 aa  51.6  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.529836 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2823  polysaccharide deacetylase  39.68 
 
 		 400 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.42622  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2375  polysaccharide deacetylase  32.18 
 
 		 344 aa  51.2  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5826  polysaccharide deacetylase  23.08 
 
 		 354 aa  51.2  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0739761  normal  0.758977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2728  polysaccharide deacetylase  39.68 
 
 		 400 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1557  polysaccharide deacetylase  29.01 
 
 		 322 aa  49.7  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.367828  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  28.26 
 
 		 282 aa  49.7  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2642  polysaccharide deacetylase  36.51 
 
 		 397 aa  48.9  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.149181  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0111  polysaccharide deacetylase family protein  34.18 
 
 		 273 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.565524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2761  polysaccharide deacetylase  29.67 
 
 		 398 aa  48.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0205212  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1065  polysaccharide deacetylase  29.29 
 
 		 305 aa  48.5  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012185  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0091  xylanase/chitin deacetylase  32.81 
 
 		 318 aa  47.8  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2853  polysaccharide deacetylase  29.67 
 
 		 398 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2945  polysaccharide deacetylase  29.67 
 
 		 398 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0918  polysaccharide deacetylase  29.59 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00302194  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  33.33 
 
 		 590 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1932  polysaccharide deacetylase  40 
 
 		 244 aa  46.6  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.656935  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4976  polysaccharide deacetylase  30.6 
 
 		 368 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0455  polysaccharide deacetylase  24.58 
 
 		 339 aa  46.6  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0133488 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  26.42 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1178  polysaccharide deacetylase  31.25 
 
 		 370 aa  46.6  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  30.68 
 
 		 255 aa  46.6  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0475  GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] (glutamineamidotransferase; GMP synthetase)  32 
 
 		 265 aa  46.6  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  27.83 
 
 		 271 aa  46.6  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1729  polysaccharide deacetylase  21.39 
 
 		 316 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0625  polysaccharide deacetylase  36.07 
 
 		 266 aa  45.4  0.0006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0292231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  31.75 
 
 		 278 aa  45.4  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 510 aa  45.4  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3093  polysaccharide deacetylase  24.53 
 
 		 350 aa  45.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110896  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0273  polysaccharide deacetylase  27.78 
 
 		 627 aa  45.1  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0320  polysaccharide deacetylase family protein  32.86 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0260  polysaccharide deacetylase family protein  34.52 
 
 		 273 aa  44.3  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0306  polysaccharide deacetylase  26.67 
 
 		 353 aa  44.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.957569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0336  polysaccharide deacetylase family protein  32.86 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4585  polysaccharide deacetylase  37.5 
 
 		 276 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.701791 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1121  polysaccharide deacetylase  33.65 
 
 		 294 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1635  polysaccharide deacetylase  27.21 
 
 		 350 aa  44.3  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2609  polysaccharide deacetylase  24.48 
 
 		 408 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.644601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1233  yggt family protein  27.94 
 
 		 266 aa  43.9  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5046  polysaccharide deacetylase  37.5 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.447167  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0140  polysaccharide deacetylase  28.74 
 
 		 347 aa  43.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0156  polysaccharide deacetylase  26.98 
 
 		 276 aa  42  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0060  polysaccharide deacetylase family protein  32.14 
 
 		 273 aa  42  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0046  polysaccharide deacetylase family protein  32.14 
 
 		 273 aa  42  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4855  polysaccharide deacetylase family protein  32.14 
 
 		 273 aa  41.6  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>