More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0014 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0014  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 251 aa  504  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153169  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0013  ABC-2 type transporter  97.61 
 
 		 251 aa  495  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0013  ABC-2 type transporter  77.29 
 
 		 251 aa  373  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0014  ABC transporter permease  67.73 
 
 		 251 aa  353  1e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.189407  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3455  ABC transporter permease  65.69 
 
 		 239 aa  320  9.999999999999999e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2056  ABC-2 type transporter  59.76 
 
 		 251 aa  299  3e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.374499  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0530  ABC-2 type transporter  28.98 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.203492  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1716  ABC transporter, inner membrane subunit  29.48 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1206  ABC-2 type transporter  29.15 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0411  putative NodJ  24.9 
 
 		 255 aa  98.6  9e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3305  ABC transporter  28.79 
 
 		 258 aa  98.6  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0390  ABC-2 type transporter  24.7 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_354  ABC-2 type transport system, permease protein  24.51 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.216034  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4165  ABC-2 type transporter, NodJ  27.2 
 
 		 256 aa  97.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2517  hypothetical protein  27.73 
 
 		 263 aa  95.5  7e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0932407  normal  0.411033 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1211  ABC-2 type transporter  28.51 
 
 		 252 aa  92.4  6e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0552  ABC-2 type transporter  29.11 
 
 		 244 aa  92.4  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0558  ABC-2 type transporter  24.37 
 
 		 244 aa  91.3  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1511  ABC transporter  29.6 
 
 		 277 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0121444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0658  ABC-2 type transporter  27.42 
 
 		 256 aa  90.1  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.558241  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1491  ABC transporter  29.6 
 
 		 277 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.898445  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4260  ABC transporter  28.4 
 
 		 271 aa  88.2  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1767  ABC-2 type transporter, NodJ family  27.2 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4965  ABC-2 type transporter, NodJ family  28.51 
 
 		 281 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285071  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2476  ligolipopolysacharide ABC exporter inner membrane subunit NodJ family protein  27.6 
 
 		 275 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.631988  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1826  ABC-2 type transporter  27.12 
 
 		 233 aa  87  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.805602  normal  0.102256 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4733  ABC efflux pump, inner membrane subunit, NodJ  27.82 
 
 		 277 aa  85.1  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7719  ABC transporter  23.69 
 
 		 263 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.428101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0239  ABC transporter  29.48 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0121647  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1307  putative ABC-2 type transport system permease protein  25.68 
 
 		 271 aa  85.1  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.2704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3557  ABC transporter  31.1 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0929254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0632  ABC transporter  29.39 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1975  putative transmembrane permease ABC transporter protein  29.2 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0858668  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0875  hypothetical protein  27.68 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.699807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2486  ABC transporter, permease NodJ  27.82 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0681495  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1642  ABC transporter  27.2 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0755  ABC-2 type transporter  29.86 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.25704  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2458  ABC transporter  28.46 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6188  ABC transporter  25.63 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.657692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1714  ABC-2 type transporter  27.88 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1805  ABC-2 type transporter, NodJ family  28.02 
 
 		 273 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5370  ABC-2 type transporter  27.52 
 
 		 273 aa  82  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00127  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3474  ABC-2 type transporter  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00126  hypothetical protein  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0121  ABC transporter, permease protein  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0130  ABC transporter, permease protein  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0136  ABC transporter, permease protein  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0132  ABC transporter, permease protein  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3531  ABC-2 type transporter  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0138  ABC transporter, permease protein  27.7 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2296  ABC-2 type transporter, NodJ  28.86 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2129  ABC-2 type transporter, NodJ family  27.56 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1635  ABC transporter  27.02 
 
 		 275 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87707  normal  0.731172 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1219  ABC transporter, permease NodJ  27.02 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.65632  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1839  nodulation ABC transporter NodJ  27.02 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2007  ABC transporter, permease NodJ  27.02 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1704  ABC transporter, permease NodJ  27.02 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0361  ABC transporter, permease NodJ  27.02 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0482  ABC-2 type transporter, NodJ family  29.58 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.634279  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1853  nodulation ABC transporter NodJ  27.02 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0800  ABC transporter, permease NodJ  27.02 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.481965  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3712  ABC transporter  29.58 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5044  ABC-2 type transporter  25.7 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.917306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0690  ABC-2 type transporter  33.53 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.809524  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24830  ABC-2 type transporter  24.12 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4030  ABC-2 type transporter, NodJ family  23.15 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4650  ABC-2 type transporter  25.11 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0809123  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1143  ABC transporter  27.23 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1115  ABC transporter  26.61 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4521  ABC-2 type transporter  25.7 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1595  ABC transporter  26.61 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333658  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0689  ABC-2 type transporter, NodJ family  25.81 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0447972 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1912  ABC-2 type transporter  24.66 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.846791  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0276  ABC-2 type transporter, NodJ  26.4 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.664635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1572  ABC transporter  26.61 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0454  hypothetical protein  30.67 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0430  hypothetical protein  30.67 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3348  ABC transporter, permease protein  27.16 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0192428  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3476  ABC-2 type transporter  27.16 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3816  ABC-2 type transporter  32.93 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.791577 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0808  hypothetical protein  25.82 
 
 		 253 aa  79  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1116  ABC-2 type transporter  26.69 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.517895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3574  ABC transporter  28.06 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2362  ABC transporter, inner membrane subunit  25.59 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0916375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5173  ABC-2 type transporter  25.21 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3260  ABC-2 type transporter  25.21 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0633139  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0824  ABC-2 type transporter  29.78 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5108  ABC-2 type transporter  25.21 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1483  ABC transporter, permease NodJ  25.5 
 
 		 254 aa  78.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.291941  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1938  ABC-2 type transporter, NodJ family  26.2 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6150  putative ABC-2 type transporter (permease protein)  25.36 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00809538  normal  0.0938496 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1025  ABC-2 type transporter  26.42 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0880893  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0639  ABC-2 type transporter  24.57 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03454  hypothetical protein  28.27 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3143  ABC-2 type transporter  29.33 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1332  ABC-2 type transporter  24.4 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.993972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0773  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  32.93 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3140  ABC-2 type transporter  30.9 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.432553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3995  ABC-2 type transporter  26.34 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>