282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2453 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2453  prephenate dehydrogenase  100 
 
 		 292 aa  562  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.513955  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0978  Prephenate dehydrogenase  55.36 
 
 		 387 aa  260  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2998  Prephenate dehydrogenase-like protein  55.91 
 
 		 357 aa  259  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1208  prephenate dehydrogenase  56.57 
 
 		 355 aa  258  6e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86807  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1495  prephenate dehydrogenase  56.27 
 
 		 363 aa  258  7e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.970852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2828  Prephenate dehydrogenase  60.82 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00010638  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2462  prephenate dehydrogenase  50.52 
 
 		 361 aa  233  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6984  hypothetical protein  47.86 
 
 		 283 aa  212  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1175  Prephenate dehydrogenase  49.83 
 
 		 369 aa  211  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1235  prephenate dehydrogenase  46.53 
 
 		 371 aa  204  1e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.934914 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1455  prephenate dehydrogenase  41.28 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00804434 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1535  prephenate dehydrogenase  40.93 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000209792 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1535  prephenate dehydrogenase  39.07 
 
 		 369 aa  177  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0206592  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5060  prephenate dehydrogenase  43.16 
 
 		 396 aa  176  4e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.01744  normal  0.042313 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3118  prephenate dehydrogenase  46.83 
 
 		 370 aa  175  7e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.724958  hitchhiker  0.00209537 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2500  prephenate dehydrogenase  42.18 
 
 		 361 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1927  Prephenate dehydrogenase  46.5 
 
 		 369 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.127558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2151  prephenate dehydrogenase  41.52 
 
 		 388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.317719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  28.68 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  40.94 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15320  prephenate dehydrogenase  40.08 
 
 		 369 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218045  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14060  prephenate dehydrogenase  38.01 
 
 		 386 aa  140  1.9999999999999998e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.75481  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1058  Prephenate dehydrogenase  28.32 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  35.64 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1331  Prephenate dehydrogenase  38.15 
 
 		 390 aa  136  4e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.762233  normal  0.318858 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.22 
 
 		 770 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  37.32 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  29.96 
 
 		 367 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.31 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.07 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.07 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.65 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0483  prephenate dehydrogenase  30.42 
 
 		 367 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.8 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  34.91 
 
 		 364 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  33.93 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06830  prephenate dehydrogenase  33.09 
 
 		 379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.397178 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  36.23 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  36.23 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  26.99 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  35.79 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.56 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.56 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.69 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  34.88 
 
 		 286 aa  125  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.33 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  37.05 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  35.5 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  34.27 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.56 
 
 		 750 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.23 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  33.96 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4079  prephenate dehydrogenase  33.71 
 
 		 330 aa  122  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  37.07 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  32.31 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  34.01 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3803  Prephenate dehydrogenase  33.21 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000296114  normal  0.352645 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  36.3 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  37.17 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  33.96 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.82 
 
 		 746 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0936  prephenate dehydrogenase  24.83 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  32.54 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  34.15 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  33.7 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0692  prephenate dehydrogenase  30.39 
 
 		 368 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  35.82 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  34.77 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.37 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  34.24 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  33.82 
 
 		 318 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  34.24 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  32.5 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  32.38 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1939  prephenate dehydrogenase  28.89 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  34.6 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  31.43 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  31.43 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1620  Prephenate dehydrogenase  25.86 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.908357  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0725  prephenate dehydrogenase  35.63 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0130127  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.33 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.33 
 
 		 780 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  33.8 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  35.55 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.54 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0515  prephenate dehydrogenase  28.41 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 		 329 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 		 329 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  36.89 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3793  prephenate dehydrogenase  29.03 
 
 		 282 aa  115  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  35.77 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  34.97 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.69 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.63 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  32.53 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  32.29 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.51 
 
 		 746 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>