268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1455 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1455  prephenate dehydrogenase  100 
 
 		 370 aa  720    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00804434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5060  prephenate dehydrogenase  76.44 
 
 		 396 aa  518  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.01744  normal  0.042313 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2998  Prephenate dehydrogenase-like protein  44.03 
 
 		 357 aa  243  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1495  prephenate dehydrogenase  44.38 
 
 		 363 aa  240  4e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.970852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1535  prephenate dehydrogenase  40 
 
 		 369 aa  223  4e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000209792 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1208  prephenate dehydrogenase  41.53 
 
 		 355 aa  218  1e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86807  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1535  prephenate dehydrogenase  39.6 
 
 		 369 aa  217  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0206592  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2828  Prephenate dehydrogenase  43.82 
 
 		 357 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00010638  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2462  prephenate dehydrogenase  39.61 
 
 		 361 aa  213  5.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1235  prephenate dehydrogenase  41.5 
 
 		 371 aa  205  1e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.934914 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0978  Prephenate dehydrogenase  39.14 
 
 		 387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3118  prephenate dehydrogenase  41.41 
 
 		 370 aa  193  5e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.724958  hitchhiker  0.00209537 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14060  prephenate dehydrogenase  39.67 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.75481  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2151  prephenate dehydrogenase  39.28 
 
 		 388 aa  189  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.317719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2500  prephenate dehydrogenase  38.59 
 
 		 361 aa  189  9e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1927  Prephenate dehydrogenase  38.11 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.127558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15320  prephenate dehydrogenase  35.89 
 
 		 369 aa  172  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218045  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1175  Prephenate dehydrogenase  37.5 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2453  prephenate dehydrogenase  40.57 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.513955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6984  hypothetical protein  39.42 
 
 		 283 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  29.05 
 
 		 364 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  31.35 
 
 		 367 aa  126  8.000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  29 
 
 		 280 aa  124  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  33.45 
 
 		 293 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  33.45 
 
 		 293 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  30.25 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1620  Prephenate dehydrogenase  25.95 
 
 		 270 aa  112  9e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.908357  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  25.9 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1828  Prephenate dehydrogenase  31.83 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  30.99 
 
 		 286 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2748  prephenate dehydrogenase  26.35 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2114  prephenate dehydrogenase  36.62 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2995  prephenate dehydrogenase  26.35 
 
 		 378 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15809  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2695  prephenate dehydrogenase  26.35 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2674  prephenate dehydrogenase  26.05 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1058  Prephenate dehydrogenase  26.67 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  29.82 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2954  prephenate dehydrogenase  26.05 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.0651000000000002e-25 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  28.24 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1040  prephenate dehydrogenase  31.63 
 
 		 370 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0214321 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3001  prephenate dehydrogenase  26.35 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000103153  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2745  prephenate dehydrogenase  26.05 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  29.97 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2283  prephenate dehydrogenase  26.05 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000918278 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  35.56 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2954  prephenate dehydrogenase  26.05 
 
 		 378 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.140403  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  30.82 
 
 		 293 aa  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  28.94 
 
 		 292 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1022  Prephenate dehydrogenase  31.25 
 
 		 291 aa  106  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.108849  unclonable  0.0000000000327113 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0900  prephenate dehydrogenase  31.25 
 
 		 301 aa  106  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2957  prephenate dehydrogenase  26.05 
 
 		 366 aa  106  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.18 
 
 		 312 aa  106  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  31.94 
 
 		 291 aa  105  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  29.59 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  28.57 
 
 		 299 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  31.58 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.94 
 
 		 750 aa  103  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  32.39 
 
 		 289 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  29.9 
 
 		 294 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  27.33 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  32.85 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  31.88 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  32.85 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  27.4 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.69 
 
 		 746 aa  100  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  27.05 
 
 		 321 aa  99.8  6e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1426  prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 		 280 aa  99.4  9e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000102552  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  30.68 
 
 		 288 aa  99.4  9e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06830  prephenate dehydrogenase  28.78 
 
 		 379 aa  99.4  1e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.397178 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.49 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1331  Prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.762233  normal  0.318858 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4079  prephenate dehydrogenase  31.82 
 
 		 330 aa  99.4  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  29.5 
 
 		 286 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.19 
 
 		 778 aa  98.6  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  30.07 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  29 
 
 		 300 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.93 
 
 		 298 aa  97.1  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  33.57 
 
 		 288 aa  96.7  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0483  prephenate dehydrogenase  26.63 
 
 		 367 aa  96.7  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  33.65 
 
 		 334 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  30.13 
 
 		 302 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2997  prephenate dehydrogenase  29.64 
 
 		 328 aa  96.3  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  0.0386935 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  24.92 
 
 		 365 aa  96.7  7e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.35 
 
 		 310 aa  96.3  7e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  27.7 
 
 		 307 aa  96.3  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.9 
 
 		 746 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  29.57 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.43 
 
 		 313 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  30.11 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.05 
 
 		 746 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  29.57 
 
 		 298 aa  95.1  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.18 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.15 
 
 		 780 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.29 
 
 		 746 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  27.76 
 
 		 319 aa  95.1  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1349  prephenate dehydrogenase  29.85 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000774575  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  32.06 
 
 		 313 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.07 
 
 		 742 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  28.83 
 
 		 285 aa  94.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>