More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4928 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  100 
 
 
313 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  85.48 
 
 
313 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  85.26 
 
 
314 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  83.5 
 
 
314 aa  517  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  79.68 
 
 
311 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  80.65 
 
 
313 aa  510  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  79.68 
 
 
311 aa  508  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  66.01 
 
 
313 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  70.41 
 
 
312 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  67.21 
 
 
307 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  62.99 
 
 
318 aa  402  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  65.67 
 
 
308 aa  401  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  63.96 
 
 
311 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  66.89 
 
 
313 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  63.96 
 
 
311 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1592  prephenate dehydrogenase  70.75 
 
 
312 aa  393  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  64.67 
 
 
311 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  64.75 
 
 
311 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  64.55 
 
 
320 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  66.55 
 
 
309 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1873  Prephenate dehydrogenase  69.73 
 
 
312 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.114366  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  65.02 
 
 
317 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  63.12 
 
 
313 aa  387  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.89 
 
 
310 aa  385  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.24 
 
 
310 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.74 
 
 
321 aa  381  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.41 
 
 
321 aa  381  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.54 
 
 
308 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.74 
 
 
312 aa  379  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.62 
 
 
311 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.27 
 
 
307 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.67 
 
 
319 aa  364  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.13 
 
 
312 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  62.88 
 
 
301 aa  361  8e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  57.24 
 
 
298 aa  332  6e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  55.33 
 
 
301 aa  326  3e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0696  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.61 
 
 
317 aa  320  9.999999999999999e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2888  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.94 
 
 
300 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  50.86 
 
 
302 aa  294  2e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  47.87 
 
 
288 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  45.33 
 
 
290 aa  255  7e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  46.18 
 
 
292 aa  247  2e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  44.06 
 
 
297 aa  245  6e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  42.66 
 
 
286 aa  245  9e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  44.56 
 
 
286 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  44.21 
 
 
286 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  46.1 
 
 
286 aa  239  4e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  43.51 
 
 
286 aa  238  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  44.56 
 
 
287 aa  236  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  43.62 
 
 
293 aa  235  6e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  43.06 
 
 
291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  45.39 
 
 
285 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.34 
 
 
746 aa  229  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.49 
 
 
742 aa  229  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.67 
 
 
746 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.58 
 
 
746 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  41.78 
 
 
288 aa  226  3e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.69 
 
 
746 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  44.41 
 
 
534 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  44.67 
 
 
746 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  44.67 
 
 
746 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.02 
 
 
746 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  44.41 
 
 
535 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.52 
 
 
748 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.25 
 
 
735 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  43.57 
 
 
295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  41.41 
 
 
296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  38.46 
 
 
286 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.72 
 
 
750 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.07 
 
 
752 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  41.38 
 
 
334 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  38.68 
 
 
319 aa  203  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  39.65 
 
 
294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  43.05 
 
 
308 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  37.41 
 
 
290 aa  199  7e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  39.06 
 
 
298 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  38.28 
 
 
770 aa  198  9e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  44.74 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  39.3 
 
 
302 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  43.05 
 
 
329 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  43.05 
 
 
329 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  40.71 
 
 
294 aa  195  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  40.91 
 
 
288 aa  195  8.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  40.71 
 
 
294 aa  195  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  40.07 
 
 
292 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.25 
 
 
778 aa  192  8e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  39.36 
 
 
289 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  40.15 
 
 
293 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  42.07 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  40.14 
 
 
290 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  38.49 
 
 
293 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  40.44 
 
 
292 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  36.21 
 
 
293 aa  189  7e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  36.21 
 
 
293 aa  189  7e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  37.55 
 
 
300 aa  188  9e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  37.28 
 
 
302 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2146  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.04 
 
 
745 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470632  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.63 
 
 
780 aa  187  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  42.9 
 
 
329 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  39.1 
 
 
364 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>