More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5818 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  100 
 
 
309 aa  609  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  89.51 
 
 
307 aa  535  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  77.18 
 
 
312 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1592  prephenate dehydrogenase  77.36 
 
 
312 aa  435  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  76.09 
 
 
313 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1873  Prephenate dehydrogenase  77.03 
 
 
312 aa  433  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.114366  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  69.44 
 
 
313 aa  409  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  68.23 
 
 
320 aa  393  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  66.67 
 
 
308 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  66.55 
 
 
313 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  65.1 
 
 
311 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  66.78 
 
 
314 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  67 
 
 
311 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  67.12 
 
 
313 aa  383  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  65.54 
 
 
313 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  65.65 
 
 
318 aa  376  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  65.32 
 
 
301 aa  372  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  64.43 
 
 
314 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.06 
 
 
311 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  59.33 
 
 
312 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.4 
 
 
307 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.74 
 
 
308 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.68 
 
 
313 aa  362  6e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  62.42 
 
 
319 aa  361  7.0000000000000005e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  59.06 
 
 
321 aa  360  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  59.06 
 
 
321 aa  361  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  61 
 
 
310 aa  360  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  62 
 
 
311 aa  358  5e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  62 
 
 
311 aa  358  5e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.02 
 
 
311 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  59.93 
 
 
312 aa  351  7e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  59.6 
 
 
310 aa  345  6e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.34 
 
 
311 aa  345  8e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  64.34 
 
 
317 aa  343  2.9999999999999997e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.14 
 
 
298 aa  331  1e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  57.79 
 
 
301 aa  324  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0696  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.62 
 
 
317 aa  317  1e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2888  cyclohexadienyl dehydrogenase  63.76 
 
 
300 aa  316  3e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  55.94 
 
 
302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  45.42 
 
 
297 aa  251  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  46.48 
 
 
288 aa  240  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  45.58 
 
 
286 aa  236  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  46.62 
 
 
285 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  47.69 
 
 
735 aa  228  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  43.31 
 
 
288 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  46.18 
 
 
746 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  44.72 
 
 
290 aa  226  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  43.62 
 
 
286 aa  226  4e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  46.9 
 
 
535 aa  225  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  47 
 
 
534 aa  225  7e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  44.33 
 
 
292 aa  225  8e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  46.1 
 
 
746 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  42.61 
 
 
286 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.49 
 
 
746 aa  221  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  46.62 
 
 
746 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  42.96 
 
 
286 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  43.26 
 
 
286 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.55 
 
 
752 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  46.26 
 
 
746 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  44.25 
 
 
287 aa  218  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.77 
 
 
746 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.77 
 
 
746 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  40.96 
 
 
290 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  45.33 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  43.46 
 
 
293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  42.16 
 
 
291 aa  211  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.81 
 
 
770 aa  211  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  39.58 
 
 
319 aa  207  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.11 
 
 
742 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  44.33 
 
 
295 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  36.27 
 
 
286 aa  202  7e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.81 
 
 
750 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.44 
 
 
748 aa  199  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  42.11 
 
 
288 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  34.26 
 
 
293 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  39.5 
 
 
298 aa  185  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  40.14 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.16 
 
 
778 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  38.68 
 
 
780 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  39.5 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  38.57 
 
 
298 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  36.46 
 
 
289 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2146  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.32 
 
 
745 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470632  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  35.46 
 
 
293 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  35.46 
 
 
293 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  42.02 
 
 
308 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  36.04 
 
 
294 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  41.45 
 
 
322 aa  175  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  38.04 
 
 
292 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  38.95 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  41.37 
 
 
329 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  39.18 
 
 
293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  41.37 
 
 
329 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  35.29 
 
 
293 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  41.04 
 
 
308 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  37.59 
 
 
294 aa  170  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  37.59 
 
 
294 aa  170  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1333  prephenate dehydrogenase  38.82 
 
 
375 aa  169  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000339582  normal  0.134491 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  32.99 
 
 
293 aa  169  7e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  34.36 
 
 
300 aa  169  7e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>