More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1938 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1938  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  100 
 
 
321 aa  629  1e-179  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0177  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  53.92 
 
 
296 aa  275  6e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0184  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  46.93 
 
 
320 aa  246  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3018  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  46.76 
 
 
281 aa  207  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2290  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  43.66 
 
 
286 aa  194  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2267  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  42.47 
 
 
313 aa  188  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.64 
 
 
324 aa  83.6  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 
339 aa  83.6  0.000000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 
337 aa  80.5  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  31.25 
 
 
342 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.32 
 
 
340 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.95 
 
 
724 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
337 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33.68 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.96 
 
 
688 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  35.53 
 
 
339 aa  77.4  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  38.78 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  41.09 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  41.09 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.88 
 
 
312 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.42 
 
 
335 aa  77  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  33 
 
 
336 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.52 
 
 
335 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  31.43 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  30 
 
 
342 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.61 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  33.14 
 
 
282 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  33.86 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  36.81 
 
 
300 aa  74.3  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  30.27 
 
 
342 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  30.27 
 
 
342 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  30.27 
 
 
342 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  30.27 
 
 
342 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.67 
 
 
351 aa  72.8  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.14 
 
 
343 aa  72.4  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  35.07 
 
 
324 aa  72  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.81 
 
 
520 aa  71.6  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.57 
 
 
622 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  34.03 
 
 
330 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2608  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
610 aa  70.5  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.83 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  28.3 
 
 
344 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  35.37 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.17 
 
 
351 aa  69.7  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.49 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  35.57 
 
 
323 aa  68.9  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.83 
 
 
342 aa  69.3  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.19 
 
 
737 aa  68.9  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2144  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.82 
 
 
741 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  39.64 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  29.78 
 
 
377 aa  67.8  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  37.42 
 
 
394 aa  68.2  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  38.58 
 
 
396 aa  68.2  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0374  DNA replication ATPase  33.83 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.885704  hitchhiker  0.00000094265 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.1 
 
 
641 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.53 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.94 
 
 
337 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  34.21 
 
 
327 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4930  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.56 
 
 
621 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.522711  normal  0.575314 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.4 
 
 
501 aa  67.4  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.88 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  30.99 
 
 
337 aa  67  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.84 
 
 
390 aa  67  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.1 
 
 
485 aa  66.6  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
323 aa  66.6  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.21 
 
 
478 aa  66.2  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.86 
 
 
344 aa  66.6  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.59 
 
 
478 aa  66.6  0.0000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  32.18 
 
 
336 aa  66.2  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.61 
 
 
331 aa  66.2  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.53 
 
 
328 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  31.05 
 
 
336 aa  65.9  0.0000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  34.86 
 
 
328 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0123  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  39.35 
 
 
312 aa  65.5  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00494524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  34.86 
 
 
328 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
328 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.39 
 
 
381 aa  65.5  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.51 
 
 
336 aa  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  37.4 
 
 
390 aa  65.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.08 
 
 
460 aa  64.7  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  30.17 
 
 
352 aa  64.7  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  30.48 
 
 
562 aa  64.3  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.48 
 
 
570 aa  63.9  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.69 
 
 
580 aa  64.3  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  31.87 
 
 
326 aa  63.9  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.88 
 
 
567 aa  64.3  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  26.34 
 
 
568 aa  63.5  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.59 
 
 
517 aa  63.5  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
373 aa  63.5  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  26.82 
 
 
326 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
338 aa  63.5  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.58 
 
 
395 aa  63.5  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0331  hypothetical protein  29.75 
 
 
629 aa  62.8  0.000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.517311 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.56 
 
 
339 aa  62.8  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  36.13 
 
 
625 aa  62.8  0.000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0066  DNA polymerase III, tau subunit  32.62 
 
 
577 aa  63.2  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  37.01 
 
 
390 aa  62.8  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  40.17 
 
 
340 aa  62.8  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  35.59 
 
 
380 aa  62.8  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>