More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2267 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_2267  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  100 
 
 
313 aa  622  1e-177  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0184  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  38.51 
 
 
320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0177  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  39.6 
 
 
296 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2290  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  40.28 
 
 
286 aa  171  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1938  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  46.35 
 
 
321 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3018  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  38.87 
 
 
281 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33.84 
 
 
336 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 
337 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  34.22 
 
 
336 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  34.64 
 
 
336 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 
284 aa  87.4  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  32.95 
 
 
337 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  28.85 
 
 
377 aa  84.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  37.18 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.18 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  34.1 
 
 
282 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  29.61 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.1 
 
 
520 aa  75.5  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  32.07 
 
 
344 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  31.41 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  30.38 
 
 
559 aa  73.9  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.75 
 
 
570 aa  74.3  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  31.2 
 
 
562 aa  73.9  0.000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  37.09 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  37.09 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  31.96 
 
 
342 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  34.81 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.53 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.85 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.34 
 
 
339 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.79 
 
 
331 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2262  DNA polymerase III subunit, putative  34.48 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.47 
 
 
567 aa  71.2  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.11 
 
 
342 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.81 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.81 
 
 
328 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  31.92 
 
 
342 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.28 
 
 
324 aa  70.1  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.95 
 
 
421 aa  70.1  0.00000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  35.53 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.41 
 
 
496 aa  69.3  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0123  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  36.94 
 
 
312 aa  68.9  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00494524  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.12 
 
 
339 aa  68.9  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  36.18 
 
 
330 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  30.22 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  30.77 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  29.38 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  30.77 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  30.77 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.11 
 
 
562 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.03 
 
 
724 aa  67.4  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  32.97 
 
 
344 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.48 
 
 
580 aa  67.4  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  67  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
559 aa  67  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.28 
 
 
338 aa  67  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  67  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.11 
 
 
562 aa  67  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.65 
 
 
383 aa  66.6  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.61 
 
 
312 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  35.29 
 
 
390 aa  66.6  0.0000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  35.29 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.58 
 
 
562 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.87 
 
 
622 aa  66.2  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.94 
 
 
327 aa  65.9  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.28 
 
 
614 aa  65.9  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  33.68 
 
 
349 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  31.05 
 
 
304 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.36 
 
 
565 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  34.62 
 
 
327 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.16 
 
 
390 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.36 
 
 
565 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  32.43 
 
 
340 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.97 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2608  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.91 
 
 
610 aa  65.1  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  28.36 
 
 
568 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.48 
 
 
527 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.2 
 
 
688 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.2 
 
 
540 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.98 
 
 
368 aa  64.7  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0542  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.28 
 
 
570 aa  64.7  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000531282  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.75 
 
 
323 aa  65.1  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  31.06 
 
 
326 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.33 
 
 
335 aa  63.9  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0331  hypothetical protein  25.26 
 
 
629 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.517311 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.4 
 
 
427 aa  63.9  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.49 
 
 
732 aa  63.5  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.25 
 
 
589 aa  63.5  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.14 
 
 
485 aa  63.5  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  32.41 
 
 
389 aa  63.2  0.000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.46 
 
 
588 aa  62.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  27.78 
 
 
326 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.25 
 
 
331 aa  62.8  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>