More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0648 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0648  recombination protein RecR  100 
 
 		 199 aa  397  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0126117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0519  recombination protein RecR  73.87 
 
 		 199 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.217217  normal  0.240559 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0712  recombination protein RecR  73.37 
 
 		 199 aa  300  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2367  recombination protein RecR  73.37 
 
 		 199 aa  300  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.424518  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3878  recombination protein RecR  74.37 
 
 		 199 aa  298  5e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.114118 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0164  recombination protein RecR  75.26 
 
 		 199 aa  298  5e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3647  recombination protein RecR  69.85 
 
 		 199 aa  268  5.9999999999999995e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.664913  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1638  recombination protein RecR  58.79 
 
 		 201 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0212504  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1920  recombination protein RecR  58.79 
 
 		 201 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.700264  normal  0.039212 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1240  recombination protein RecR  58.55 
 
 		 201 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0437  DNA replication and repair protein RecR  60.1 
 
 		 201 aa  232  3e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.792606  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0258  recombination protein RecR  56.78 
 
 		 199 aa  230  9e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1594  recombination protein RecR  59.09 
 
 		 201 aa  230  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  0.324626 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0032  recombination protein RecR  59.59 
 
 		 232 aa  229  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.196759  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0032  recombination protein RecR  59.07 
 
 		 201 aa  226  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0840728  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7344  recombination protein RecR  57.79 
 
 		 199 aa  226  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3471  RecR protein  60.1 
 
 		 197 aa  224  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0177625  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0023  recombination protein RecR  58.55 
 
 		 201 aa  223  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.622257  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3145  recombination protein RecR  56.28 
 
 		 201 aa  223  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216017  normal  0.38463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4750  recombination protein RecR  57.07 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.155758  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4573  recombination protein RecR  59.69 
 
 		 200 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4091  recombination protein RecR  56.48 
 
 		 201 aa  222  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607523  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0621  recombination protein RecR  58.03 
 
 		 200 aa  222  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990483  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0156  recombination protein RecR  58.25 
 
 		 201 aa  221  7e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2895  recombination protein RecR  57.22 
 
 		 198 aa  219  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0276  recombination protein RecR  56.48 
 
 		 201 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132353 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0085  recombination protein RecR  56.57 
 
 		 201 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal  0.0328355 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4241  recombination protein RecR  56.06 
 
 		 201 aa  218  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00140476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4846  recombination protein RecR  56.57 
 
 		 201 aa  218  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.816278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4074  recombination protein RecR  56.7 
 
 		 201 aa  218  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4394  recombination protein RecR  57.22 
 
 		 201 aa  217  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0666  recombination protein RecR  55.78 
 
 		 201 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.290354 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0254  recombination protein RecR  56.5 
 
 		 201 aa  216  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.185022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0367  recombination protein RecR  58.55 
 
 		 201 aa  215  4e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.997597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0464  recombination protein RecR  56.57 
 
 		 200 aa  213  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3435  recombination protein RecR  57.84 
 
 		 201 aa  212  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0250  recombination protein RecR  53.93 
 
 		 198 aa  212  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4043  recombination protein RecR  54.97 
 
 		 198 aa  207  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.609276 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1839  recombination protein RecR  57.07 
 
 		 201 aa  201  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.165637  normal  0.471383 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0899  recombination protein RecR  48.7 
 
 		 196 aa  195  4.0000000000000005e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000213296  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2911  recombination protein RecR  56.54 
 
 		 197 aa  192  4e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0675697 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0245  recombination protein RecR  43.16 
 
 		 195 aa  187  9e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0727285  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0843  recombination protein RecR  43.68 
 
 		 195 aa  186  3e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1180  recombination protein RecR  42.49 
 
 		 201 aa  184  1.0000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1998  recombination protein RecR  54.4 
 
 		 196 aa  178  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1611  recombination protein RecR  45.92 
 
 		 200 aa  171  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.315975  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0605  recombination protein RecR  42.21 
 
 		 198 aa  170  2e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.813504 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01600  DNA replication and repair protein RecR  42.64 
 
 		 198 aa  167  9e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000053602 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0531  recombination protein RecR  41.88 
 
 		 197 aa  166  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0553702  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1460  recombination protein RecR  43.84 
 
 		 203 aa  165  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2791  recombination protein RecR  42.42 
 
 		 201 aa  165  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0094882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1856  recombination protein RecR  39.8 
 
 		 199 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1740  DNA replication and repair protein RecR  42.13 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000762461  normal  0.0361777 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07580  recombination protein RecR  39.2 
 
 		 205 aa  162  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0808  recombination protein RecR  43.52 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000914779  hitchhiker  0.00000103011 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0415  recombination protein RecR  42.11 
 
 		 199 aa  161  5.0000000000000005e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.594093  normal  0.973959 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  38.46 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20770  recombination protein RecR  38.69 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.21986e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  42.63 
 
 		 199 aa  160  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  40 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0297  recombination protein RecR  39.7 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2142  recombination protein RecR  38.19 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000288624  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0259  recombination protein RecR  42.19 
 
 		 200 aa  160  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02350  DNA replication and repair protein RecR  38.69 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000224797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0554  recombination protein RecR  40.84 
 
 		 199 aa  159  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.407032  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0894  recombination protein RecR  38.62 
 
 		 205 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4814  recombination protein RecR  41.67 
 
 		 199 aa  158  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2610  recombination protein RecR  38.68 
 
 		 215 aa  158  6e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0693  recombination protein RecR  40.31 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6148  recombination protein RecR  41.49 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28430  DNA replication and repair protein RecR  42.93 
 
 		 197 aa  157  7e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0017  DNA replication and repair protein RecR  37.69 
 
 		 199 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  39.06 
 
 		 198 aa  157  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  39.06 
 
 		 198 aa  157  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  41.05 
 
 		 199 aa  156  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0625  recombination protein RecR  38.78 
 
 		 200 aa  155  2e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  37.95 
 
 		 198 aa  155  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1078  recombination protein RecR  41 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00501486  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0773  recombination protein RecR  41.58 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0044  recombination protein RecR  43.01 
 
 		 199 aa  155  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.118922  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0792  recombination protein RecR  34.67 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1600  recombination protein RecR  37.62 
 
 		 203 aa  155  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.351131 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0667  recombination protein RecR  41.58 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3233  recombination protein RecR  41 
 
 		 201 aa  155  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00290146  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0362  recombination protein RecR  37.19 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0952  recombination protein RecR  40.5 
 
 		 201 aa  155  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.051321  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  38.54 
 
 		 198 aa  155  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4901  recombination protein RecR  42.71 
 
 		 196 aa  155  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0035  recombination protein RecR  36.68 
 
 		 199 aa  154  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000323966  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2804  recombination protein RecR  38.17 
 
 		 197 aa  154  6e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2673  recombination protein RecR  38.17 
 
 		 197 aa  154  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1401  recombination protein RecR  42.05 
 
 		 197 aa  154  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2332  recombination protein RecR  42.63 
 
 		 196 aa  154  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0510  DNA replication and repair protein RecR  41.71 
 
 		 199 aa  154  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.186911  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3924  recombination protein RecR  39.9 
 
 		 204 aa  154  8e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00096202  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2171  recombination protein RecR  37.69 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36550  recombination protein RecR  41.45 
 
 		 198 aa  153  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.278851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0549  recombination protein RecR  40.1 
 
 		 199 aa  153  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.650198 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0531  recombination protein RecR  40 
 
 		 201 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2015  recombination protein RecR  40.1 
 
 		 199 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38119  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>