More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0085 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0085  recombination protein RecR  100 
 
 		 201 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal  0.0328355 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0666  recombination protein RecR  97.01 
 
 		 201 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.290354 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4846  recombination protein RecR  91.54 
 
 		 201 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.816278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0621  recombination protein RecR  93.88 
 
 		 200 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7344  recombination protein RecR  89.9 
 
 		 199 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0367  recombination protein RecR  90.05 
 
 		 201 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.997597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0464  recombination protein RecR  89.39 
 
 		 200 aa  357  6e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0032  recombination protein RecR  69.35 
 
 		 201 aa  295  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0840728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4750  recombination protein RecR  71.14 
 
 		 201 aa  294  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.155758  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4091  recombination protein RecR  68.16 
 
 		 201 aa  293  8e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607523  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4074  recombination protein RecR  68.66 
 
 		 201 aa  293  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0023  recombination protein RecR  68.84 
 
 		 201 aa  293  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.622257  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1638  recombination protein RecR  70.65 
 
 		 201 aa  291  4e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0212504  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0156  recombination protein RecR  71.64 
 
 		 201 aa  291  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1920  recombination protein RecR  70.65 
 
 		 201 aa  291  4e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.700264  normal  0.039212 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3145  recombination protein RecR  71.14 
 
 		 201 aa  291  6e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216017  normal  0.38463 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0032  recombination protein RecR  68.84 
 
 		 232 aa  291  6e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.196759  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4394  recombination protein RecR  68.16 
 
 		 201 aa  289  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1594  recombination protein RecR  70.15 
 
 		 201 aa  288  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  0.324626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4241  recombination protein RecR  70.65 
 
 		 201 aa  287  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00140476 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1240  recombination protein RecR  65.67 
 
 		 201 aa  286  2e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0276  recombination protein RecR  68.16 
 
 		 201 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132353 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0254  recombination protein RecR  69.15 
 
 		 201 aa  284  7e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.185022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1839  recombination protein RecR  72.36 
 
 		 201 aa  271  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.165637  normal  0.471383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3435  recombination protein RecR  67.72 
 
 		 201 aa  269  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0258  recombination protein RecR  64.14 
 
 		 199 aa  266  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0437  DNA replication and repair protein RecR  66.33 
 
 		 201 aa  249  2e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.792606  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3471  RecR protein  63.16 
 
 		 197 aa  246  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0177625  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4043  recombination protein RecR  57.73 
 
 		 198 aa  239  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.609276 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0250  recombination protein RecR  58.42 
 
 		 198 aa  237  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0519  recombination protein RecR  60.62 
 
 		 199 aa  235  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.217217  normal  0.240559 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4573  recombination protein RecR  59.49 
 
 		 200 aa  235  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0712  recombination protein RecR  60.1 
 
 		 199 aa  234  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2367  recombination protein RecR  60.1 
 
 		 199 aa  234  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.424518  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3878  recombination protein RecR  61.58 
 
 		 199 aa  232  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.114118 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2895  recombination protein RecR  57.73 
 
 		 198 aa  225  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0164  recombination protein RecR  59.47 
 
 		 199 aa  223  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3647  recombination protein RecR  56.92 
 
 		 199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.664913  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0648  recombination protein RecR  56.57 
 
 		 199 aa  219  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0126117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0843  recombination protein RecR  46.88 
 
 		 195 aa  213  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1998  recombination protein RecR  59.24 
 
 		 196 aa  212  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0245  recombination protein RecR  45.79 
 
 		 195 aa  209  2e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0727285  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1180  recombination protein RecR  44.79 
 
 		 201 aa  208  5e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2911  recombination protein RecR  57.73 
 
 		 197 aa  204  7e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0675697 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0899  recombination protein RecR  47.12 
 
 		 196 aa  201  5e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000213296  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0259  recombination protein RecR  47.09 
 
 		 200 aa  185  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4871  recombination protein RecR  46.88 
 
 		 199 aa  184  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  47.4 
 
 		 199 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1740  DNA replication and repair protein RecR  46.07 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000762461  normal  0.0361777 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0029  DNA replication and repair protein RecR  48.96 
 
 		 199 aa  183  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.157728  hitchhiker  0.00000915246 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4814  recombination protein RecR  47.62 
 
 		 199 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0017  DNA replication and repair protein RecR  42.86 
 
 		 199 aa  182  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1728  recombination protein RecR  46.6 
 
 		 195 aa  181  6e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0554  recombination protein RecR  44.44 
 
 		 199 aa  180  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.407032  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0044  recombination protein RecR  46.56 
 
 		 199 aa  179  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.118922  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1856  recombination protein RecR  44.97 
 
 		 199 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25940  DNA replication and repair protein RecR  46.03 
 
 		 204 aa  177  9e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0693  recombination protein RecR  42.86 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9313  recombination protein RecR  45.83 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.430471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0230  recombination protein RecR  45.64 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601647  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0022  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0021  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0021  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00242068  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1853  recombination protein RecR  43.52 
 
 		 196 aa  175  4e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.38333 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0268  recombination protein RecR  46.56 
 
 		 199 aa  175  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5292  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000931615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0026  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000213644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0025  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0028  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212912  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  175  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  175  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2015  recombination protein RecR  44.97 
 
 		 199 aa  175  5e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3776  recombination protein RecR  46.15 
 
 		 198 aa  174  8e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0326868  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0800  recombination protein RecR  45.08 
 
 		 197 aa  174  8e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.924037  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  43.52 
 
 		 198 aa  174  9e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1180  recombination protein RecR  46.07 
 
 		 197 aa  174  9e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  43.01 
 
 		 198 aa  173  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0465  recombination protein RecR  46.03 
 
 		 199 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.286719  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0023  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0021  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.134692  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  43.01 
 
 		 198 aa  173  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0386  recombination protein RecR  42.71 
 
 		 198 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.147094  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  43.75 
 
 		 199 aa  172  1.9999999999999998e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1207  recombination protein RecR  45.55 
 
 		 197 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.262054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0103  recombination protein RecR  47.42 
 
 		 205 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0794  recombination protein RecR  45.08 
 
 		 197 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0617027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0415  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.594093  normal  0.973959 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0773  recombination protein RecR  45.6 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1508  recombination protein RecR  46.6 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0537537  normal  0.426443 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0667  recombination protein RecR  45.6 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  45.5 
 
 		 199 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0808  recombination protein RecR  45.03 
 
 		 199 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000914779  hitchhiker  0.00000103011 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0033  recombination protein RecR  47.09 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00162242  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3635  recombination protein RecR  45.64 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0682949  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0020  recombination protein RecR  42.71 
 
 		 198 aa  171  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00591739  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01600  DNA replication and repair protein RecR  44.04 
 
 		 198 aa  171  5e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000053602 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0020  recombination protein RecR  42.19 
 
 		 198 aa  171  5e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.153698  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28430  DNA replication and repair protein RecR  44.97 
 
 		 197 aa  171  5.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0673  recombination protein RecR  46.63 
 
 		 202 aa  171  6.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0127  recombination protein RecR  44.44 
 
 		 202 aa  171  6.999999999999999e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>