More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0164 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0164  recombination protein RecR  100 
 
 		 199 aa  397  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3878  recombination protein RecR  73.23 
 
 		 199 aa  298  5e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.114118 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0648  recombination protein RecR  75.26 
 
 		 199 aa  298  5e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0126117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2367  recombination protein RecR  71.86 
 
 		 199 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.424518  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0712  recombination protein RecR  71.86 
 
 		 199 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0519  recombination protein RecR  71.86 
 
 		 199 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.217217  normal  0.240559 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3647  recombination protein RecR  68.5 
 
 		 199 aa  271  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.664913  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0258  recombination protein RecR  61.11 
 
 		 199 aa  243  9e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0032  recombination protein RecR  62.89 
 
 		 232 aa  243  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.196759  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0023  recombination protein RecR  64.74 
 
 		 201 aa  241  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.622257  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0032  recombination protein RecR  63.68 
 
 		 201 aa  240  9e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0840728  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4091  recombination protein RecR  61.05 
 
 		 201 aa  238  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607523  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1240  recombination protein RecR  59.07 
 
 		 201 aa  237  9e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4074  recombination protein RecR  60.1 
 
 		 201 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0276  recombination protein RecR  60.62 
 
 		 201 aa  234  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132353 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0156  recombination protein RecR  61.66 
 
 		 201 aa  234  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0437  DNA replication and repair protein RecR  59.6 
 
 		 201 aa  234  8e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.792606  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1638  recombination protein RecR  61.05 
 
 		 201 aa  234  9e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0212504  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1920  recombination protein RecR  61.05 
 
 		 201 aa  234  9e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.700264  normal  0.039212 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4394  recombination protein RecR  60.1 
 
 		 201 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4573  recombination protein RecR  60.61 
 
 		 200 aa  232  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1594  recombination protein RecR  61.05 
 
 		 201 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  0.324626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7344  recombination protein RecR  61.05 
 
 		 199 aa  230  9e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4750  recombination protein RecR  61.58 
 
 		 201 aa  230  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.155758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0250  recombination protein RecR  55.9 
 
 		 198 aa  229  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3145  recombination protein RecR  61.05 
 
 		 201 aa  229  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216017  normal  0.38463 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2895  recombination protein RecR  57.5 
 
 		 198 aa  228  5e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0621  recombination protein RecR  57.87 
 
 		 200 aa  227  8e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990483  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0254  recombination protein RecR  58.76 
 
 		 201 aa  226  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.185022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3435  recombination protein RecR  62.43 
 
 		 201 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4043  recombination protein RecR  57.95 
 
 		 198 aa  225  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.609276 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3471  RecR protein  58.03 
 
 		 197 aa  224  7e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0177625  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4846  recombination protein RecR  59.18 
 
 		 201 aa  224  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.816278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4241  recombination protein RecR  59.47 
 
 		 201 aa  223  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00140476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0666  recombination protein RecR  58.95 
 
 		 201 aa  223  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.290354 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0085  recombination protein RecR  59.47 
 
 		 201 aa  223  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal  0.0328355 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0464  recombination protein RecR  56.5 
 
 		 200 aa  221  7e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0367  recombination protein RecR  58.95 
 
 		 201 aa  221  8e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.997597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1839  recombination protein RecR  57.87 
 
 		 201 aa  214  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.165637  normal  0.471383 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0899  recombination protein RecR  49.23 
 
 		 196 aa  201  5e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000213296  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2911  recombination protein RecR  55.96 
 
 		 197 aa  197  6e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0675697 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0843  recombination protein RecR  47.37 
 
 		 195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0245  recombination protein RecR  46.63 
 
 		 195 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0727285  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1180  recombination protein RecR  44.33 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1611  recombination protein RecR  45.83 
 
 		 200 aa  177  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.315975  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1998  recombination protein RecR  52.72 
 
 		 196 aa  176  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2791  recombination protein RecR  43.85 
 
 		 201 aa  167  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0094882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0510  DNA replication and repair protein RecR  44.79 
 
 		 199 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.186911  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1728  recombination protein RecR  45.5 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1460  recombination protein RecR  45.5 
 
 		 203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09731  recombination protein RecR  41.94 
 
 		 189 aa  161  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  41.15 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  41.15 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0103  recombination protein RecR  43.46 
 
 		 205 aa  161  6e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1740  DNA replication and repair protein RecR  42.49 
 
 		 200 aa  161  6e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000762461  normal  0.0361777 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0792  recombination protein RecR  38.54 
 
 		 201 aa  160  8.000000000000001e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0894  recombination protein RecR  39.15 
 
 		 205 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  41.15 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1856  recombination protein RecR  42.71 
 
 		 199 aa  160  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0800  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 197 aa  159  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.924037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0259  recombination protein RecR  41.84 
 
 		 200 aa  159  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2142  recombination protein RecR  41.15 
 
 		 199 aa  159  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000288624  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1399  recombination protein RecR  40.96 
 
 		 192 aa  159  3e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.612922  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1639  DNA replication and repair protein RecR  42.02 
 
 		 219 aa  159  3e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0794  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 197 aa  159  4e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0617027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0297  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 199 aa  158  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  40.62 
 
 		 199 aa  158  5e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1593  recombination protein RecR  42.49 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.198008  normal  0.0655144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1921  recombination protein RecR  42.49 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1180  recombination protein RecR  40.96 
 
 		 197 aa  158  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1207  recombination protein RecR  40.96 
 
 		 197 aa  157  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.262054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0673  recombination protein RecR  40.41 
 
 		 202 aa  157  7e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0773  recombination protein RecR  41.8 
 
 		 201 aa  157  7e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0667  recombination protein RecR  41.8 
 
 		 201 aa  157  7e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  40.1 
 
 		 198 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  41.05 
 
 		 199 aa  157  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0531  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 197 aa  157  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0553702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4901  recombination protein RecR  43.3 
 
 		 196 aa  156  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25940  DNA replication and repair protein RecR  41.58 
 
 		 204 aa  156  2e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2253  recombination protein RecR  39.13 
 
 		 185 aa  155  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00314078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0017  DNA replication and repair protein RecR  36.98 
 
 		 199 aa  155  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  155  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2804  recombination protein RecR  39.78 
 
 		 197 aa  155  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2673  recombination protein RecR  39.78 
 
 		 197 aa  155  4e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12031  recombination protein RecR  38.74 
 
 		 199 aa  155  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0035  recombination protein RecR  40 
 
 		 199 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000323966  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  41.58 
 
 		 199 aa  154  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0593  recombination protein RecR  38.83 
 
 		 199 aa  154  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10891  RecR protein  40.88 
 
 		 182 aa  154  8e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.683026  normal  0.323303 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28430  DNA replication and repair protein RecR  40.93 
 
 		 197 aa  154  1e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2610  recombination protein RecR  39.9 
 
 		 215 aa  153  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1853  recombination protein RecR  41.24 
 
 		 196 aa  153  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.38333 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1078  recombination protein RecR  40.91 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00501486  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0044  recombination protein RecR  40.53 
 
 		 199 aa  152  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.118922  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1108  recombination protein RecR  38.22 
 
 		 199 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.425444  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12041  recombination protein RecR  38.22 
 
 		 199 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3233  recombination protein RecR  40.4 
 
 		 201 aa  152  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00290146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1337  recombinational DNA repair protein  39.06 
 
 		 197 aa  153  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.43328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0465  recombination protein RecR  40.1 
 
 		 199 aa  153  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.286719  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1021  recombination protein RecR  41.92 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.541462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>