More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0156 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0156  recombination protein RecR  100 
 
 		 201 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4074  recombination protein RecR  87.06 
 
 		 201 aa  360  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4394  recombination protein RecR  87.56 
 
 		 201 aa  357  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3435  recombination protein RecR  88.36 
 
 		 201 aa  347  9e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0032  recombination protein RecR  78.61 
 
 		 201 aa  332  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0840728  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4091  recombination protein RecR  78.39 
 
 		 201 aa  331  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607523  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0023  recombination protein RecR  78.11 
 
 		 201 aa  330  8e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.622257  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0032  recombination protein RecR  78.11 
 
 		 232 aa  329  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.196759  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1240  recombination protein RecR  72.36 
 
 		 201 aa  303  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0276  recombination protein RecR  72.86 
 
 		 201 aa  299  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132353 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0254  recombination protein RecR  68.84 
 
 		 201 aa  291  3e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.185022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0085  recombination protein RecR  71.64 
 
 		 201 aa  291  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal  0.0328355 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4846  recombination protein RecR  71.64 
 
 		 201 aa  291  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.816278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0666  recombination protein RecR  71.14 
 
 		 201 aa  288  4e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.290354 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7344  recombination protein RecR  72.59 
 
 		 199 aa  288  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0367  recombination protein RecR  70.65 
 
 		 201 aa  288  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.997597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0621  recombination protein RecR  71.79 
 
 		 200 aa  287  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990483  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0464  recombination protein RecR  71.79 
 
 		 200 aa  281  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0258  recombination protein RecR  69.07 
 
 		 199 aa  281  6.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3145  recombination protein RecR  66.83 
 
 		 201 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216017  normal  0.38463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4750  recombination protein RecR  67.34 
 
 		 201 aa  276  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.155758  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1594  recombination protein RecR  66.83 
 
 		 201 aa  273  9e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  0.324626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4241  recombination protein RecR  67.34 
 
 		 201 aa  273  9e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00140476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1920  recombination protein RecR  65.83 
 
 		 201 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.700264  normal  0.039212 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1638  recombination protein RecR  65.83 
 
 		 201 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0212504  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1839  recombination protein RecR  68.34 
 
 		 201 aa  258  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.165637  normal  0.471383 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4043  recombination protein RecR  60.82 
 
 		 198 aa  243  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.609276 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0437  DNA replication and repair protein RecR  61.69 
 
 		 201 aa  241  3.9999999999999997e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.792606  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0250  recombination protein RecR  59.47 
 
 		 198 aa  238  5e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3471  RecR protein  62.11 
 
 		 197 aa  236  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0177625  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4573  recombination protein RecR  59.38 
 
 		 200 aa  236  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0164  recombination protein RecR  61.66 
 
 		 199 aa  234  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2895  recombination protein RecR  61.05 
 
 		 198 aa  234  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0519  recombination protein RecR  60 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.217217  normal  0.240559 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0712  recombination protein RecR  60 
 
 		 199 aa  229  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2367  recombination protein RecR  60 
 
 		 199 aa  229  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.424518  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3878  recombination protein RecR  60.1 
 
 		 199 aa  225  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.114118 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0648  recombination protein RecR  58.25 
 
 		 199 aa  221  7e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0126117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0245  recombination protein RecR  48.7 
 
 		 195 aa  217  8.999999999999998e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0727285  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2911  recombination protein RecR  59.38 
 
 		 197 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0675697 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0843  recombination protein RecR  48.19 
 
 		 195 aa  213  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3647  recombination protein RecR  57.81 
 
 		 199 aa  212  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.664913  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_002978  WD1180  recombination protein RecR  47.62 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0899  recombination protein RecR  50 
 
 		 196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000213296  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1998  recombination protein RecR  53.76 
 
 		 196 aa  195  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0297  recombination protein RecR  47.96 
 
 		 199 aa  190  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0259  recombination protein RecR  48.15 
 
 		 200 aa  190  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2142  recombination protein RecR  46.88 
 
 		 199 aa  190  2e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000288624  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0017  DNA replication and repair protein RecR  44.44 
 
 		 199 aa  186  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1740  DNA replication and repair protein RecR  47.94 
 
 		 200 aa  183  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000762461  normal  0.0361777 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2128  recombination protein RecR  48.42 
 
 		 198 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.505322  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0244  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 199 aa  180  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000716421  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0029  DNA replication and repair protein RecR  48.44 
 
 		 199 aa  179  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.157728  hitchhiker  0.00000915246 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1460  recombination protein RecR  46.07 
 
 		 203 aa  179  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0054  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 198 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0057  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 198 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  44.04 
 
 		 198 aa  179  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0035  recombination protein RecR  46.03 
 
 		 199 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000323966  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  44.56 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  44.56 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0549  recombination protein RecR  45.83 
 
 		 199 aa  178  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.650198 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  177  8e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4814  recombination protein RecR  46.56 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20770  recombination protein RecR  44.92 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.21986e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  45.83 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  44.79 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0033  recombination protein RecR  46.52 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00162242  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0044  recombination protein RecR  43.52 
 
 		 200 aa  174  6e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0424851  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0766  recombination protein RecR  44.21 
 
 		 198 aa  173  9.999999999999999e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.290455  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12041  recombination protein RecR  45.26 
 
 		 199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1108  recombination protein RecR  45.26 
 
 		 199 aa  172  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.425444  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4871  recombination protein RecR  44.79 
 
 		 199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0020  recombination protein RecR  43.23 
 
 		 198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.153698  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0554  recombination protein RecR  43.92 
 
 		 199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.407032  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2791  recombination protein RecR  44.5 
 
 		 201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0094882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5292  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000931615  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0022  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0021  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0021  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00242068  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0025  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0028  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212912  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0386  recombination protein RecR  42.71 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.147094  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0020  recombination protein RecR  43.59 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00591739  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2610  recombination protein RecR  42.38 
 
 		 215 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0026  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000213644  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9313  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.430471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1175  recombination protein RecR  42.36 
 
 		 204 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000261474  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0367  recombination protein RecR  44.04 
 
 		 197 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000104569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3420  recombination protein RecR  45.21 
 
 		 197 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000418809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0883  recombination protein RecR  44.78 
 
 		 204 aa  172  3.9999999999999995e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000254341  normal  0.0456333 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2015  recombination protein RecR  43.92 
 
 		 199 aa  171  5e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0117  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 203 aa  171  5.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000471102  normal  0.0497522 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12031  recombination protein RecR  44.74 
 
 		 199 aa  171  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  42.71 
 
 		 199 aa  171  5.999999999999999e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0023  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  171  9e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0021  recombination protein RecR  43.75 
 
 		 198 aa  171  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.134692  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1973  recombination protein RecR  44.39 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0094  recombination protein RecR  41.67 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.427132  hitchhiker  0.00000395528 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25940  DNA replication and repair protein RecR  43.75 
 
 		 204 aa  170  1e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>