More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3647 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3647  recombination protein RecR  100 
 
 		 199 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.664913  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3878  recombination protein RecR  73.37 
 
 		 199 aa  289  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.114118 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0712  recombination protein RecR  70.85 
 
 		 199 aa  277  9e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2367  recombination protein RecR  70.85 
 
 		 199 aa  277  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.424518  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0519  recombination protein RecR  69.35 
 
 		 199 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.217217  normal  0.240559 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0164  recombination protein RecR  68.5 
 
 		 199 aa  271  4.0000000000000004e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0648  recombination protein RecR  69.85 
 
 		 199 aa  268  5.9999999999999995e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0126117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3471  RecR protein  63.73 
 
 		 197 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0177625  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4091  recombination protein RecR  59.07 
 
 		 201 aa  226  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7344  recombination protein RecR  58.16 
 
 		 199 aa  224  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4573  recombination protein RecR  58.16 
 
 		 200 aa  223  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2895  recombination protein RecR  60.82 
 
 		 198 aa  222  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4846  recombination protein RecR  57.95 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.816278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0621  recombination protein RecR  57.73 
 
 		 200 aa  222  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.990483  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0032  recombination protein RecR  59.18 
 
 		 232 aa  222  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.196759  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0032  recombination protein RecR  58.67 
 
 		 201 aa  220  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0840728  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1240  recombination protein RecR  54.87 
 
 		 201 aa  219  9.999999999999999e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0085  recombination protein RecR  56.92 
 
 		 201 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal  0.0328355 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0250  recombination protein RecR  56.54 
 
 		 198 aa  218  3.9999999999999997e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0023  recombination protein RecR  58.16 
 
 		 201 aa  218  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.622257  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1920  recombination protein RecR  58.46 
 
 		 201 aa  218  6e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.700264  normal  0.039212 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1638  recombination protein RecR  58.46 
 
 		 201 aa  218  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0212504  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0437  DNA replication and repair protein RecR  57.95 
 
 		 201 aa  218  7e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.792606  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0666  recombination protein RecR  56.12 
 
 		 201 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.290354 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4043  recombination protein RecR  58.64 
 
 		 198 aa  216  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.609276 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0258  recombination protein RecR  54.77 
 
 		 199 aa  216  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0254  recombination protein RecR  57.14 
 
 		 201 aa  214  5e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.185022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1594  recombination protein RecR  57.44 
 
 		 201 aa  214  7e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  0.324626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0156  recombination protein RecR  57.81 
 
 		 201 aa  212  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3145  recombination protein RecR  56.92 
 
 		 201 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216017  normal  0.38463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0367  recombination protein RecR  56.41 
 
 		 201 aa  209  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.997597 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4074  recombination protein RecR  55.73 
 
 		 201 aa  209  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0276  recombination protein RecR  58.33 
 
 		 201 aa  209  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132353 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4750  recombination protein RecR  57.44 
 
 		 201 aa  207  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.155758  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1839  recombination protein RecR  58.08 
 
 		 201 aa  206  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.165637  normal  0.471383 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0464  recombination protein RecR  54.36 
 
 		 200 aa  206  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4394  recombination protein RecR  55.21 
 
 		 201 aa  206  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4241  recombination protein RecR  55.9 
 
 		 201 aa  203  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00140476 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3435  recombination protein RecR  54.1 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1180  recombination protein RecR  44.27 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0843  recombination protein RecR  45.26 
 
 		 195 aa  189  2e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0245  recombination protein RecR  44.21 
 
 		 195 aa  186  2e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0727285  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2911  recombination protein RecR  54.92 
 
 		 197 aa  184  7e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0675697 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0044  recombination protein RecR  46.88 
 
 		 199 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.118922  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0899  recombination protein RecR  44.79 
 
 		 196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000213296  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  46.32 
 
 		 199 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2015  recombination protein RecR  45.83 
 
 		 199 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38119  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4814  recombination protein RecR  45.83 
 
 		 199 aa  179  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0415  recombination protein RecR  44.74 
 
 		 199 aa  178  4.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.594093  normal  0.973959 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0272  recombination protein RecR  45.79 
 
 		 202 aa  177  5.999999999999999e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0259  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 200 aa  177  7e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  41.15 
 
 		 198 aa  177  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0465  recombination protein RecR  44.27 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.286719  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1998  recombination protein RecR  54.35 
 
 		 196 aa  176  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3124  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0192329  hitchhiker  0.0000115295 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  41.15 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9027  recombination protein RecR  44.27 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  41.15 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4871  recombination protein RecR  44.79 
 
 		 199 aa  175  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6868  recombination protein RecR  45.23 
 
 		 201 aa  174  5e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  40.62 
 
 		 198 aa  174  6e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28430  DNA replication and repair protein RecR  44.79 
 
 		 197 aa  174  7e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0554  recombination protein RecR  43.46 
 
 		 199 aa  174  7e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.407032  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1639  DNA replication and repair protein RecR  46.52 
 
 		 219 aa  174  9e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0693  recombination protein RecR  43.46 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  40.1 
 
 		 198 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1399  recombination protein RecR  46.03 
 
 		 192 aa  172  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.612922  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3693  recombination protein RecR  44.67 
 
 		 198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3776  recombination protein RecR  44.67 
 
 		 198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0326868  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9313  recombination protein RecR  45.31 
 
 		 199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.430471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3635  recombination protein RecR  44.67 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0682949  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0268  recombination protein RecR  44.74 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1180  recombination protein RecR  44.44 
 
 		 197 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0319  recombination protein RecR  44.74 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.697787  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1207  recombination protein RecR  44.44 
 
 		 197 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.262054  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0549  recombination protein RecR  44.27 
 
 		 199 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.650198 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0479  recombination protein RecR  42.71 
 
 		 199 aa  171  5e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0004265  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  42.63 
 
 		 199 aa  171  5e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0117  recombination protein RecR  42.05 
 
 		 203 aa  171  5.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000471102  normal  0.0497522 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0020  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.153698  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0673  recombination protein RecR  44 
 
 		 202 aa  171  6.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6566  recombination protein RecR  42.63 
 
 		 199 aa  171  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00960042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36550  recombination protein RecR  45.6 
 
 		 198 aa  171  9e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.278851  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2804  recombination protein RecR  41.36 
 
 		 197 aa  170  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2673  recombination protein RecR  41.36 
 
 		 197 aa  170  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1288  recombination protein RecR  43.22 
 
 		 200 aa  169  2e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4182  recombination protein RecR  41.97 
 
 		 205 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.406178  normal  0.562882 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0020  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00591739  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1728  recombination protein RecR  45.03 
 
 		 195 aa  169  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25940  DNA replication and repair protein RecR  44.21 
 
 		 204 aa  168  5e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0894  recombination protein RecR  39.06 
 
 		 205 aa  168  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2142  recombination protein RecR  38.19 
 
 		 199 aa  167  7e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000288624  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5292  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000931615  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0022  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0021  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0026  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000213644  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0510  DNA replication and repair protein RecR  45.73 
 
 		 199 aa  167  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.186911  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0028  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212912  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0025  recombination protein RecR  39.58 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>