More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0388 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0388  ribose import ATP-binding protein rbsA  100 
 
 		 261 aa  532  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.956313 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0370  ABC transporter related  85.32 
 
 		 259 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1375  ABC transporter related  84.71 
 
 		 257 aa  449  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.143315  normal  0.0808581 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0104  ABC transporter related  83.2 
 
 		 260 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0503  ABC transporter related  84.11 
 
 		 264 aa  444  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5969  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  83.2 
 
 		 268 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.354097  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0127  ABC transporter related  84.62 
 
 		 265 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.926966 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2607  ABC transporter related  82.94 
 
 		 260 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.143234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0128  ABC transporter related  83.2 
 
 		 260 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0071  ABC transporter related  79.77 
 
 		 259 aa  424  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0988  ABC sugar transporter, ATPase subunit  81.75 
 
 		 258 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2648  ABC transporter related  81.75 
 
 		 258 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0236  ABC transporter related  80.48 
 
 		 258 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.762191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2415  ABC transporter related  74.33 
 
 		 273 aa  404  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.133775  normal  0.475676 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4187  ABC transporter related  74.52 
 
 		 265 aa  398  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0892  ABC sugar transporter, ATPase subunit  66.93 
 
 		 265 aa  348  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4579  ABC transporter related  64.98 
 
 		 265 aa  342  5e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00500559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3594  ABC transporter related  65.46 
 
 		 266 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2514  ABC transporter-like protein  64.14 
 
 		 284 aa  328  5.0000000000000004e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.703565  normal  0.280675 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3556  ABC transporter related protein  65.22 
 
 		 260 aa  326  2.0000000000000001e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301945  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3352  ABC transporter related  65.71 
 
 		 265 aa  325  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5757  ABC transporter related  61.26 
 
 		 257 aa  320  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.103375 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2855  ABC transporter-related protein  61.87 
 
 		 274 aa  319  3e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0183  ABC transporter related protein  62.02 
 
 		 285 aa  319  3e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2605  ABC transporter related  63.12 
 
 		 263 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.120025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0538  ABC transporter related  65.45 
 
 		 274 aa  308  4e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3205  ABC transporter related  65.49 
 
 		 272 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00011421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2223  ABC transporter-related protein  63.42 
 
 		 263 aa  306  3e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0935635 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1901  ABC transporter related  64.82 
 
 		 265 aa  300  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0159617  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0717  ABC transporter related  60.8 
 
 		 257 aa  298  5e-80  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.393334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3128  ABC transporter related protein  62.85 
 
 		 275 aa  293  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  hitchhiker  0.00266425 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7024  ABC transporter related  61.22 
 
 		 275 aa  291  8e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3623  ABC transporter related protein  61.54 
 
 		 266 aa  286  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2601  ABC transporter related  51.92 
 
 		 258 aa  263  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1600  ABC transporter related  49.6 
 
 		 260 aa  237  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0345  ABC transporter related  46.46 
 
 		 271 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3969  ABC transporter related  47.24 
 
 		 254 aa  228  8e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0349444  normal  0.0435922 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6092  ABC transporter related  47.22 
 
 		 253 aa  228  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0260  ABC transporter related  47.31 
 
 		 260 aa  224  9e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.469491  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4339  ABC transporter related  45.59 
 
 		 263 aa  224  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1131  ABC transporter related  46.4 
 
 		 261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0806733 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5292  ABC transporter-related protein  49.34 
 
 		 260 aa  218  6e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.688621  normal  0.0485107 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1574  ABC transporter related  45.77 
 
 		 261 aa  214  9e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.266375  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1274  ABC transporter-like protein  49.33 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.292913  normal  0.701286 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5293  ABC transporter related  43.94 
 
 		 266 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0740635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2673  ABC transporter related protein  50.89 
 
 		 261 aa  211  1e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00128124  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0493  ABC transporter related  43.31 
 
 		 254 aa  210  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0504196  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1210  ABC transporter related  49.08 
 
 		 259 aa  209  3e-53  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.286528  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2703  ABC transporter-related protein  42 
 
 		 258 aa  208  5e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.787131  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5948  ABC transporter related  44.66 
 
 		 313 aa  209  5e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1033  ABC transporter related  42.86 
 
 		 265 aa  206  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1599  ABC transporter related  43.58 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.664694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1364  ABC transporter related  44.9 
 
 		 278 aa  206  4e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.113543  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1504  ABC transporter related  44.44 
 
 		 257 aa  205  7e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5342  ABC transporter  43.27 
 
 		 249 aa  202  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1833  ABC transporter related  43.95 
 
 		 259 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2377  ABC transporter related  43.41 
 
 		 252 aa  202  6e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2692  ABC transporter related protein  43.03 
 
 		 264 aa  201  8e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4237  ABC transporter related  43.43 
 
 		 271 aa  201  9e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.413873  normal  0.20024 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6740  ABC transporter related protein  45.34 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172278 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1327  ABC sugar transporter, ATPase subunit  43.32 
 
 		 278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4851  ABC transporter related  42.35 
 
 		 262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782543  normal  0.109166 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6694  ABC transporter related  41.57 
 
 		 262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.356782  normal  0.232688 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2808  ABC transporter related  43.32 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.163546  normal  0.337543 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24380  monosaccharide ABC transporter ATP-binding protein  42.75 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.446861  normal  0.0741452 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0992  ABC transporter related  44.22 
 
 		 257 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2646  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  42.31 
 
 		 266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.112475  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1693  ABC transporter-like protein  42.69 
 
 		 280 aa  199  5e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.240212  normal  0.564915 
 
 
-
 
NC_004310  BR1339  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  43.95 
 
 		 259 aa  198  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5347  ABC transporter related  44.31 
 
 		 261 aa  198  6e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1592  ABC transporter related  40.71 
 
 		 265 aa  198  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1187  ABC transporter related  41.73 
 
 		 264 aa  198  7.999999999999999e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.401309  normal  0.155677 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0914  sugar ABC transporter, ATP-binding protein, putative  42.52 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144366  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4284  ABC transporter related protein  44.53 
 
 		 260 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1832  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  42.52 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1461  ABC transporter related protein  45.75 
 
 		 250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.284727 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1445  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  42.52 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.59093  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0435  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  42.52 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125236  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1656  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  42.52 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1678  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  42.52 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0727  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  42.52 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.455869  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3847  ABC transporter related  43.03 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7377  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (xylose)  45.97 
 
 		 277 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2410  ABC transporter related  41.94 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0037  ABC transporter related protein  42.74 
 
 		 247 aa  195  6e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2273  ABC transporter-like protein  45.06 
 
 		 257 aa  195  6e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0986317 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2671  ABC transporter related protein  44 
 
 		 269 aa  194  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000816223  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6322  ABC transporter related  44.05 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.645186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0885  ABC transporter related  43.5 
 
 		 245 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0800857 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3341  ABC transporter related  43.91 
 
 		 262 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00439567  normal  0.282749 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1276  ABC transporter related  40.08 
 
 		 264 aa  192  5e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.233639  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1719  ABC transporter related  40.86 
 
 		 262 aa  192  5e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0707224  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4993  ABC transporter related protein  46.7 
 
 		 283 aa  192  6e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356987  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2583  ABC transporter-like protein  42.31 
 
 		 254 aa  191  7e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4592  ABC transporter related  43.25 
 
 		 273 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1125  ABC transporter related protein  42.91 
 
 		 266 aa  190  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.13168  normal  0.0632249 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5339  ABC transporter related protein  40.47 
 
 		 278 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3432  ABC transporter related  46.26 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.731931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1972  ABC transporter related  45.45 
 
 		 269 aa  188  7e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3269  ABC transporter related  40.56 
 
 		 247 aa  188  8e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.704412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>