More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3276 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3276  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 307 aa  622  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.541396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5018  porphobilinogen deaminase  63.43 
 
 		 309 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0492  hydroxymethylbilane synthase  59.08 
 
 		 312 aa  353  2e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0963  porphobilinogen deaminase  52.12 
 
 		 310 aa  330  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3354  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 308 aa  242  5e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  40.85 
 
 		 311 aa  232  7.000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  42.24 
 
 		 315 aa  230  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  43.27 
 
 		 313 aa  228  7e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  41.04 
 
 		 314 aa  227  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  43 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  43.97 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  42.35 
 
 		 313 aa  225  8e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  41.83 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  41.85 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  43.09 
 
 		 309 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  42.81 
 
 		 306 aa  223  4.9999999999999996e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1539  porphobilinogen deaminase  40.2 
 
 		 312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0899347  hitchhiker  0.00290857 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 318 aa  220  3e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  43.04 
 
 		 319 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  43.04 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  44.08 
 
 		 310 aa  219  7e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  42.26 
 
 		 320 aa  218  7e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  40.06 
 
 		 313 aa  218  7.999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  41.5 
 
 		 309 aa  218  8.999999999999998e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  40.59 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  39.6 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  41.91 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  43.67 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  41.5 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05591  porphobilinogen deaminase  39.35 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  42.72 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  39.02 
 
 		 310 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  38.69 
 
 		 318 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  38.82 
 
 		 318 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04951  porphobilinogen deaminase  40.45 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.334606  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1680  porphobilinogen deaminase  40.97 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  41.56 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  42.47 
 
 		 285 aa  209  4e-53  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  40.92 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 311 aa  209  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  42.16 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5131  porphobilinogen deaminase  41.03 
 
 		 322 aa  208  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  40.59 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  39.61 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  40.13 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05521  porphobilinogen deaminase  40.39 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.276961 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  39.87 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0525  porphobilinogen deaminase  40.98 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  39.03 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  41.1 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  39.6 
 
 		 322 aa  205  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  40.97 
 
 		 320 aa  205  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  39.68 
 
 		 320 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  41.8 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2007  porphobilinogen deaminase  39.68 
 
 		 320 aa  205  7e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  42.95 
 
 		 313 aa  205  7e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1828  porphobilinogen deaminase  40.39 
 
 		 315 aa  205  8e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05521  porphobilinogen deaminase  39.29 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132832  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  41 
 
 		 312 aa  205  9e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0967  porphobilinogen deaminase  42.9 
 
 		 320 aa  205  9e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.219304  normal  0.534039 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  39.87 
 
 		 309 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2621  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.995581  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  39.94 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0688  porphobilinogen deaminase  38.76 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427677  normal  0.256859 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  42 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  40.66 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1289  porphobilinogen deaminase  40.25 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1891  porphobilinogen deaminase  40.32 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  41.91 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  37.7 
 
 		 318 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  41.72 
 
 		 311 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  38.54 
 
 		 321 aa  202  7e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  40.39 
 
 		 320 aa  202  8e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  37.38 
 
 		 318 aa  201  9e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 317 aa  201  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  40.26 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0679  porphobilinogen deaminase  40.58 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.451406  normal  0.332479 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  40.26 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1259  porphobilinogen deaminase  40.73 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.925729  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  40.34 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  38.61 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  40.34 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  40.07 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>