274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7228 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7228  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 316 aa  645    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  26.65 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  29.36 
 
 		 342 aa  95.9  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  26.51 
 
 		 372 aa  85.9  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  28.25 
 
 		 348 aa  85.9  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 347 aa  85.9  9e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  26.33 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  25.56 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4694  anti-FecI sigma factor, FecR  24.84 
 
 		 379 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.446501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  28.45 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0357  anti-FecI sigma factor, FecR  27.68 
 
 		 381 aa  82.4  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  26.67 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  27.43 
 
 		 340 aa  82.4  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  27.95 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  26.5 
 
 		 345 aa  79.3  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  25.48 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  25.38 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  24.85 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  32.11 
 
 		 374 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1792  anti-FecI sigma factor, FecR  30.81 
 
 		 365 aa  75.9  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3122  anti-FecI sigma factor, FecR  30.41 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0237449  normal  0.801665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  28.01 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  29.21 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  26.42 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0658  anti-FecI sigma factor, FecR  30.38 
 
 		 379 aa  73.9  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  27.76 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  30.17 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  25.81 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2819  anti-FecI sigma factor, FecR  25.21 
 
 		 349 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  25.43 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  26.98 
 
 		 339 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  25.85 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  27.39 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  30.17 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  35.17 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  26.79 
 
 		 328 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  27 
 
 		 376 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  24.46 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  28.52 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  34.17 
 
 		 357 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  28.38 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1703  anti-FecI sigma factor, FecR  28.1 
 
 		 365 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  27.33 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  26.73 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  28.98 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  27.83 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3705  anti-FecI sigma factor, FecR  28.49 
 
 		 350 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2895  anti-FecI sigma factor, FecR  23.53 
 
 		 357 aa  67  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459828  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  29.9 
 
 		 385 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  27.39 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  28.51 
 
 		 329 aa  66.6  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  22.58 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1461  anti-FecI sigma factor, FecR  30.05 
 
 		 366 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  23.49 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  27.94 
 
 		 339 aa  65.9  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6661  anti-FecI sigma factor, FecR  26.19 
 
 		 339 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  26.26 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  27.57 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  26.02 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2228  anti-FecI sigma factor, FecR  29.76 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28991  normal  0.282396 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  28.98 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  35.77 
 
 		 348 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  27.24 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  27.33 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  31.31 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  22.86 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  29.13 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1426  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 		 361 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  29.95 
 
 		 327 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5418  anti-FecI sigma factor, FecR  25.3 
 
 		 368 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  28.09 
 
 		 331 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1414  anti-FecI sigma factor, FecR  28.72 
 
 		 365 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0503225  normal  0.125671 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  26.49 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  31.33 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  26.89 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2220  anti-FecI sigma factor, FecR  24.8 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.123621 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  24.53 
 
 		 350 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3160  anti-FecI sigma factor, FecR  37.62 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00013248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  27.43 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6566  anti-FecI sigma factor, FecR  27.81 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.636553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  27.37 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0045  anti-FecI sigma factor, FecR  44.29 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2450  anti-FecI sigma factor, FecR  25.98 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  25.73 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  28.33 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  25.36 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1566  anti-FecI sigma factor, FecR  27.04 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2767  anti-FecI sigma factor, FecR  28.43 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  27.18 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  32 
 
 		 331 aa  59.3  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  25.09 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  28.06 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  38.38 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  28.79 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  26.36 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  25 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  28.05 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>