More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1168 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1168  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  551  1e-156  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2943  helix-turn-helix domain-containing protein  30.13 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0314532  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.21 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.21 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.21 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.21 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.21 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.21 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  24.21 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  30.61 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.81 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  37.25 
 
 		 537 aa  64.7  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  28.69 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  30 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 292 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 299 aa  62  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 129 aa  62  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  28.8 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.41 
 
 		 280 aa  61.6  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  28.08 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.76 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.76 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.76 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.76 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.76 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  39.56 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  26.7 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3734  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 345 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  32.99 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  30.95 
 
 		 270 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 256 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 463 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  27.78 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 305 aa  58.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.53 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1288  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0436335  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 375 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  22.15 
 
 		 296 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 323 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  22.15 
 
 		 296 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.98 
 
 		 290 aa  57  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  22.15 
 
 		 296 aa  57  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 287 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  27.86 
 
 		 287 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 293 aa  57  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>