More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0917 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0917  outer membrane efflux protein  100 
 
 
446 aa  879    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0711  outer membrane efflux protein  50 
 
 
456 aa  415  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.202644  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1062  outer membrane efflux protein  50.45 
 
 
456 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0664655  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0637  outer membrane efflux protein  49.78 
 
 
456 aa  414  1e-114  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.358934  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1082  outer membrane efflux protein  32.04 
 
 
447 aa  208  2e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0760  outer membrane efflux protein  31.72 
 
 
432 aa  174  3.9999999999999995e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.127184  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0746  outer membrane protein  28.78 
 
 
461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1086  TolC protein  29.14 
 
 
448 aa  164  3e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1258  putative flagellar hook-associated protein 2  28.88 
 
 
448 aa  162  1e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  21.88 
 
 
464 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0117  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  22.32 
 
 
482 aa  114  3e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0834  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.5 
 
 
483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.933668  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  21.5 
 
 
483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00460212  hitchhiker  0.00000000259986 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3454  outer membrane efflux protein  22.25 
 
 
477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00515771  hitchhiker  0.00444269 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.5 
 
 
483 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00132321  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0802  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.12 
 
 
476 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102308  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.4 
 
 
471 aa  106  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228737  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0822  outer membrane efflux family protein  20.95 
 
 
472 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0563  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  24.09 
 
 
482 aa  101  3e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0291463  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1561  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  23.14 
 
 
480 aa  94.7  3e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  22.54 
 
 
470 aa  93.2  8e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1638  30S ribosomal protein S12  23.42 
 
 
460 aa  93.2  8e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.240044  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  20 
 
 
432 aa  90.5  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.17 
 
 
486 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0388  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  22.65 
 
 
492 aa  88.2  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.91 
 
 
482 aa  87.4  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.25 
 
 
482 aa  87.4  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0414  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  22.58 
 
 
492 aa  87  7e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  20.98 
 
 
479 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.96 
 
 
495 aa  85.5  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2774  Outer membrane protein  21.65 
 
 
508 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0141  RND efflux system, outer membrane protein  21.65 
 
 
506 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1037  RND efflux system, outer membrane protein  21.65 
 
 
508 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1312  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  21.65 
 
 
508 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  18.67 
 
 
460 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2631  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  21.65 
 
 
508 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0168  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  21.65 
 
 
508 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0618806  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.2 
 
 
478 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1861  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.28 
 
 
454 aa  84  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  18.67 
 
 
460 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  24.69 
 
 
474 aa  83.2  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.57 
 
 
474 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.5 
 
 
485 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.48 
 
 
474 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  18.43 
 
 
460 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  20.29 
 
 
489 aa  79.7  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.22 
 
 
486 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.46 
 
 
479 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  20.91 
 
 
465 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.578411  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  20.95 
 
 
477 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2315  RND efflux system outer membrane lipoprotein  19.11 
 
 
461 aa  79  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.44899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  21.11 
 
 
486 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  20.99 
 
 
465 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0440  RND efflux system, outer membrane protein  20.73 
 
 
509 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.3 
 
 
464 aa  77.8  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  21.37 
 
 
489 aa  77  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.22 
 
 
480 aa  76.6  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  21.69 
 
 
472 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  20.73 
 
 
471 aa  76.3  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  22.06 
 
 
470 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0925  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  21.82 
 
 
494 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  17.78 
 
 
463 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  20.78 
 
 
477 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  20.67 
 
 
479 aa  74.7  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  21.93 
 
 
487 aa  74.7  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0761  RND efflux system outer membrane lipoprotein  20.33 
 
 
491 aa  74.7  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  21.54 
 
 
474 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  21.01 
 
 
486 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  21.22 
 
 
474 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  20.44 
 
 
500 aa  74.3  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  20.6 
 
 
484 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  19.67 
 
 
482 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1759  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.79 
 
 
600 aa  73.9  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000901075  normal  0.0327712 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  21.6 
 
 
485 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.29 
 
 
469 aa  73.9  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0471  efflux ABC transporter outer membrane protein  22.8 
 
 
484 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.72 
 
 
477 aa  73.6  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  21.91 
 
 
486 aa  73.6  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_3998  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.02 
 
 
484 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.9 
 
 
492 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  22.12 
 
 
477 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  21.28 
 
 
475 aa  72.8  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2254  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.79 
 
 
487 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  21.57 
 
 
494 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  19.43 
 
 
484 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  19.4 
 
 
521 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  21.6 
 
 
485 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6208  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.03 
 
 
497 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842439  normal  0.408471 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0619  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  22.11 
 
 
457 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  21.01 
 
 
471 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  20.68 
 
 
495 aa  72.4  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3074  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  22.11 
 
 
457 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.127852  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.72 
 
 
493 aa  72.4  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  22.03 
 
 
490 aa  71.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  20.77 
 
 
471 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  21.15 
 
 
465 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  20.77 
 
 
471 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0308  hypothetical protein  22.92 
 
 
448 aa  70.9  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3466  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.87 
 
 
461 aa  71.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  20.22 
 
 
482 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>