More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1153 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  100 
 
 		 233 aa  476  1e-133  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  79.83 
 
 		 233 aa  384  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  62.9 
 
 		 231 aa  287  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  56.56 
 
 		 243 aa  256  2e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  58.18 
 
 		 232 aa  252  3e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  52.49 
 
 		 231 aa  239  4e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  50.67 
 
 		 234 aa  237  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  48.18 
 
 		 225 aa  228  8e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  42.37 
 
 		 237 aa  196  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  44.5 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 		 245 aa  182  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  37.22 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  41.47 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 		 233 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 227 aa  164  8e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  39.21 
 
 		 241 aa  161  8.000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  38.64 
 
 		 223 aa  161  9e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  41.2 
 
 		 236 aa  160  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  38.77 
 
 		 235 aa  159  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 229 aa  159  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  37.1 
 
 		 223 aa  156  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  37.89 
 
 		 229 aa  155  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 		 222 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  36.96 
 
 		 227 aa  152  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  38.01 
 
 		 223 aa  152  5e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 		 225 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  36.04 
 
 		 222 aa  150  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  38.01 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1430  DNA repair protein RadC  38.86 
 
 		 228 aa  150  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  35.59 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  35.78 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 223 aa  147  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 224 aa  148  9e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  37.22 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  36.12 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  36.77 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  36.2 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  36.73 
 
 		 228 aa  145  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.77 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  35.35 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  38.01 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  34.39 
 
 		 223 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  36.45 
 
 		 222 aa  143  3e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  37.12 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  37.17 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 228 aa  141  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  35.75 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  34.98 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  35.56 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  34.5 
 
 		 237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  36.65 
 
 		 224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  36.04 
 
 		 225 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  35.75 
 
 		 224 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  35.87 
 
 		 224 aa  138  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  35.75 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  35.59 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  33.79 
 
 		 242 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  35.56 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  37.87 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 221 aa  135  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  35.94 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  34.08 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  35.75 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 225 aa  135  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  36.65 
 
 		 224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  33.04 
 
 		 221 aa  135  7.000000000000001e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  35.14 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  34.53 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  35.27 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  34.68 
 
 		 234 aa  132  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>