More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1006 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1006  ATP-dependent RNA helicase  100 
 
 
463 aa  941    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.456237  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5691  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.23 
 
 
475 aa  579  1e-164  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.21 
 
 
445 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3228  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.22 
 
 
444 aa  520  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.157836  normal  0.116835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.59 
 
 
446 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0330231 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2487  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.89 
 
 
446 aa  365  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3330  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.34 
 
 
447 aa  353  4e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09853  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  41.08 
 
 
445 aa  343  2.9999999999999997e-93  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.24 
 
 
439 aa  333  4e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.84 
 
 
514 aa  331  2e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.31 
 
 
437 aa  325  1e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.03 
 
 
545 aa  324  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.55 
 
 
601 aa  323  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.09 
 
 
383 aa  323  3e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0943  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.66 
 
 
409 aa  323  3e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.48 
 
 
581 aa  323  5e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.29 
 
 
577 aa  322  9.000000000000001e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.29 
 
 
578 aa  322  9.000000000000001e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.5 
 
 
497 aa  321  1.9999999999999998e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.33 
 
 
598 aa  321  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  39.63 
 
 
574 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.38 
 
 
540 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.97 
 
 
484 aa  321  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.34 
 
 
494 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000813647 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.67 
 
 
415 aa  319  6e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.58 
 
 
418 aa  319  7e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.13 
 
 
599 aa  319  9e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.87 
 
 
462 aa  318  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.11 
 
 
443 aa  317  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  39.3 
 
 
543 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.55 
 
 
463 aa  317  3e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.68 
 
 
506 aa  317  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.24 
 
 
560 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.77 
 
 
492 aa  317  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  42.63 
 
 
579 aa  316  5e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.84 
 
 
504 aa  316  6e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1200  DEAD/DEAH box helicase-like  42.89 
 
 
644 aa  316  6e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.994083  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.97 
 
 
565 aa  316  6e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.26 
 
 
492 aa  316  7e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.35 
 
 
515 aa  315  9e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1333  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.67 
 
 
493 aa  315  9e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.218178  normal  0.0904092 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  40 
 
 
540 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.78 
 
 
450 aa  315  9.999999999999999e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362946  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1257  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.47 
 
 
460 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.41988 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.82 
 
 
418 aa  315  9.999999999999999e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1588  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.23 
 
 
403 aa  314  1.9999999999999998e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0287382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  43.2 
 
 
477 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  41.89 
 
 
445 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.09 
 
 
418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  44.2 
 
 
460 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.95 
 
 
485 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.91 
 
 
626 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  44.32 
 
 
446 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.22 
 
 
485 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  41.95 
 
 
485 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.22 
 
 
485 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.09 
 
 
571 aa  313  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.95 
 
 
485 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  40.1 
 
 
426 aa  312  9e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.8 
 
 
559 aa  312  9e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.78 
 
 
438 aa  312  9e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.32 
 
 
626 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  42.67 
 
 
484 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.16 
 
 
630 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
486 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  42.67 
 
 
486 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.44 
 
 
494 aa  311  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.93 
 
 
480 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.78 
 
 
476 aa  311  1e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
486 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.93 
 
 
479 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.6 
 
 
506 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
522 aa  311  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2536  ATP-dependent helicase, DEAD-box  41.97 
 
 
518 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.314913  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.18 
 
 
522 aa  310  2e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.97 
 
 
516 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  41.67 
 
 
429 aa  311  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.71 
 
 
477 aa  311  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.16 
 
 
627 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.32 
 
 
628 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  41.38 
 
 
557 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
480 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.22 
 
 
482 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  40.9 
 
 
460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.86 
 
 
455 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.59 
 
 
452 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.6 
 
 
436 aa  310  4e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.37 
 
 
411 aa  310  4e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  42.37 
 
 
420 aa  310  5e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.38 
 
 
447 aa  310  5e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.09 
 
 
490 aa  310  5e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.06 
 
 
454 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.26 
 
 
513 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.06 
 
 
454 aa  309  8e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.75 
 
 
453 aa  309  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  42.11 
 
 
453 aa  309  9e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.83 
 
 
482 aa  308  9e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.75 
 
 
453 aa  308  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.06 
 
 
455 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.75 
 
 
453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>