More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3330 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3330  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
447 aa  908    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2487  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.99 
 
 
446 aa  620  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.89 
 
 
446 aa  619  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0330231 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09853  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  50 
 
 
445 aa  424  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.74 
 
 
450 aa  418  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362946  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3228  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.66 
 
 
444 aa  365  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.157836  normal  0.116835 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1006  ATP-dependent RNA helicase  43.34 
 
 
463 aa  365  1e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.456237  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5691  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.14 
 
 
475 aa  363  4e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.27 
 
 
445 aa  345  8e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.12 
 
 
436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.37 
 
 
499 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.52 
 
 
506 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.26 
 
 
510 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.26 
 
 
510 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.56 
 
 
506 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.93 
 
 
506 aa  300  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  42.18 
 
 
557 aa  300  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  42.72 
 
 
414 aa  298  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  42.29 
 
 
622 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.82 
 
 
497 aa  295  9e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  42.33 
 
 
414 aa  294  2e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.17 
 
 
438 aa  294  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  42.39 
 
 
477 aa  293  3e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.29 
 
 
626 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.22 
 
 
630 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.68 
 
 
452 aa  293  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.98 
 
 
479 aa  293  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.22 
 
 
626 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.22 
 
 
627 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.24 
 
 
443 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  42.82 
 
 
543 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.35 
 
 
463 aa  289  6e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.38 
 
 
628 aa  289  7e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.55 
 
 
515 aa  289  7e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
479 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  43.32 
 
 
484 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.59 
 
 
565 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  42.26 
 
 
498 aa  288  1e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  40 
 
 
495 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
480 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.27 
 
 
436 aa  288  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2450  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.94 
 
 
508 aa  288  2e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0131519  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.05 
 
 
480 aa  288  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.8 
 
 
418 aa  288  2e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  42.74 
 
 
510 aa  288  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.16 
 
 
471 aa  288  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  41.64 
 
 
635 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.48 
 
 
418 aa  287  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.74 
 
 
485 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  42.74 
 
 
485 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  41.64 
 
 
639 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  41.6 
 
 
629 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40 
 
 
515 aa  286  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40 
 
 
515 aa  286  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  42.78 
 
 
486 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
486 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
486 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.74 
 
 
485 aa  286  5e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.6 
 
 
629 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.43 
 
 
485 aa  286  5e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.74 
 
 
485 aa  286  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 
514 aa  286  5.999999999999999e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.59 
 
 
485 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  42.06 
 
 
540 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
522 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.33 
 
 
560 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.33 
 
 
456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.53 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0943  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.2 
 
 
409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.91 
 
 
437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.53 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.53 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.53 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3068  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.64 
 
 
433 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546349  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.53 
 
 
453 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  40.74 
 
 
454 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.74 
 
 
454 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.74 
 
 
455 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  43.55 
 
 
445 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.41 
 
 
488 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.74 
 
 
454 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  40.74 
 
 
454 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.24 
 
 
533 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.26 
 
 
506 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.74 
 
 
454 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.74 
 
 
454 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  40.1 
 
 
446 aa  282  7.000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.48 
 
 
454 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.21 
 
 
459 aa  282  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.64 
 
 
433 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.67 
 
 
439 aa  282  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2988  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.9 
 
 
433 aa  282  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.48 
 
 
454 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.41 
 
 
540 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.64 
 
 
433 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.24 
 
 
494 aa  280  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.58 
 
 
462 aa  280  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.63 
 
 
418 aa  280  3e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.95 
 
 
477 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.06 
 
 
482 aa  280  4e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>