More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2487 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2487  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
446 aa  911    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3330  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.99 
 
 
447 aa  626  1e-178  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.37 
 
 
446 aa  588  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0330231 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09853  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  52.62 
 
 
445 aa  447  1.0000000000000001e-124  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.44 
 
 
450 aa  421  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362946  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5691  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.55 
 
 
475 aa  384  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3228  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.21 
 
 
444 aa  381  1e-104  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.157836  normal  0.116835 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1006  ATP-dependent RNA helicase  44.54 
 
 
463 aa  375  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.456237  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.15 
 
 
445 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.46 
 
 
506 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.13 
 
 
506 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.21 
 
 
499 aa  309  8e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.74 
 
 
463 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.33 
 
 
459 aa  305  9.000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.18 
 
 
438 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.97 
 
 
436 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  42.07 
 
 
498 aa  303  5.000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  41.02 
 
 
484 aa  300  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.15 
 
 
506 aa  300  5e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.54 
 
 
514 aa  299  9e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.6 
 
 
567 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.581814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.8 
 
 
510 aa  296  6e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.8 
 
 
510 aa  296  6e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3164  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.07 
 
 
580 aa  296  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.536296  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.48 
 
 
383 aa  295  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  42.9 
 
 
446 aa  295  2e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.55 
 
 
436 aa  294  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.02 
 
 
559 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.34 
 
 
550 aa  291  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  41.11 
 
 
454 aa  289  7e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.11 
 
 
454 aa  289  7e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.11 
 
 
455 aa  289  7e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  41.11 
 
 
454 aa  289  7e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.11 
 
 
454 aa  289  7e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.11 
 
 
454 aa  289  7e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.11 
 
 
454 aa  289  7e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.24 
 
 
452 aa  289  8e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.64 
 
 
415 aa  288  1e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
443 aa  287  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  39 
 
 
495 aa  287  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
454 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.53 
 
 
447 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
453 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.05 
 
 
494 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
453 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
453 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
454 aa  286  4e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
453 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
453 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.05 
 
 
506 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.71 
 
 
479 aa  286  5e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.59 
 
 
545 aa  286  5e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  42.23 
 
 
414 aa  286  5.999999999999999e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.35 
 
 
491 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.19 
 
 
418 aa  286  7e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.19 
 
 
418 aa  286  7e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2476  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.38 
 
 
461 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.753535  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0943  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.51 
 
 
409 aa  285  9e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.84 
 
 
497 aa  285  9e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0819  DEAD/DEAH box helicase  36.38 
 
 
461 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  42.7 
 
 
445 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.1 
 
 
521 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308058  decreased coverage  0.00839171 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0066  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.79 
 
 
414 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.05 
 
 
437 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.49 
 
 
535 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1913  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.19 
 
 
505 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.857916 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0542  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.4 
 
 
411 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.337517  normal  0.833057 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.13 
 
 
462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1819  ATP-dependent RNA helicase protein  41.27 
 
 
413 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.832853  normal  0.103099 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  42.51 
 
 
414 aa  283  6.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  41.47 
 
 
424 aa  283  6.000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.73 
 
 
507 aa  282  9e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.41 
 
 
418 aa  282  9e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.43 
 
 
583 aa  282  9e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.34 
 
 
578 aa  282  9e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.01 
 
 
485 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.01 
 
 
485 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  41.01 
 
 
485 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.74 
 
 
418 aa  281  1e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.01 
 
 
485 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.15 
 
 
540 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.34 
 
 
549 aa  282  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.01 
 
 
485 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.41 
 
 
448 aa  281  1e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.32 
 
 
439 aa  281  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1686  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.58 
 
 
395 aa  281  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  41.55 
 
 
484 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
456 aa  281  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 
480 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 
479 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.74 
 
 
485 aa  281  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  40.27 
 
 
477 aa  280  3e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  41.47 
 
 
574 aa  280  3e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  41.53 
 
 
481 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05933  hypothetical protein  41.3 
 
 
421 aa  280  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.23 
 
 
453 aa  280  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.57 
 
 
484 aa  280  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.51 
 
 
549 aa  280  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.6 
 
 
525 aa  280  4e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 
480 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>