More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3228 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3228  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
444 aa  909    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.157836  normal  0.116835 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.02 
 
 
445 aa  541  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5691  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.82 
 
 
475 aa  541  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1006  ATP-dependent RNA helicase  61.22 
 
 
463 aa  521  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.456237  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2487  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.01 
 
 
446 aa  367  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.57 
 
 
446 aa  360  2e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0330231 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3330  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.66 
 
 
447 aa  355  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.26 
 
 
514 aa  346  5e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.17 
 
 
497 aa  346  6e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.95 
 
 
489 aa  343  5e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  46.79 
 
 
559 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.79 
 
 
482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.79 
 
 
482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  46.79 
 
 
482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  46.79 
 
 
482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  46.79 
 
 
482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  46.79 
 
 
481 aa  339  5e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.58 
 
 
599 aa  338  8e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.52 
 
 
571 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.92 
 
 
598 aa  338  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  47.07 
 
 
491 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.99 
 
 
418 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.92 
 
 
601 aa  337  3.9999999999999995e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.07 
 
 
509 aa  336  5e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09853  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  39.86 
 
 
445 aa  336  5.999999999999999e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  44.44 
 
 
574 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.36 
 
 
492 aa  335  9e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.52 
 
 
545 aa  335  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  46.79 
 
 
527 aa  334  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.4 
 
 
492 aa  334  2e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.81 
 
 
511 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  44.36 
 
 
446 aa  334  2e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.7 
 
 
497 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  41.95 
 
 
540 aa  333  3e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.97 
 
 
455 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.85 
 
 
571 aa  333  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.8 
 
 
462 aa  333  4e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.97 
 
 
454 aa  333  4e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.48 
 
 
560 aa  333  5e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.52 
 
 
513 aa  333  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  44.97 
 
 
454 aa  332  6e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.97 
 
 
454 aa  332  6e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.97 
 
 
455 aa  332  6e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.49 
 
 
506 aa  332  6e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  44.97 
 
 
454 aa  332  6e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.81 
 
 
520 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.97 
 
 
454 aa  332  6e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  46.81 
 
 
520 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.81 
 
 
520 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.97 
 
 
454 aa  332  6e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.42 
 
 
418 aa  332  7.000000000000001e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.12 
 
 
577 aa  332  9e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.12 
 
 
578 aa  332  9e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.21 
 
 
565 aa  332  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.7 
 
 
494 aa  332  9e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.71 
 
 
453 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  43.93 
 
 
477 aa  332  1e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.71 
 
 
453 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.71 
 
 
453 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.69 
 
 
540 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.71 
 
 
453 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.71 
 
 
453 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.71 
 
 
454 aa  331  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.97 
 
 
452 aa  331  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.01 
 
 
439 aa  330  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.71 
 
 
454 aa  330  3e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.65 
 
 
383 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.31 
 
 
418 aa  329  7e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.31 
 
 
418 aa  329  7e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  44.44 
 
 
579 aa  329  7e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.54 
 
 
482 aa  329  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.42 
 
 
485 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  46.42 
 
 
485 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.42 
 
 
485 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.42 
 
 
485 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.53 
 
 
418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.18 
 
 
581 aa  328  1.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  46.65 
 
 
543 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.42 
 
 
485 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.6 
 
 
515 aa  327  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  44.27 
 
 
426 aa  327  3e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.51 
 
 
479 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.51 
 
 
480 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.43 
 
 
485 aa  326  6e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.14 
 
 
473 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.07 
 
 
452 aa  325  7e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  43.65 
 
 
453 aa  325  9e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1279  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.26 
 
 
433 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0871578 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  46.24 
 
 
484 aa  325  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3098  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.26 
 
 
433 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.872049  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3241  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.26 
 
 
433 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.26 
 
 
433 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  44.77 
 
 
460 aa  325  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.5 
 
 
477 aa  324  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  42.96 
 
 
510 aa  324  2e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.51 
 
 
486 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  46.51 
 
 
486 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.51 
 
 
480 aa  324  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.51 
 
 
486 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.01 
 
 
433 aa  323  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>