More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4097 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
445 aa  909    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5691  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.45 
 
 
475 aa  605  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1006  ATP-dependent RNA helicase  65.21 
 
 
463 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.456237  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3228  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.17 
 
 
444 aa  539  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.157836  normal  0.116835 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2487  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.15 
 
 
446 aa  351  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.22 
 
 
560 aa  348  9e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  46.53 
 
 
540 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.97 
 
 
565 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.61 
 
 
497 aa  343  2.9999999999999997e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.7 
 
 
462 aa  343  4e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.17 
 
 
455 aa  342  7e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.17 
 
 
454 aa  340  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.95 
 
 
480 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  46.17 
 
 
454 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.17 
 
 
454 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.95 
 
 
479 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.17 
 
 
454 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.17 
 
 
454 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  46.17 
 
 
454 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.17 
 
 
455 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.09 
 
 
453 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.09 
 
 
453 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.09 
 
 
453 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
494 aa  339  5e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.09 
 
 
453 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.09 
 
 
453 aa  339  5.9999999999999996e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.19 
 
 
545 aa  339  7e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09853  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  41.75 
 
 
445 aa  338  8e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.78 
 
 
513 aa  339  8e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.92 
 
 
454 aa  338  9e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  46.24 
 
 
429 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.38 
 
 
443 aa  338  9.999999999999999e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.4 
 
 
598 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.19 
 
 
514 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.92 
 
 
454 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.59 
 
 
540 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.53 
 
 
446 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0330231 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.77 
 
 
452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.71 
 
 
439 aa  338  1.9999999999999998e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.89 
 
 
578 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.89 
 
 
577 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.01 
 
 
476 aa  336  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.09 
 
 
452 aa  335  5.999999999999999e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  45.06 
 
 
485 aa  335  7e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.91 
 
 
485 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  45.91 
 
 
485 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  45.91 
 
 
485 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  45.91 
 
 
485 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.77 
 
 
456 aa  335  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  44.62 
 
 
445 aa  335  1e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.13 
 
 
480 aa  335  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  44.47 
 
 
579 aa  335  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.87 
 
 
486 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  45.15 
 
 
484 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  44.56 
 
 
398 aa  333  3e-90  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  45.87 
 
 
486 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.87 
 
 
486 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3330  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.27 
 
 
447 aa  333  4e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.04 
 
 
571 aa  333  4e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.12 
 
 
601 aa  333  4e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.65 
 
 
450 aa  333  4e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362946  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.74 
 
 
477 aa  332  7.000000000000001e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.47 
 
 
473 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.65 
 
 
482 aa  331  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.16 
 
 
599 aa  331  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  45.29 
 
 
506 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.55 
 
 
488 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.15 
 
 
477 aa  330  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  44.39 
 
 
527 aa  330  3e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  44.28 
 
 
420 aa  329  5.0000000000000004e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  44.28 
 
 
411 aa  329  6e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.21 
 
 
515 aa  329  7e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.07 
 
 
533 aa  329  8e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.63 
 
 
426 aa  328  9e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  44.76 
 
 
543 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.72 
 
 
522 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.17 
 
 
463 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  42.56 
 
 
557 aa  326  6e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.85 
 
 
522 aa  325  8.000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.41 
 
 
418 aa  325  9e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.41 
 
 
418 aa  325  9e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.02 
 
 
489 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.56 
 
 
441 aa  325  1e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.36 
 
 
471 aa  325  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.34 
 
 
578 aa  325  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.31 
 
 
466 aa  324  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  44.33 
 
 
477 aa  324  2e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  42.18 
 
 
622 aa  324  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.05 
 
 
491 aa  324  2e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.57 
 
 
549 aa  324  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.36 
 
 
492 aa  324  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 
628 aa  323  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.68 
 
 
581 aa  323  4e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  43.16 
 
 
453 aa  323  5e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.01 
 
 
480 aa  323  5e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.43 
 
 
451 aa  323  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.43 
 
 
451 aa  323  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.13 
 
 
463 aa  323  5e-87  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.77 
 
 
549 aa  323  5e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.08 
 
 
493 aa  322  6e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>