More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2604 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
446 aa  914    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0330231 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3330  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.89 
 
 
447 aa  604  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2487  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.37 
 
 
446 aa  570  1e-161  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09853  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  49.89 
 
 
445 aa  412  1e-114  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.55 
 
 
450 aa  409  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362946  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1006  ATP-dependent RNA helicase  41.7 
 
 
463 aa  363  3e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.456237  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3228  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.93 
 
 
444 aa  358  9.999999999999999e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.157836  normal  0.116835 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5691  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.62 
 
 
475 aa  351  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.77 
 
 
445 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.09 
 
 
443 aa  292  8e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.03 
 
 
452 aa  288  2e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.4 
 
 
463 aa  286  5.999999999999999e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  42.7 
 
 
477 aa  286  8e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.48 
 
 
456 aa  285  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.53 
 
 
506 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.95 
 
 
510 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
510 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.76 
 
 
476 aa  282  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  39.8 
 
 
622 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  40.85 
 
 
454 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.85 
 
 
454 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
454 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
454 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  40.85 
 
 
454 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.11 
 
 
560 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
455 aa  281  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.79 
 
 
506 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.85 
 
 
454 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.49 
 
 
477 aa  281  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.48 
 
 
480 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.85 
 
 
515 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.32 
 
 
471 aa  280  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.38 
 
 
565 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.58 
 
 
454 aa  279  7e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.32 
 
 
438 aa  279  8e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  40.99 
 
 
543 aa  279  9e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.58 
 
 
454 aa  278  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  39.68 
 
 
485 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.68 
 
 
499 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.97 
 
 
441 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.68 
 
 
485 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.63 
 
 
453 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  39.68 
 
 
485 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.63 
 
 
453 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  39.95 
 
 
484 aa  278  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.63 
 
 
453 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  41.08 
 
 
445 aa  277  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.63 
 
 
453 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  39.68 
 
 
485 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.48 
 
 
486 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.63 
 
 
453 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  40.48 
 
 
486 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  39.75 
 
 
557 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.48 
 
 
486 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.44 
 
 
506 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  39.68 
 
 
485 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.15 
 
 
630 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
480 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.01 
 
 
436 aa  277  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
479 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.15 
 
 
626 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  40.21 
 
 
590 aa  276  4e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.13 
 
 
522 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  40.76 
 
 
482 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  40.85 
 
 
540 aa  276  5e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.76 
 
 
482 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  40.76 
 
 
482 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.76 
 
 
482 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  40.76 
 
 
482 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  40.76 
 
 
481 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  41.51 
 
 
414 aa  276  6e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  40.76 
 
 
559 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.95 
 
 
514 aa  276  7e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.27 
 
 
626 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  40.65 
 
 
398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.7 
 
 
515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.7 
 
 
515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1854  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.05 
 
 
610 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.58 
 
 
452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.1 
 
 
540 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.95 
 
 
506 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.64 
 
 
509 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 
577 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 
578 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.85 
 
 
497 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.58 
 
 
455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.27 
 
 
627 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2450  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.62 
 
 
508 aa  273  3e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0131519  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  41.02 
 
 
484 aa  274  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.91 
 
 
511 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.49 
 
 
571 aa  274  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 
436 aa  274  3e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.68 
 
 
581 aa  273  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.95 
 
 
594 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  41.35 
 
 
414 aa  273  5.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  40.91 
 
 
426 aa  273  5.000000000000001e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.97 
 
 
479 aa  273  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.32 
 
 
439 aa  273  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.32 
 
 
482 aa  273  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  41.03 
 
 
527 aa  273  7e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>