201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_0012 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0012  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
333 aa  681    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684081  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.69 
 
 
304 aa  133  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  31.91 
 
 
295 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.82 
 
 
535 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.25 
 
 
668 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.1 
 
 
646 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.75 
 
 
494 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.25 
 
 
618 aa  87.4  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  30.39 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.96 
 
 
619 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  26.35 
 
 
329 aa  77.4  0.0000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.41 
 
 
516 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  24.85 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.65 
 
 
659 aa  72.4  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.66 
 
 
516 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.14 
 
 
516 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  28.91 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  28.43 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.09 
 
 
496 aa  70.5  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  26.44 
 
 
327 aa  69.3  0.00000000008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.58 
 
 
488 aa  67.8  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  30.56 
 
 
438 aa  66.6  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  28.87 
 
 
389 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  28.9 
 
 
489 aa  67  0.0000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.34 
 
 
579 aa  66.6  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  32.74 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  25.61 
 
 
557 aa  65.1  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.82 
 
 
553 aa  65.1  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  25.35 
 
 
390 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  28.8 
 
 
385 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  24.13 
 
 
325 aa  62.8  0.000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.73 
 
 
710 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  31.06 
 
 
355 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  39.6 
 
 
594 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.93 
 
 
710 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.12 
 
 
669 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.79 
 
 
555 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  25.84 
 
 
311 aa  61.2  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  24.43 
 
 
357 aa  60.5  0.00000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  36.97 
 
 
684 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
320 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  29.27 
 
 
312 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  30.95 
 
 
328 aa  59.3  0.00000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  26.55 
 
 
434 aa  58.9  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.3 
 
 
451 aa  58.2  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  30.54 
 
 
305 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  24.71 
 
 
375 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  30.3 
 
 
727 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  29.59 
 
 
374 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  28.57 
 
 
406 aa  57.4  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  28.04 
 
 
417 aa  57.8  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  27.46 
 
 
365 aa  57.4  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  26.84 
 
 
508 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
419 aa  57  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  26.01 
 
 
415 aa  56.6  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  29.45 
 
 
328 aa  56.6  0.0000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  28.4 
 
 
373 aa  56.6  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  28.66 
 
 
340 aa  56.6  0.0000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  30.06 
 
 
381 aa  56.6  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3372  C-5 cytosine-specific DNA methylase  33.83 
 
 
502 aa  56.2  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.9 
 
 
387 aa  56.2  0.0000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  31.43 
 
 
460 aa  56.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  31.43 
 
 
460 aa  56.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  29.45 
 
 
440 aa  56.2  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  29.45 
 
 
440 aa  56.2  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.8 
 
 
483 aa  55.8  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  26.51 
 
 
313 aa  55.8  0.0000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.41 
 
 
697 aa  55.5  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.53 
 
 
375 aa  55.1  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  33.89 
 
 
657 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  24.74 
 
 
452 aa  55.5  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  26.59 
 
 
354 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  27.33 
 
 
418 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  25.52 
 
 
413 aa  54.7  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3182  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.95 
 
 
495 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  26.28 
 
 
329 aa  55.1  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  26.99 
 
 
335 aa  54.7  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  27.33 
 
 
418 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  39.06 
 
 
492 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.72 
 
 
431 aa  54.3  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4397  modification methylase ScrFIB  26.04 
 
 
324 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  26.9 
 
 
337 aa  54.3  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  25 
 
 
313 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  24.22 
 
 
360 aa  54.3  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.62 
 
 
415 aa  53.9  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  26.06 
 
 
468 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  24.12 
 
 
404 aa  53.5  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  29.24 
 
 
456 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  27.91 
 
 
657 aa  53.5  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  27.36 
 
 
358 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  29.24 
 
 
456 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  27.06 
 
 
362 aa  53.5  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  29.59 
 
 
331 aa  53.1  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  27.98 
 
 
335 aa  53.1  0.000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  28.4 
 
 
308 aa  53.1  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  23.95 
 
 
345 aa  52.8  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.8 
 
 
435 aa  52.8  0.000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  27.32 
 
 
476 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  27.84 
 
 
371 aa  52  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  24.5 
 
 
365 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>