161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1917 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
535 aa  1096    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  51.31 
 
 
488 aa  522  1e-147  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  49.44 
 
 
494 aa  492  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  47.05 
 
 
557 aa  480  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  45.83 
 
 
555 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  46.79 
 
 
516 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  44.63 
 
 
669 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  46.61 
 
 
516 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  46.43 
 
 
516 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  49.13 
 
 
710 aa  436  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.54 
 
 
684 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.06 
 
 
710 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.86 
 
 
659 aa  390  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  41.51 
 
 
619 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  40.52 
 
 
594 aa  351  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3029  DNA cytosine methyltransferase family protein  38.53 
 
 
609 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0585199 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.03 
 
 
579 aa  329  6e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  42.73 
 
 
697 aa  317  3e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.12 
 
 
668 aa  195  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.25 
 
 
646 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.95 
 
 
618 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.09 
 
 
304 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4922  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.11 
 
 
652 aa  99.4  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6268  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.65 
 
 
552 aa  96.7  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.04 
 
 
553 aa  96.3  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0012  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.82 
 
 
333 aa  90.9  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684081  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  31.62 
 
 
374 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.61 
 
 
496 aa  83.2  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  30.41 
 
 
295 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.09 
 
 
483 aa  80.5  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.09 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.58 
 
 
687 aa  73.2  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  29.23 
 
 
342 aa  71.6  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  28.74 
 
 
365 aa  72  0.00000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3545  hypothetical protein  47.13 
 
 
105 aa  72  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.102579 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.05 
 
 
405 aa  69.7  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.14 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  31.71 
 
 
671 aa  66.2  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  32.32 
 
 
443 aa  65.1  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4776  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.17 
 
 
615 aa  65.1  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.034234 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
415 aa  64.3  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.32 
 
 
431 aa  63.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  25.89 
 
 
389 aa  63.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  27.52 
 
 
362 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  28.64 
 
 
434 aa  63.2  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  28.34 
 
 
354 aa  61.6  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  26.53 
 
 
375 aa  62  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  29.29 
 
 
371 aa  61.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  29.21 
 
 
652 aa  61.6  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.67 
 
 
357 aa  61.2  0.00000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  28.19 
 
 
313 aa  60.8  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  28.65 
 
 
373 aa  60.8  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  32.66 
 
 
446 aa  60.8  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  26.92 
 
 
431 aa  60.5  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  28.42 
 
 
340 aa  59.3  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  28.14 
 
 
320 aa  58.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  25.53 
 
 
438 aa  58.5  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  26.44 
 
 
689 aa  58.5  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  25.56 
 
 
345 aa  58.2  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  31.25 
 
 
355 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  28.22 
 
 
312 aa  58.2  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  24.79 
 
 
361 aa  57.4  0.0000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  26.03 
 
 
308 aa  57.4  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  30.17 
 
 
320 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  27.8 
 
 
366 aa  57.4  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4863  DNA-cytosine methyltransferase  28.36 
 
 
418 aa  57  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  27.94 
 
 
465 aa  56.6  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.18 
 
 
451 aa  55.8  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  25.93 
 
 
421 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  23.94 
 
 
404 aa  55.1  0.000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  26.63 
 
 
356 aa  55.5  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  26.17 
 
 
500 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.04 
 
 
415 aa  54.7  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  26.37 
 
 
418 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  26.37 
 
 
418 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  25.75 
 
 
362 aa  54.3  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  28.1 
 
 
406 aa  53.9  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  25.27 
 
 
407 aa  53.5  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  26.34 
 
 
438 aa  53.1  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  26.29 
 
 
370 aa  53.5  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4845  hypothetical protein  30.65 
 
 
505 aa  53.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.033259 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  25.45 
 
 
310 aa  53.5  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 
460 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.7 
 
 
435 aa  52.4  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  25.99 
 
 
358 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  29.06 
 
 
305 aa  52.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  26.56 
 
 
423 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  26.8 
 
 
423 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 
460 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  23.47 
 
 
686 aa  51.6  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  27.32 
 
 
373 aa  51.6  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  23.47 
 
 
698 aa  51.6  0.00004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  25.53 
 
 
313 aa  51.6  0.00004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  25.6 
 
 
336 aa  51.6  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  27.27 
 
 
416 aa  51.2  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0082  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.91 
 
 
424 aa  50.8  0.00006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000201074 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  26.18 
 
 
313 aa  50.8  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06638  C5 cytosine methyltransferase DmtAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q876R1]  30.15 
 
 
615 aa  50.4  0.00007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0121285  normal  0.227283 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  30.3 
 
 
361 aa  50.8  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0566  DNA-cytosine methyltransferase  25.3 
 
 
449 aa  50.4  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.76321  normal  0.105811 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>