79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3427 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  66.07 
 
 		 619 aa  783    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  100 
 
 		 594 aa  1229    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  69.46 
 
 		 684 aa  874    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  73.5 
 
 		 710 aa  992    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.5 
 
 		 516 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.34 
 
 		 516 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  37.62 
 
 		 557 aa  369  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.17 
 
 		 516 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.52 
 
 		 535 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.74 
 
 		 555 aa  355  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.82 
 
 		 669 aa  355  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.52 
 
 		 494 aa  340  4e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.69 
 
 		 579 aa  336  7.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  33.89 
 
 		 710 aa  323  7e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.75 
 
 		 488 aa  313  6.999999999999999e-84  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.45 
 
 		 659 aa  310  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3029  DNA cytosine methyltransferase family protein  35.21 
 
 		 609 aa  289  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0585199 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.55 
 
 		 697 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.15 
 
 		 668 aa  196  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.07 
 
 		 646 aa  188  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.68 
 
 		 618 aa  187  5e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.91 
 
 		 553 aa  93.6  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4922  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.32 
 
 		 652 aa  90.9  6e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.26 
 
 		 483 aa  88.6  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4776  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.78 
 
 		 615 aa  77.8  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.034234 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.87 
 
 		 687 aa  77.4  0.0000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4845  hypothetical protein  38.53 
 
 		 505 aa  72.4  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.033259 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6268  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.38 
 
 		 552 aa  70.1  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.11 
 
 		 496 aa  68.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.42 
 
 		 304 aa  66.6  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0012  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.38 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3545  hypothetical protein  37.4 
 
 		 105 aa  63.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102579 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  22.07 
 
 		 390 aa  62.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  26.44 
 
 		 431 aa  61.6  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  24.53 
 
 		 374 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  27.15 
 
 		 671 aa  58.2  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  39.39 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  28.38 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  37.7 
 
 		 320 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0082  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  44.44 
 
 		 424 aa  56.2  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000201074 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  22.03 
 
 		 328 aa  55.5  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  26.01 
 
 		 373 aa  54.3  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  36.84 
 
 		 389 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  27.15 
 
 		 373 aa  50.4  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  23.64 
 
 		 365 aa  50.4  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0566  DNA-cytosine methyltransferase  53.66 
 
 		 449 aa  49.3  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.76321  normal  0.105811 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  23.35 
 
 		 313 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.85 
 
 		 451 aa  49.3  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1359  site-specific DNA methylase  40.43 
 
 		 423 aa  49.3  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000354899  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  25.23 
 
 		 371 aa  48.5  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 		 412 aa  48.9  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  37.31 
 
 		 370 aa  48.9  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  32.35 
 
 		 437 aa  48.1  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  32.35 
 
 		 406 aa  48.1  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.08 
 
 		 362 aa  48.1  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  22.69 
 
 		 404 aa  47.4  0.0008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  22.08 
 
 		 308 aa  47.4  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  22.31 
 
 		 362 aa  47  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  50 
 
 		 490 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  34.48 
 
 		 305 aa  46.6  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  23.33 
 
 		 375 aa  45.8  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  24.56 
 
 		 652 aa  45.8  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06638  C5 cytosine methyltransferase DmtAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q876R1]  24.18 
 
 		 615 aa  45.8  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0121285  normal  0.227283 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  24.14 
 
 		 342 aa  46.2  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  24.26 
 
 		 395 aa  46.2  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1823  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 		 321 aa  45.8  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  37.04 
 
 		 460 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  37.04 
 
 		 460 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  41.86 
 
 		 727 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  34.62 
 
 		 336 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  45.45 
 
 		 427 aa  45.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  23.08 
 
 		 362 aa  45.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  42 
 
 		 407 aa  45.1  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  23.18 
 
 		 465 aa  44.7  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  27.67 
 
 		 414 aa  44.3  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1360  type II restriction-modification system DNA cytosine-specific methylase  38.98 
 
 		 78 aa  44.3  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000045922  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  29.73 
 
 		 313 aa  43.9  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  25.83 
 
 		 358 aa  43.9  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0227  type II DNA modification methyltransferase, putative  26.72 
 
 		 305 aa  43.9  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>