68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3461 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 		 619 aa  1282    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  63.92 
 
 		 594 aa  780    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  69.23 
 
 		 684 aa  911    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  63.56 
 
 		 710 aa  849    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  39.56 
 
 		 557 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.26 
 
 		 494 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.5 
 
 		 579 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.09 
 
 		 555 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  41.01 
 
 		 535 aa  372  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.83 
 
 		 669 aa  368  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.52 
 
 		 659 aa  350  6e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  41.76 
 
 		 516 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  41.76 
 
 		 516 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.95 
 
 		 516 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.95 
 
 		 710 aa  325  2e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.06 
 
 		 697 aa  311  2.9999999999999997e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3029  DNA cytosine methyltransferase family protein  34.99 
 
 		 609 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0585199 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.69 
 
 		 488 aa  266  8e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.39 
 
 		 646 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.06 
 
 		 668 aa  205  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.15 
 
 		 618 aa  175  2.9999999999999996e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3545  hypothetical protein  42.74 
 
 		 105 aa  86.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102579 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.96 
 
 		 483 aa  85.9  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0012  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.96 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.59 
 
 		 687 aa  83.6  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4922  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.09 
 
 		 652 aa  81.6  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4776  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.34 
 
 		 615 aa  74.7  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.034234 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.74 
 
 		 496 aa  73.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.67 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4845  hypothetical protein  29.02 
 
 		 505 aa  63.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.033259 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  27.73 
 
 		 671 aa  60.1  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  25.1 
 
 		 374 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.8 
 
 		 553 aa  57  0.0000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  23.66 
 
 		 389 aa  55.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  24.45 
 
 		 373 aa  55.1  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6268  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.81 
 
 		 552 aa  53.5  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  30.77 
 
 		 305 aa  53.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 		 652 aa  52  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  25.73 
 
 		 295 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  35.38 
 
 		 320 aa  50.8  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  22.07 
 
 		 390 aa  50.8  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  23.43 
 
 		 362 aa  50.4  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  36.51 
 
 		 412 aa  49.7  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  26.13 
 
 		 373 aa  49.7  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0566  DNA-cytosine methyltransferase  26.24 
 
 		 449 aa  48.9  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.76321  normal  0.105811 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  24.45 
 
 		 431 aa  48.5  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  23.33 
 
 		 308 aa  48.9  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  28.33 
 
 		 358 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  36.23 
 
 		 370 aa  48.9  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  20 
 
 		 328 aa  48.1  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  23.29 
 
 		 362 aa  47.8  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.3 
 
 		 415 aa  47.4  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2257  hypothetical protein  43.14 
 
 		 95 aa  47  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  hitchhiker  0.000274869 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  23.2 
 
 		 313 aa  47  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  23.56 
 
 		 342 aa  46.6  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  36.96 
 
 		 437 aa  47  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  22.5 
 
 		 375 aa  46.6  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  42.55 
 
 		 435 aa  45.8  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  31.34 
 
 		 336 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  32.31 
 
 		 406 aa  46.2  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  23.77 
 
 		 395 aa  46.2  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  26 
 
 		 492 aa  44.7  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  20.63 
 
 		 357 aa  44.7  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0082  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  39.62 
 
 		 424 aa  44.7  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000201074 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  31.5 
 
 		 424 aa  44.7  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.05 
 
 		 431 aa  44.3  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  27.17 
 
 		 413 aa  44.3  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  21 
 
 		 371 aa  43.9  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>