19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4845 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4845  hypothetical protein  100 
 
 		 505 aa  1030    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.033259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.77 
 
 		 710 aa  100  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.86 
 
 		 697 aa  96.3  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.07 
 
 		 684 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1906  hypothetical protein  35.71 
 
 		 184 aa  84.3  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.178268  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  38.53 
 
 		 594 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.13 
 
 		 579 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  33.11 
 
 		 659 aa  70.5  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.02 
 
 		 619 aa  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.92 
 
 		 516 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.92 
 
 		 516 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.92 
 
 		 516 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.6 
 
 		 669 aa  53.5  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.7 
 
 		 494 aa  52.4  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.06 
 
 		 488 aa  50.8  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.44 
 
 		 710 aa  49.7  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  30 
 
 		 557 aa  49.3  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30 
 
 		 555 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.65 
 
 		 535 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>