157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4922 on replicon NC_013442
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008697  Noca_4776  C-5 cytosine-specific DNA methylase  68.14 
 
 
615 aa  889    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.034234 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4922  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
652 aa  1350    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  60.43 
 
 
687 aa  837    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.26 
 
 
496 aa  174  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.61 
 
 
483 aa  161  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.11 
 
 
553 aa  157  5.0000000000000005e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6268  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.46 
 
 
552 aa  144  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4058  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.9 
 
 
438 aa  113  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.185001 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.37 
 
 
659 aa  107  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.16 
 
 
579 aa  99  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.11 
 
 
535 aa  95.1  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.59 
 
 
618 aa  93.2  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.2 
 
 
494 aa  88.6  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  23.62 
 
 
594 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.28 
 
 
304 aa  80.1  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.19 
 
 
668 aa  77  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  29.86 
 
 
417 aa  76.6  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.17 
 
 
684 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.73 
 
 
697 aa  74.3  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  30.54 
 
 
295 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.01 
 
 
710 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27 
 
 
328 aa  72  0.00000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.09 
 
 
619 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.69 
 
 
646 aa  69.3  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  26.26 
 
 
416 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  29.61 
 
 
373 aa  65.1  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.46 
 
 
516 aa  63.9  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.46 
 
 
516 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.69 
 
 
516 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  23.79 
 
 
327 aa  63.2  0.00000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  26.4 
 
 
305 aa  62.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.32 
 
 
488 aa  62  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  24.49 
 
 
357 aa  62.4  0.00000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.26 
 
 
710 aa  62.4  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  27.32 
 
 
483 aa  62.4  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  22.35 
 
 
360 aa  62  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  27.65 
 
 
373 aa  61.6  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.4 
 
 
501 aa  61.6  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  25.39 
 
 
308 aa  61.2  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  25.6 
 
 
452 aa  60.8  0.00000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  23.94 
 
 
320 aa  59.7  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  24.49 
 
 
365 aa  60.5  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.2 
 
 
669 aa  60.5  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  28 
 
 
671 aa  60.5  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  20.48 
 
 
557 aa  58.5  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  23 
 
 
472 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  23 
 
 
472 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  23 
 
 
472 aa  58.2  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  22.86 
 
 
416 aa  58.2  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  23 
 
 
472 aa  57.8  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  24.88 
 
 
362 aa  57.8  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  23 
 
 
472 aa  57.8  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  23 
 
 
472 aa  57.8  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  22.54 
 
 
362 aa  57.8  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  23 
 
 
472 aa  57.8  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.88 
 
 
431 aa  57.8  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  23.88 
 
 
312 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3989  DNA-cytosine methyltransferase  27.67 
 
 
348 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.519304  normal  0.0147961 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  23.63 
 
 
370 aa  56.2  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  22.43 
 
 
489 aa  56.2  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  24.62 
 
 
468 aa  55.8  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  24.63 
 
 
652 aa  55.5  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
329 aa  55.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  20.7 
 
 
324 aa  55.1  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  25.35 
 
 
418 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  25.35 
 
 
418 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  26.4 
 
 
374 aa  54.3  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  24.18 
 
 
415 aa  54.7  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  26.15 
 
 
315 aa  53.9  0.000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  25.51 
 
 
438 aa  54.3  0.000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  26.02 
 
 
317 aa  53.5  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  25.39 
 
 
395 aa  53.1  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  21.17 
 
 
329 aa  53.5  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  26.6 
 
 
424 aa  52.4  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_25785  predicted protein  27.45 
 
 
778 aa  53.1  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00893206 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  26.92 
 
 
465 aa  53.1  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  27.85 
 
 
446 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  25.54 
 
 
492 aa  52.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  24.1 
 
 
406 aa  52.4  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1322  DNA-cytosine methyltransferase  30 
 
 
429 aa  52  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000848316  hitchhiker  0.000198005 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  23.92 
 
 
471 aa  52  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  24.62 
 
 
328 aa  52  0.00004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  25.24 
 
 
319 aa  52  0.00004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  23.5 
 
 
437 aa  51.6  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  25.48 
 
 
335 aa  52  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  23.81 
 
 
421 aa  51.6  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  23.44 
 
 
340 aa  51.6  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  25.35 
 
 
417 aa  51.6  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  23 
 
 
239 aa  51.2  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  25.45 
 
 
413 aa  51.6  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  24.07 
 
 
313 aa  51.2  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  28.02 
 
 
412 aa  51.6  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.87 
 
 
283 aa  51.6  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  24.75 
 
 
467 aa  51.2  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  20.27 
 
 
338 aa  50.8  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  23.77 
 
 
335 aa  50.4  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  25.53 
 
 
443 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0134  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  37.63 
 
 
539 aa  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.191643  normal  0.811146 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  26.64 
 
 
487 aa  50.1  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  24.23 
 
 
313 aa  50.1  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>