241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2386 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  100 
 
 
295 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  56.9 
 
 
304 aa  348  7e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0012  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.91 
 
 
333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684081  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  36.65 
 
 
483 aa  108  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.41 
 
 
535 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  36.56 
 
 
494 aa  99  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.12 
 
 
553 aa  95.1  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.74 
 
 
659 aa  94  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.52 
 
 
496 aa  92.8  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.07 
 
 
618 aa  91.7  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4922  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.54 
 
 
652 aa  83.6  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.66 
 
 
579 aa  83.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  26.79 
 
 
365 aa  82.4  0.000000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.76 
 
 
488 aa  82  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  29.82 
 
 
438 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  29.17 
 
 
413 aa  80.5  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.08 
 
 
646 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.51 
 
 
668 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.88 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  30.81 
 
 
338 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  31.84 
 
 
671 aa  77.4  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.22 
 
 
710 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.87 
 
 
516 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.87 
 
 
516 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  28.87 
 
 
557 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  27.5 
 
 
360 aa  76.3  0.0000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.87 
 
 
516 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.22 
 
 
669 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  29.09 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  26.98 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  26.94 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.1 
 
 
697 aa  72.8  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  29.65 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  26.63 
 
 
440 aa  72.4  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  26.63 
 
 
440 aa  72.4  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.36 
 
 
687 aa  72.4  0.000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  30.6 
 
 
417 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 
416 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  30.54 
 
 
327 aa  71.2  0.00000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  24.06 
 
 
319 aa  71.2  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.38 
 
 
357 aa  70.5  0.00000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  28.24 
 
 
389 aa  69.3  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
361 aa  69.3  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  28.16 
 
 
425 aa  69.3  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  27.65 
 
 
310 aa  68.9  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  29.89 
 
 
419 aa  68.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  28.96 
 
 
424 aa  68.2  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.84 
 
 
555 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  28.82 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  29.94 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4058  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.58 
 
 
438 aa  68.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.185001 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  26.03 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  28.66 
 
 
319 aa  67  0.0000000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  28.4 
 
 
508 aa  66.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  30.23 
 
 
362 aa  66.6  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  25.27 
 
 
312 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4776  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.86 
 
 
615 aa  66.2  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.034234 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  30.68 
 
 
373 aa  66.2  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  27.4 
 
 
657 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  25.79 
 
 
727 aa  65.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  27.27 
 
 
452 aa  65.9  0.0000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0832  DNA-cytosine methyltransferase  23.5 
 
 
383 aa  65.9  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  27.93 
 
 
373 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  27.37 
 
 
374 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  24.74 
 
 
313 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  30.56 
 
 
652 aa  65.1  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  29.71 
 
 
424 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  32.24 
 
 
446 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  27.17 
 
 
489 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  28.07 
 
 
594 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  28 
 
 
311 aa  63.2  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  26.52 
 
 
434 aa  62.8  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.28 
 
 
431 aa  62.4  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1360  type II restriction-modification system DNA cytosine-specific methylase  40.85 
 
 
78 aa  62.8  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000045922  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0606  DNA-cytosine methyltransferase  29.35 
 
 
355 aa  62  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.99 
 
 
710 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
365 aa  62  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  30.64 
 
 
443 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  27.33 
 
 
337 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  26.06 
 
 
406 aa  61.2  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  33.14 
 
 
355 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  26.29 
 
 
354 aa  61.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3029  DNA cytosine methyltransferase family protein  37.76 
 
 
609 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0585199 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  23.2 
 
 
320 aa  60.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.63 
 
 
415 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  27.57 
 
 
415 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.26 
 
 
435 aa  60.5  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
320 aa  60.8  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  28.4 
 
 
395 aa  60.5  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  27.57 
 
 
385 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  31.11 
 
 
381 aa  60.1  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  25.43 
 
 
342 aa  59.7  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  26.29 
 
 
487 aa  59.7  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.3 
 
 
684 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  23.96 
 
 
421 aa  59.7  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  28.73 
 
 
358 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  29.41 
 
 
317 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  26.97 
 
 
340 aa  59.3  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  28.9 
 
 
418 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  28.9 
 
 
418 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>