More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0134 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0134  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  100 
 
 		 539 aa  1097    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.191643  normal  0.811146 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3995  transposase IS116/IS110/IS902  69.09 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3060  transposase IS116/IS110/IS902  64.97 
 
 		 383 aa  490  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.137931  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4315  transposase IS116/IS110/IS902  70.08 
 
 		 389 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7136  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  56.51 
 
 		 384 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.756749  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8395  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  63.38 
 
 		 326 aa  395  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5197  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  44.92 
 
 		 383 aa  314  2.9999999999999996e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.273009  normal  0.772032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3851  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  49.58 
 
 		 366 aa  302  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1661  transposase IS110 family protein  44.59 
 
 		 379 aa  297  3e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3226  transposase IS110 family protein  44.59 
 
 		 379 aa  297  3e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.731441  normal  0.669457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3938  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  46.65 
 
 		 386 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3372  C-5 cytosine-specific DNA methylase  99.23 
 
 		 502 aa  273  7e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2773  transposase IS116/IS110/IS902  41.01 
 
 		 385 aa  247  4e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1954  transposase IS116/IS110/IS902  40.74 
 
 		 385 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0490  putative transposase IS116/IS110/IS902  40.32 
 
 		 383 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0838  putative transposase IS116/IS110/IS902  40.32 
 
 		 383 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00974886 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3182  C-5 cytosine-specific DNA methylase  86.15 
 
 		 495 aa  236  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1171  transposase IS116/IS110/IS902  38.69 
 
 		 379 aa  226  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0979  C-5 cytosine-specific DNA methylase  80 
 
 		 484 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.441427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3520  putative transposase  38.01 
 
 		 382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0901515 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3734  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  38.7 
 
 		 288 aa  160  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  53.39 
 
 		 283 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  42.62 
 
 		 313 aa  93.6  8e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2565  transposase IS116/IS110/IS902  28.28 
 
 		 358 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101667  normal  0.0135142 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7630  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  31.15 
 
 		 311 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.962411 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  38.98 
 
 		 465 aa  80.9  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7431  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  30.27 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1037  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  29.11 
 
 		 345 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1561  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.15 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.627114 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1575  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.15 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0511159  normal  0.740121 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0056  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.15 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0064  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.15 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2794  IS111A/IS1328/IS1533/IS116/IS110/IS902 transposase  28.17 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  33.87 
 
 		 325 aa  76.3  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27520  transposase  25.54 
 
 		 368 aa  76.3  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0618787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27550  transposase  25.54 
 
 		 368 aa  76.3  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0235672  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2172  ISCps8, transposase  24.01 
 
 		 384 aa  75.1  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.194492  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  36.21 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  38.14 
 
 		 418 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0474  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  28.95 
 
 		 350 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0599215 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  38.14 
 
 		 418 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  36.21 
 
 		 440 aa  71.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  36.21 
 
 		 440 aa  71.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  33.59 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3945  IS110 family transposase  25.42 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4548  IS110 family transposase  25.42 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2272  transposase IS116/IS110/IS902  28.16 
 
 		 371 aa  70.9  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0142849  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0643  ISAfe1, transposase  26.15 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  40.16 
 
 		 431 aa  70.9  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3058  transposase IS116/IS110/IS902  28.16 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.116967  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4092  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  28.81 
 
 		 343 aa  69.7  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.293783 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3506  hypothetical protein  28.62 
 
 		 350 aa  69.7  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.194292  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2661  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  25.49 
 
 		 344 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0894966  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  31.25 
 
 		 365 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  32.2 
 
 		 489 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  31.76 
 
 		 313 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  38.98 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1170  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.621929  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0222  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137309  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0406  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3161  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1114  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3976  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.015525  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3467  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4213  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  23.55 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4770  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  28.75 
 
 		 359 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.86797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0768  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.51 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0007  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.73 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06779  hypothetical protein  25.13 
 
 		 384 aa  68.2  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3816  transposase IS116/IS110/IS902  25.27 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.531906  normal  0.5614 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18390  Transposase IS116/IS110/IS902 family  25.93 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2242  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  25.08 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000922808  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  35.04 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  36.44 
 
 		 340 aa  67.4  0.0000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  36.36 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4035  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  26.23 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.327975  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3759  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  26.23 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.076485  normal  0.271017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3943  transposase IS116/IS110/IS902  26.67 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.147214  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  35 
 
 		 335 aa  67  0.0000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1192  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.41 
 
 		 369 aa  67  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0439  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.41 
 
 		 369 aa  67  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3079  transposase IS116/IS110/IS902  27.35 
 
 		 337 aa  67  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3085  transposase IS116/IS110/IS902  27.35 
 
 		 337 aa  67  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1680  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.41 
 
 		 369 aa  67  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670311  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  41.53 
 
 		 443 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5872  transposase IS116/IS110/IS902  27.18 
 
 		 341 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  34.07 
 
 		 389 aa  66.6  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0505  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.18 
 
 		 341 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0567  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.18 
 
 		 341 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0767  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.18 
 
 		 341 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2205  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.18 
 
 		 341 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2966  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  27.18 
 
 		 341 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220936  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1525  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  24.76 
 
 		 342 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.554146  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2832  transposase  27.79 
 
 		 391 aa  66.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.510423  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2242  transposase family protein  25.71 
 
 		 455 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.860997  normal  0.210427 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1233  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  26.88 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3399  transposase  27.79 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2081  transposase  27.79 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4559  transposase  27.79 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4629  transposase  27.79 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>