52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1691 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 		 697 aa  1437    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.23 
 
 		 710 aa  428  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.57 
 
 		 669 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.07 
 
 		 659 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  45.15 
 
 		 488 aa  339  9e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.52 
 
 		 516 aa  335  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.52 
 
 		 516 aa  335  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  39.73 
 
 		 557 aa  331  3e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  41.74 
 
 		 535 aa  330  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.14 
 
 		 516 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  42.32 
 
 		 494 aa  324  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.57 
 
 		 684 aa  323  6e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.36 
 
 		 710 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.89 
 
 		 555 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.91 
 
 		 619 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  30.55 
 
 		 594 aa  259  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.3 
 
 		 579 aa  246  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3029  DNA cytosine methyltransferase family protein  34.08 
 
 		 609 aa  226  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0585199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.49 
 
 		 668 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.21 
 
 		 646 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.41 
 
 		 618 aa  156  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4845  hypothetical protein  28.86 
 
 		 505 aa  96.3  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.033259 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4922  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.73 
 
 		 652 aa  74.3  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.24 
 
 		 553 aa  73.6  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.23 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.42 
 
 		 483 aa  66.2  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6268  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.88 
 
 		 552 aa  63.5  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  27.57 
 
 		 373 aa  59.7  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4776  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.14 
 
 		 615 aa  57.8  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.034234 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  23.77 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  27.8 
 
 		 671 aa  54.7  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0012  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.08 
 
 		 333 aa  55.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684081  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  27.55 
 
 		 295 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  27.93 
 
 		 652 aa  53.9  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.57 
 
 		 496 aa  53.9  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.82 
 
 		 687 aa  52.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  22.99 
 
 		 375 aa  50.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.08 
 
 		 405 aa  49.3  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  24.04 
 
 		 389 aa  49.3  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  25.58 
 
 		 366 aa  49.7  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  28.27 
 
 		 313 aa  48.9  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  24.02 
 
 		 365 aa  49.3  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  31.91 
 
 		 313 aa  48.9  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  26.44 
 
 		 373 aa  48.1  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  23.04 
 
 		 362 aa  47.8  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3545  hypothetical protein  29.73 
 
 		 105 aa  47.4  0.0009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102579 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  24.03 
 
 		 308 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.36 
 
 		 362 aa  46.6  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  24.24 
 
 		 355 aa  45.4  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  25.12 
 
 		 342 aa  44.7  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1175  DNA-cytosine methyltransferase  22.79 
 
 		 349 aa  44.3  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  27.98 
 
 		 421 aa  43.9  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.247848 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>