52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3029 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3029  DNA cytosine methyltransferase family protein  100 
 
 		 609 aa  1264    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0585199 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1740  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.94 
 
 		 669 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3506  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.31 
 
 		 516 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.39459  hitchhiker  0.00149895 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2003  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.98 
 
 		 516 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00321659  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3006  prophage LambdaSo, type II DNA modification methyltransferase, putative  38.74 
 
 		 557 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1961  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.82 
 
 		 516 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0550818  normal  0.0497342 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.45 
 
 		 710 aa  362  9e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2642  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.98 
 
 		 555 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523714 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3654  C-5 cytosine-specific DNA methylase  36.95 
 
 		 494 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1917  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.33 
 
 		 535 aa  342  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.92455  normal  0.374422 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0980  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.55 
 
 		 488 aa  325  2e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.407551  hitchhiker  0.0000325424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1040  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.7 
 
 		 659 aa  310  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2828  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.98 
 
 		 684 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3427  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  35.21 
 
 		 594 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000565023  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.99 
 
 		 619 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000315602 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2843  C-5 cytosine-specific DNA methylase  36.17 
 
 		 710 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0878273 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1691  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.37 
 
 		 697 aa  236  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3699  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.49 
 
 		 579 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2449  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.5 
 
 		 646 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.199486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.34 
 
 		 668 aa  154  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5090  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.68 
 
 		 618 aa  138  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.4 
 
 		 304 aa  70.1  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3037  C-5 cytosine-specific DNA methylase  22.59 
 
 		 483 aa  67.8  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0129697  normal  0.245214 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5574  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.86 
 
 		 496 aa  67  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2386  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  39.67 
 
 		 295 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0340074  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3461  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.6 
 
 		 687 aa  58.2  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4776  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.37 
 
 		 615 aa  56.2  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.034234 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4922  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.19 
 
 		 652 aa  55.1  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  30.51 
 
 		 358 aa  54.7  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0568  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.48 
 
 		 553 aa  53.1  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0234117  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  24.3 
 
 		 434 aa  51.6  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0012  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.4 
 
 		 333 aa  50.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  27.65 
 
 		 443 aa  50.4  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  32.33 
 
 		 657 aa  50.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00245  site-specific DNA-methyltransferase  30.11 
 
 		 735 aa  49.7  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.191981  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  32.23 
 
 		 424 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  29.46 
 
 		 431 aa  49.3  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  26.01 
 
 		 437 aa  48.5  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 		 365 aa  48.9  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  31.45 
 
 		 415 aa  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  23.04 
 
 		 389 aa  47.8  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  24.85 
 
 		 342 aa  47.8  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  25.83 
 
 		 340 aa  47.8  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  24.3 
 
 		 418 aa  47.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  24.3 
 
 		 418 aa  47.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.42 
 
 		 431 aa  47.4  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  24.91 
 
 		 374 aa  47.4  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6268  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.8 
 
 		 552 aa  44.7  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  21.46 
 
 		 362 aa  44.3  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  26.15 
 
 		 421 aa  44.3  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1360  type II restriction-modification system DNA cytosine-specific methylase  38.03 
 
 		 78 aa  44.3  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000045922  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  25.64 
 
 		 362 aa  43.9  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>