164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5184 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5184  sodium/calcium exchanger membrane region  100 
 
 
336 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3347  sodium/calcium exchanger membrane region  97.92 
 
 
336 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2770  Sodium/calcium exchanger membrane region  91.37 
 
 
336 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212327  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4763  sodium/calcium exchanger membrane region  90.48 
 
 
336 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0790381  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3404  sodium/calcium exchanger membrane region  90.48 
 
 
336 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4112  sodium/calcium exchanger membrane region  89.88 
 
 
336 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3848  sodium/calcium exchanger membrane region  74.4 
 
 
336 aa  474  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0089  sodium/calcium antiporter  75.89 
 
 
336 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.770977 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0802  Ca2+/H+ antiporter  67.3 
 
 
333 aa  385  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.462867  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0587  sodium/calcium exchanger  60.13 
 
 
335 aa  349  4e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.229612  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0739  sodium/calcium exchanger membrane region  63.84 
 
 
316 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000114246 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0818  Sodium/calcium exchanger membrane region  42.47 
 
 
334 aa  231  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000151799  hitchhiker  0.00227124 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3173  sodium/calcium exchanger membrane region  40.12 
 
 
332 aa  223  4e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4366  sodium/calcium exchanger membrane region  43.71 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1150  sodium/calcium exchanger membrane region  40.17 
 
 
333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2521  sodium/calcium exchanger membrane region  41.88 
 
 
328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2364  sodium/calcium exchanger membrane region  39.53 
 
 
335 aa  212  7e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000667432  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3344  sodium/calcium exchanger membrane region  38.81 
 
 
335 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.510266  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0654  sodium/calcium exchanger membrane region  43.17 
 
 
336 aa  203  4e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000139213  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1471  sodium/calcium exchanger membrane region  43.9 
 
 
330 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2086  sodium/calcium exchanger membrane region  37.54 
 
 
335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0548059  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3053  sodium/calcium exchanger membrane region  42.41 
 
 
338 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2041  sodium/calcium exchanger membrane region  40.79 
 
 
365 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.562882  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2541  sodium/calcium exchanger membrane region  33.67 
 
 
336 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.164372  normal  0.239114 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1963  sodium/calcium exchanger membrane region  28.96 
 
 
343 aa  126  6e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.520239  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1664  sodium/calcium exchanger membrane region  31.8 
 
 
336 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2952  sodium/calcium exchanger membrane region  31.8 
 
 
336 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.234735  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0106  sodium/calcium exchanger membrane region  30.74 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000029721  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1978  sodium/calcium exchanger membrane region  29.79 
 
 
334 aa  108  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175474  normal  0.656987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4588  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.04 
 
 
310 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.902154  unclonable  0.0000000219309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3438  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  28.62 
 
 
310 aa  65.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.852406  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3815  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.47 
 
 
316 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2364  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.6 
 
 
353 aa  63.5  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000100727  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3618  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.52 
 
 
316 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0325  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.52 
 
 
316 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2477  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.9 
 
 
334 aa  62.4  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0302192  normal  0.536733 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4537  putative sodium/calcium exchanger protein  25.35 
 
 
326 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0354  sodium/calcium exchanger  26.45 
 
 
316 aa  61.6  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0360  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  27.59 
 
 
309 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3399  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  29.11 
 
 
325 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3635  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.88 
 
 
316 aa  62  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000393256  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0181  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  24.84 
 
 
329 aa  61.2  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00253398  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0330  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.66 
 
 
310 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0502313 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1072  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.64 
 
 
308 aa  60.5  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.301699  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0358  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  24.28 
 
 
314 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000561801  decreased coverage  0.00000000752949 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0350  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.28 
 
 
314 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.25399  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2414  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.38 
 
 
332 aa  58.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0659124 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0348  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.28 
 
 
314 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268506  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3883  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.08 
 
 
307 aa  57.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.150856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0355  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.28 
 
 
314 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000157551  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0488  sodium/calcium exchanger membrane region  23.55 
 
 
322 aa  57.8  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.23848  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2556  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  27.6 
 
 
309 aa  57  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00317334  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5993  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  27.5 
 
 
322 aa  57  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03187  sodium-calcium exchanger  24.56 
 
 
318 aa  56.6  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3841  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  23.22 
 
 
357 aa  56.6  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0549  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  25.33 
 
 
324 aa  56.2  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.240591 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0495  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  25.91 
 
 
320 aa  56.2  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000835013  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2416  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  26.43 
 
 
324 aa  56.2  0.0000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3082  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.79 
 
 
320 aa  55.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.389731 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04266  sodium/calcium exchanger protein, putative (Eurofung)  27.44 
 
 
1019 aa  55.1  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0247507 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0504  sodium/calcium exchanger protein  27.42 
 
 
322 aa  55.1  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1252  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.63 
 
 
314 aa  55.1  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.924358  normal  0.0329197 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3503  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  38.57 
 
 
310 aa  54.7  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4234  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.47 
 
 
319 aa  53.9  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000309074 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1078  sodium/calcium exchange protein  23.94 
 
 
323 aa  53.9  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00151135  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0732  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.19 
 
 
319 aa  53.5  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1536  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.24 
 
 
331 aa  53.5  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.153216  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1817  calcium/proton exchanger  22.91 
 
 
331 aa  53.1  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.378438  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0521  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.27 
 
 
318 aa  53.1  0.000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.10267  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12590  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.3 
 
 
368 aa  53.1  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.483564  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2103  hypothetical protein  26.3 
 
 
332 aa  52.8  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3625  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  22.51 
 
 
326 aa  52.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2992  sodium/calcium exchanger membrane region  32.14 
 
 
274 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0192504  normal  0.0940399 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_1885  CaCA family transporter: sodium ion/potassium ion/calcium ion  25.56 
 
 
393 aa  52.4  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.00320098 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2638  putative sodium/calcium exchanger  25 
 
 
305 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.679614  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1962  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  23.34 
 
 
323 aa  51.6  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0562  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.32 
 
 
320 aa  51.2  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0364  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  33.59 
 
 
325 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.174452  normal  0.286588 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1216  sodium/calcium exchanger membrane region  28.85 
 
 
326 aa  51.6  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.233942 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0851  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.39 
 
 
364 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1116  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.44 
 
 
367 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.47681  normal  0.852669 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0741  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.9 
 
 
314 aa  51.2  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000278551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2279  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.37 
 
 
350 aa  51.2  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1591  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.27 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0780094  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0710  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  31.21 
 
 
435 aa  50.8  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.478041 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06321  CaCA family sodium/calcium exchanger  27.2 
 
 
359 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2109  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  32.29 
 
 
322 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.125049  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0716  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.39 
 
 
330 aa  50.4  0.00004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3670  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.49 
 
 
321 aa  50.4  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000078626 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002408  YrbG protein  26.57 
 
 
321 aa  50.1  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.411327  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1295  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25 
 
 
305 aa  50.1  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2140  sodium/calcium exchanger membrane region  24.51 
 
 
307 aa  50.1  0.00006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.6071  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2005  sodium/calcium exchanger membrane region  25 
 
 
462 aa  50.1  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0280  putative calcium/sodium:proton antiporter  23.77 
 
 
321 aa  49.7  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2409  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.72 
 
 
339 aa  49.7  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0267872  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3305  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.81 
 
 
319 aa  49.7  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.568121 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0788  sodium/calcium exchanger membrane region  23.47 
 
 
323 aa  49.7  0.00008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2262  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  28.26 
 
 
328 aa  49.7  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.436095  normal  0.508366 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06241  CaCA family sodium/calcium exchanger  26.13 
 
 
359 aa  49.3  0.00009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2577  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  26.61 
 
 
320 aa  49.3  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>