126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3173 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3173  sodium/calcium exchanger membrane region  100 
 
 
332 aa  653    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2086  sodium/calcium exchanger membrane region  53.33 
 
 
335 aa  346  4e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0548059  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2364  sodium/calcium exchanger membrane region  46.5 
 
 
335 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000667432  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4366  sodium/calcium exchanger membrane region  45.32 
 
 
332 aa  278  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0818  Sodium/calcium exchanger membrane region  46.65 
 
 
334 aa  275  6e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000151799  hitchhiker  0.00227124 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2521  sodium/calcium exchanger membrane region  46.58 
 
 
328 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3344  sodium/calcium exchanger membrane region  43.94 
 
 
335 aa  256  4e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.510266  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0654  sodium/calcium exchanger membrane region  43.44 
 
 
336 aa  231  1e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000139213  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1150  sodium/calcium exchanger membrane region  42.49 
 
 
333 aa  231  1e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2770  Sodium/calcium exchanger membrane region  39.88 
 
 
336 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212327  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5184  sodium/calcium exchanger membrane region  40.42 
 
 
336 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3053  sodium/calcium exchanger membrane region  40.73 
 
 
338 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4112  sodium/calcium exchanger membrane region  40.18 
 
 
336 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4763  sodium/calcium exchanger membrane region  39.94 
 
 
336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0790381  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3404  sodium/calcium exchanger membrane region  39.94 
 
 
336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1471  sodium/calcium exchanger membrane region  41.41 
 
 
330 aa  222  7e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0587  sodium/calcium exchanger  44.44 
 
 
335 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.229612  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0739  sodium/calcium exchanger membrane region  44.53 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000114246 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3347  sodium/calcium exchanger membrane region  39.88 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3848  sodium/calcium exchanger membrane region  38.51 
 
 
336 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0802  Ca2+/H+ antiporter  39.17 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.462867  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0089  sodium/calcium antiporter  38.92 
 
 
336 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.770977 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2041  sodium/calcium exchanger membrane region  38.41 
 
 
365 aa  177  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.562882  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2541  sodium/calcium exchanger membrane region  32.73 
 
 
336 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.164372  normal  0.239114 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1664  sodium/calcium exchanger membrane region  33.02 
 
 
336 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2952  sodium/calcium exchanger membrane region  33.02 
 
 
336 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.234735  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1963  sodium/calcium exchanger membrane region  32.67 
 
 
343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.520239  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0106  sodium/calcium exchanger membrane region  27.33 
 
 
319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000029721  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1978  sodium/calcium exchanger membrane region  28.68 
 
 
334 aa  103  6e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175474  normal  0.656987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0181  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  21.75 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00253398  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0504  sodium/calcium exchanger protein  24.18 
 
 
322 aa  62.4  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4537  putative sodium/calcium exchanger protein  24.72 
 
 
326 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1536  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  24.73 
 
 
331 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.153216  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1817  calcium/proton exchanger  23.31 
 
 
331 aa  60.5  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.378438  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2103  hypothetical protein  24.73 
 
 
332 aa  60.5  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4361  putative calcium/sodium:proton antiporter  22.06 
 
 
325 aa  60.1  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.17672  normal  0.104496 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0788  sodium/calcium exchanger membrane region  25.97 
 
 
323 aa  58.9  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2140  sodium/calcium exchanger membrane region  24.84 
 
 
307 aa  58.2  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.6071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1716  Ca2+/H+ antiporter  22.61 
 
 
361 aa  57.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0816258 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002408  YrbG protein  23.6 
 
 
321 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.411327  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1252  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.04 
 
 
314 aa  57  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.924358  normal  0.0329197 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03659  hypothetical protein  23.05 
 
 
321 aa  57  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1577  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.05 
 
 
311 aa  55.1  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00101794  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3809  putative calcium/sodium:proton antiporter  27.2 
 
 
320 aa  55.1  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112683  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0287  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.44 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0195424  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3082  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.46 
 
 
320 aa  53.9  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1540  sodium/calcium exchanger membrane region  26.94 
 
 
305 aa  54.3  0.000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.494574  normal  0.0390081 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0280  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.16 
 
 
321 aa  53.9  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0127  sodium/calcium exchanger membrane region  24.61 
 
 
326 aa  53.5  0.000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0883701  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1889  sodium/calcium exchanger membrane region  24.61 
 
 
343 aa  53.5  0.000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.106485 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0568  putative CaCA family sodium/calcium exchanger  25.67 
 
 
359 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.74342  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2404  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  21.96 
 
 
357 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0372  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  34.15 
 
 
365 aa  51.2  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1116  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.79 
 
 
367 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.47681  normal  0.852669 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0004  putative CaCA family sodium/calcium exchanger  24.38 
 
 
364 aa  50.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0354  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  30.3 
 
 
311 aa  50.8  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.121952  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03187  sodium-calcium exchanger  22.79 
 
 
318 aa  50.8  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06231  CaCA family sodium/calcium exchanger  24.73 
 
 
364 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.379015  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0447  putative calcium/sodium:proton antiporter  25.32 
 
 
324 aa  50.4  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.597372  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1147  putative calcium/sodium:proton antiporter  25.32 
 
 
324 aa  50.4  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0511  putative calcium/sodium:proton antiporter  25.32 
 
 
324 aa  50.4  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1041  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  19.81 
 
 
317 aa  50.1  0.00005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3651  putative calcium/sodium:proton antiporter  25 
 
 
320 aa  50.1  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0851  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.49 
 
 
364 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03061  predicted calcium/sodium:proton antiporter  23.02 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0199282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0511  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  23.02 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06241  CaCA family sodium/calcium exchanger  25.67 
 
 
359 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3389  putative calcium/sodium:proton antiporter  23.02 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03012  hypothetical protein  23.02 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0189866  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0504  putative calcium/sodium:proton antiporter  23.02 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.18976 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3492  putative calcium/sodium:proton antiporter  23.02 
 
 
325 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3504  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.21 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.316714  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3673  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.21 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.074393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3173  putative sodium/calcium exchanger protein  20.69 
 
 
331 aa  48.1  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.222381  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2477  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.83 
 
 
334 aa  48.5  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0302192  normal  0.536733 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3684  putative calcium/sodium:proton antiporter  23.02 
 
 
325 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.187943  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0752  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.61 
 
 
320 aa  48.1  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4518  putative calcium/sodium:proton antiporter  23.02 
 
 
325 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.449826  normal  0.512048 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3841  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  23.72 
 
 
357 aa  47.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0741  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.72 
 
 
314 aa  47.4  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000278551  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2556  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  24.53 
 
 
309 aa  47.8  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00317334  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1317  sodium/calcium exchanger membrane region  20.86 
 
 
343 aa  47.4  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3575  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.21 
 
 
325 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3611  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.21 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.297385 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3506  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.21 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0495  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  21.53 
 
 
320 aa  47  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000835013  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5993  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  23.38 
 
 
322 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1216  sodium/calcium exchanger membrane region  26.12 
 
 
326 aa  47  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.233942 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1155  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.56 
 
 
320 aa  46.6  0.0006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0541377  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3632  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.51 
 
 
325 aa  46.6  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0205  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.02 
 
 
309 aa  46.6  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.638827  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1784  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.49 
 
 
320 aa  46.6  0.0006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000163312 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0203  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.02 
 
 
309 aa  46.6  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.42407  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02649  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.93 
 
 
204 aa  46.6  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000211636  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3371  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  22.96 
 
 
320 aa  46.2  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18111  CaCA family sodium/calcium exchanger  23.37 
 
 
369 aa  46.2  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0941081 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0115  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.49 
 
 
320 aa  46.2  0.0007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00802895  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3574  putative calcium/sodium:proton antiporter  23.41 
 
 
325 aa  46.2  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12590  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.16 
 
 
368 aa  46.2  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.483564  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3610  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.46 
 
 
319 aa  46.2  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>