More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5873 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5873  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  100 
 
 
357 aa  726    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0993  ABC transporter related  47.24 
 
 
363 aa  294  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2223  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  44.44 
 
 
349 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1935  spermidine/putrescine transport ATP-binding protein pota  43.08 
 
 
352 aa  242  6e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0028  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.11 
 
 
378 aa  239  5e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0855838  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.72 
 
 
363 aa  238  8e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.66 
 
 
365 aa  238  1e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0100  ABC transporter related  43.35 
 
 
329 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1727  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  38.87 
 
 
377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2803  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.33 
 
 
362 aa  232  8.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0416971  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.96 
 
 
348 aa  231  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000472739  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  35.52 
 
 
367 aa  229  4e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0889  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.86 
 
 
348 aa  229  6e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000209161  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1349  sulfate ABC transporter, ATP-binding protein  40.41 
 
 
343 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.04 
 
 
337 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.32 
 
 
358 aa  228  2e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1014  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  38.44 
 
 
357 aa  227  3e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.939142  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  41.64 
 
 
355 aa  226  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.02 
 
 
352 aa  227  3e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6838  putrescine ABC transporter ATP-binding protein  47.56 
 
 
393 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.840617  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2487  ferric transporter ATP-binding subunit  42.4 
 
 
353 aa  227  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.362569  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4738  ABC transporter related  40.56 
 
 
329 aa  226  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.07 
 
 
380 aa  226  4e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1768  ABC transporter related  47.56 
 
 
361 aa  226  6e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1829  ABC transporter related protein  35.35 
 
 
376 aa  225  7e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000162246  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  45.93 
 
 
355 aa  225  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.36 
 
 
382 aa  225  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2127  ABC transporter related  44.58 
 
 
337 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0500595  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1090  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.73 
 
 
369 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.12 
 
 
363 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  39.73 
 
 
365 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.56 
 
 
362 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl511  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding component  39.59 
 
 
350 aa  224  3e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  38.19 
 
 
381 aa  223  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1960  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.95 
 
 
399 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.19 
 
 
352 aa  223  4e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.15 
 
 
360 aa  223  4e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1484  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  38.6 
 
 
343 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.0950127 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3637  ABC transporter related  48.02 
 
 
347 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671698  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1062  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.72 
 
 
387 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  35.59 
 
 
343 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2958  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  42.81 
 
 
365 aa  222  6e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  47.08 
 
 
349 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  46.59 
 
 
363 aa  222  8e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4133  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.96 
 
 
346 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.34 
 
 
376 aa  222  8e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.77 
 
 
381 aa  222  9e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3891  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  45.38 
 
 
356 aa  222  9e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.540067  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1776  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  41.34 
 
 
352 aa  222  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0968397  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1199  sulfate ABC transporter, ATP-binding protein  43.67 
 
 
357 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1620  ABC transporter, ATP-binding protein  35.69 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6271  ABC transporter related  38.71 
 
 
356 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0482396  normal  0.559983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2073  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  45.79 
 
 
374 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.603613  hitchhiker  7.48501e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2046  ABC transporter, ATP-binding protein  35.69 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000987436 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1531  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.25 
 
 
353 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3075  ABC transporter related  42.91 
 
 
357 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2514  ABC transporter related protein  41.49 
 
 
405 aa  221  9.999999999999999e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  43.73 
 
 
364 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1646  putrescine transporter ATP-binding subunit  45.49 
 
 
377 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.103128 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3942  ABC transporter related  41.27 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.311747 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.86 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.06 
 
 
384 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1128  sulfate/thiosulfate import ATP-binding protein CysA  40.64 
 
 
357 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01398  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  35.69 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2205  ABC transporter related protein  35.69 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0635476  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.75 
 
 
362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3984  ABC transporter related  44.98 
 
 
354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.194815 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2467  ABC sulfate/thiosulfate transporter, ATPase subunit, CysA  40.99 
 
 
352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.37453  normal  0.40558 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1196  ABC transporter related  47.54 
 
 
374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0565539  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3636  ABC transporter related  43.46 
 
 
369 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.6 
 
 
359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.12 
 
 
382 aa  221  1.9999999999999999e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  38.79 
 
 
373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2548  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  46.09 
 
 
374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.469643  normal  0.012535 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01409  hypothetical protein  35.69 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.96 
 
 
372 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1525  ABC transporter, ATP-binding protein  36.06 
 
 
337 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0082  ABC transporter related protein  44.94 
 
 
367 aa  220  3e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.193863  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2969  ABC transporter related  46.34 
 
 
418 aa  220  3e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.979711 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2218  ABC transporter related  36.06 
 
 
337 aa  220  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.905412 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6033  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  36.81 
 
 
349 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1646  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.77 
 
 
363 aa  220  3.9999999999999997e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.75 
 
 
382 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1733  ABC transporter, ATP-binding protein  35.41 
 
 
337 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000359777 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  35.23 
 
 
356 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2065  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  46.94 
 
 
351 aa  219  3.9999999999999997e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.981525  normal  0.53005 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2023  ABC transporter related  40.52 
 
 
366 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.61 
 
 
355 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1935  ABC transporter related  40.82 
 
 
352 aa  219  5e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0201  ABC transporter related  47.83 
 
 
350 aa  219  5e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.490731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.62 
 
 
384 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3743  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.6 
 
 
370 aa  219  6e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6279  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (spermidine/putrescine)  36.71 
 
 
374 aa  219  7e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2894  putative ABC transporter ATP-binding protein  37.71 
 
 
440 aa  219  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.103777 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.12 
 
 
372 aa  219  7e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1034  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  38.89 
 
 
359 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.330861  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1626  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  41.88 
 
 
352 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220073  normal  0.514504 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.45 
 
 
365 aa  219  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0662  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.15 
 
 
347 aa  219  7e-56  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2385  putrescine transporter ATP-binding subunit  44.58 
 
 
375 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>