More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6279 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6279  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 
374 aa  764    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2920  ABC transporter related  71.87 
 
 
363 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905219  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2659  ABC transporter related  70.75 
 
 
363 aa  534  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3942  ABC transporter related  56.7 
 
 
331 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.311747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4738  ABC transporter related  57.67 
 
 
329 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0100  ABC transporter related  57.95 
 
 
329 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1727  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2894  putative ABC transporter ATP-binding protein  53.56 
 
 
440 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.103777 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3533  ABC transporter related  54.34 
 
 
372 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3375  ABC transporter ATP-binding protein  54.31 
 
 
331 aa  369  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.734729 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3268  ABC transporter related  52.75 
 
 
367 aa  364  1e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0209  ABC transporter-related protein  55.01 
 
 
333 aa  361  9e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110043 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4064  ABC transporter related  54.11 
 
 
325 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.484241  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3338  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  53.82 
 
 
325 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1011  ABC transporter related  52.07 
 
 
358 aa  357  2.9999999999999997e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0118273 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5903  ABC transporter related  51.42 
 
 
351 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.333383  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5256  ABC transporter related  50.41 
 
 
352 aa  353  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.336251 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2473  ABC transporter related  51.76 
 
 
356 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7132  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (spermidine/putrescine)  52.74 
 
 
357 aa  353  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1362  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  50.68 
 
 
352 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.073818 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3637  hypothetical protein  53.56 
 
 
325 aa  345  5e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104015  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1908  ABC transporter ATP-binding protein  49.86 
 
 
368 aa  338  7e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.09 
 
 
377 aa  292  8e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  40.05 
 
 
373 aa  281  9e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.5 
 
 
387 aa  281  1e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.5 
 
 
366 aa  278  9e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8492  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.43 
 
 
379 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19245  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.29 
 
 
382 aa  278  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0326  ABC transporter related  42.02 
 
 
372 aa  276  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.92 
 
 
384 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1201  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.61 
 
 
327 aa  273  3e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.29 
 
 
378 aa  272  5.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  42.39 
 
 
363 aa  272  8.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1177  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  38.76 
 
 
331 aa  271  9e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3284  ABC transporter related  42.24 
 
 
350 aa  271  9e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.77037  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1179  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  38.27 
 
 
331 aa  270  2e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00519424  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.76 
 
 
423 aa  270  2e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.5 
 
 
358 aa  271  2e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7092  ABC transporter related  39.94 
 
 
387 aa  270  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106736  normal  0.0652962 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1199  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  38.27 
 
 
331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00119118  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1297  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  38.27 
 
 
331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.71 
 
 
447 aa  270  2.9999999999999997e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4279  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.94 
 
 
372 aa  270  2.9999999999999997e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.714289  normal  0.753211 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1398  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  38.53 
 
 
327 aa  270  4e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.240911  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1439  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  38.53 
 
 
327 aa  270  4e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000273581  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1592  ABC transporter related  41.74 
 
 
356 aa  270  4e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.911818  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1375  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  38.53 
 
 
327 aa  270  4e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000557634 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.29 
 
 
385 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1337  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  38.53 
 
 
327 aa  268  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.819184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4007  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  38.53 
 
 
327 aa  268  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.124331  hitchhiker  0.00000000114894 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1007  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.92 
 
 
327 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  39.22 
 
 
366 aa  268  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0674  ABC transporter, ATP-binding protein  43.4 
 
 
353 aa  268  1e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2864  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  40.46 
 
 
368 aa  268  1e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.69 
 
 
380 aa  267  2e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  41.29 
 
 
363 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1935  spermidine/putrescine transport ATP-binding protein pota  39.23 
 
 
352 aa  267  2.9999999999999995e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3228  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.44 
 
 
377 aa  266  4e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.999114  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.5 
 
 
382 aa  266  5e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.73 
 
 
363 aa  266  5.999999999999999e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0718  ABC transporter, ATP-binding protein  43.11 
 
 
353 aa  266  5.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  41.14 
 
 
367 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  40.05 
 
 
381 aa  266  5.999999999999999e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.14 
 
 
367 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2223  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  39.17 
 
 
349 aa  265  8e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0838  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.97 
 
 
370 aa  265  8.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.05 
 
 
388 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3843  ABC transporter related  45.02 
 
 
353 aa  265  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.53 
 
 
365 aa  264  2e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.05 
 
 
388 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.43 
 
 
367 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.05 
 
 
388 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  40.95 
 
 
373 aa  264  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1960  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  37.47 
 
 
399 aa  263  3e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  39.83 
 
 
374 aa  263  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.93 
 
 
379 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.24 
 
 
372 aa  263  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  38.94 
 
 
365 aa  263  4e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.27 
 
 
352 aa  263  4e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7821  ABC transporter ATP-binding protein  44.64 
 
 
363 aa  263  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1143  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.17 
 
 
364 aa  262  6e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1148  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.17 
 
 
364 aa  262  6e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.14 
 
 
382 aa  262  6e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.17 
 
 
374 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.62 
 
 
356 aa  262  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  39.83 
 
 
369 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.78 
 
 
372 aa  262  6.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3956  ABC transporter related  48.64 
 
 
355 aa  262  6.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.396032  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4651  ABC transporter related  41.94 
 
 
367 aa  262  6.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2951  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  40.23 
 
 
352 aa  262  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  39.89 
 
 
374 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0320  ABC transporter related protein  39.53 
 
 
382 aa  261  1e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.362306  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0281  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.39 
 
 
354 aa  261  1e-68  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.89 
 
 
374 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3217  ABC transporter related  50.63 
 
 
356 aa  261  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257824  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.29 
 
 
367 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  39.54 
 
 
369 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.18 
 
 
373 aa  260  3e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1759  ABC transporter related  47.3 
 
 
353 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.483638  normal  0.015539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.13 
 
 
380 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  38.23 
 
 
381 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>