More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3754 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3678  protein of unknown function DUF404  43.63 
 
 		 839 aa  669    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.227774 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0953  hypothetical protein  57.72 
 
 		 794 aa  914    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3344  protein of unknown function DUF404  78.51 
 
 		 805 aa  1300    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2736  hypothetical protein  76.4 
 
 		 802 aa  1256    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2948  hypothetical protein  43.41 
 
 		 844 aa  639    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139026 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2613  hypothetical protein  57.72 
 
 		 794 aa  911    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3754  hypothetical protein  100 
 
 		 804 aa  1647    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1713  hypothetical protein  44.32 
 
 		 833 aa  647    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.788939  normal  0.45404 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3646  protein of unknown function DUF404  80.33 
 
 		 805 aa  1312    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1705  hypothetical protein  44.33 
 
 		 855 aa  643    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.12815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0516  hypothetical protein  46.67 
 
 		 855 aa  694    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3018  hypothetical protein  57.93 
 
 		 794 aa  897    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.278023  normal  0.834834 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3584  hypothetical protein  44.19 
 
 		 833 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.260259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4274  protein of unknown function DUF404  43.87 
 
 		 833 aa  637    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306877  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0856  protein of unknown function DUF404  50.32 
 
 		 804 aa  784    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319945  normal  0.446218 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3281  hypothetical protein  43.46 
 
 		 834 aa  675    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2638  hypothetical protein  43.27 
 
 		 843 aa  631  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.12456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3609  protein of unknown function DUF404  38.17 
 
 		 846 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.956305  normal  0.382472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3725  protein of unknown function DUF404  37.97 
 
 		 846 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.139455  normal  0.362947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3416  hypothetical protein  37.84 
 
 		 867 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.923692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1622  hypothetical protein  38.47 
 
 		 845 aa  521  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.129702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4759  hypothetical protein  36.63 
 
 		 845 aa  508  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160273  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5076  hypothetical protein  39.25 
 
 		 837 aa  504  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.471863 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3009  hypothetical protein  36.71 
 
 		 839 aa  502  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.792033 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2559  hypothetical protein  39.17 
 
 		 907 aa  500  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0542  hypothetical protein  37.65 
 
 		 828 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109218  normal  0.328341 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3878  protein of unknown function DUF404  36.35 
 
 		 868 aa  467  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3032  hypothetical protein  33.62 
 
 		 834 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0589  hypothetical protein  36.69 
 
 		 831 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4925  hypothetical protein  36.52 
 
 		 831 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65060  hypothetical protein  37.4 
 
 		 832 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1015  protein of unknown function DUF404  36.84 
 
 		 851 aa  456  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5653  hypothetical protein  37.45 
 
 		 832 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0656  hypothetical protein  37.42 
 
 		 828 aa  452  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.470429  hitchhiker  0.000190393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1064  hypothetical protein  35.68 
 
 		 850 aa  448  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.801681  normal  0.150534 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1495  protein of unknown function DUF404  34.47 
 
 		 897 aa  444  1e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.843051  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3098  hypothetical protein  33.68 
 
 		 853 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.915936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04330  hypothetical protein  35.67 
 
 		 831 aa  431  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3406  protein of unknown function DUF404  35.62 
 
 		 911 aa  413  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3511  protein of unknown function DUF404  30.96 
 
 		 850 aa  413  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4407  protein of unknown function DUF404  34.18 
 
 		 878 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.603248 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1219  hypothetical protein  33.04 
 
 		 870 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.663605  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0726  hypothetical protein  33.17 
 
 		 887 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2604  hypothetical protein  34.95 
 
 		 935 aa  405  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3160  hypothetical protein  33.93 
 
 		 901 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.303283 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2552  hypothetical protein  33.92 
 
 		 890 aa  394  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.186394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1918  u1937b; B1937_F1_4  31.84 
 
 		 868 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0987  hypothetical protein  31.23 
 
 		 859 aa  388  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4490  hypothetical protein  33.38 
 
 		 870 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0771  hypothetical protein  31.39 
 
 		 898 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0158843  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1777  hypothetical protein  31.39 
 
 		 898 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.862624  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1061  hypothetical protein  31.39 
 
 		 898 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.55028  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2056  hypothetical protein  31.39 
 
 		 898 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.737589  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2036  hypothetical protein  31.39 
 
 		 898 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0879212  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0768  hypothetical protein  31.39 
 
 		 898 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.777971  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0044  hypothetical protein  31.47 
 
 		 882 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0680  hypothetical protein  31.39 
 
 		 898 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0394  hypothetical protein  32.29 
 
 		 842 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0068  hypothetical protein  33.08 
 
 		 895 aa  372  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4006  hypothetical protein  31.74 
 
 		 882 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.277098 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3523  hypothetical protein  31.73 
 
 		 868 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3861  protein of unknown function DUF404  33.94 
 
 		 835 aa  366  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0998608 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1932  hypothetical protein  31.78 
 
 		 868 aa  369  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.86386 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2497  hypothetical protein  33.72 
 
 		 871 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4111  hypothetical protein  31.35 
 
 		 868 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3411  hypothetical protein  31.73 
 
 		 868 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.032352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4254  hypothetical protein  31.84 
 
 		 868 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0925355  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4112  hypothetical protein  31.84 
 
 		 868 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40755  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0165  protein of unknown function DUF404  31.71 
 
 		 848 aa  352  1e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.089788  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3770  hypothetical protein  30.94 
 
 		 877 aa  338  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.112816 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3333  protein of unknown function DUF404  30.72 
 
 		 871 aa  333  1e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.55913  decreased coverage  0.00915918 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12587  hypothetical protein  29.83 
 
 		 884 aa  325  2e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.646817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2629  hypothetical protein  30.37 
 
 		 877 aa  325  3e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2360  hypothetical protein  29.12 
 
 		 885 aa  312  1e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2321  hypothetical protein  29.12 
 
 		 885 aa  312  1e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2368  hypothetical protein  29.12 
 
 		 885 aa  312  1e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2316  protein of unknown function DUF404  28.4 
 
 		 909 aa  310  5.9999999999999995e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1965  protein of unknown function DUF404  32.93 
 
 		 818 aa  286  1.0000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206535  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4767  protein of unknown function DUF404  30.41 
 
 		 476 aa  282  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00522972 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5581  protein of unknown function DUF404  31.99 
 
 		 481 aa  280  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.658  normal  0.989755 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2248  protein of unknown function DUF404  31.43 
 
 		 857 aa  279  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.996786 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3101  hypothetical protein  30.02 
 
 		 481 aa  276  8e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2114  hypothetical protein  31.72 
 
 		 486 aa  276  9e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.392163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1012  protein of unknown function DUF404  31.3 
 
 		 482 aa  276  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0541998  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1032  hypothetical protein  31.21 
 
 		 488 aa  275  3e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.475477 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0775  hypothetical protein  30.27 
 
 		 489 aa  273  8.000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3166  protein of unknown function DUF404  31.09 
 
 		 469 aa  273  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.839276  normal  0.725586 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3594  protein of unknown function DUF404  31.03 
 
 		 477 aa  272  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.760797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2901  protein of unknown function DUF404  30.88 
 
 		 469 aa  272  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00642999  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2050  protein of unknown function DUF404  32.7 
 
 		 497 aa  271  2.9999999999999997e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.591797  normal  0.273192 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0006  hypothetical protein  30.59 
 
 		 470 aa  270  8.999999999999999e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.377329 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4482  hypothetical protein  31.09 
 
 		 469 aa  270  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0399  hypothetical protein  31.61 
 
 		 484 aa  268  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2256  protein of unknown function DUF404  31.09 
 
 		 488 aa  268  4e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000764537 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3521  hypothetical protein  30.62 
 
 		 567 aa  266  1e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.26297 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3509  hypothetical protein  30.62 
 
 		 567 aa  266  1e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37690  hypothetical protein  30.49 
 
 		 469 aa  266  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3581  hypothetical protein  30.62 
 
 		 567 aa  266  1e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0696022 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4768  protein of unknown function DUF404  29.61 
 
 		 480 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3390  hypothetical protein  31.9 
 
 		 471 aa  265  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>