More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3584 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3281  hypothetical protein  56.53 
 
 		 834 aa  908    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5076  hypothetical protein  51.99 
 
 		 837 aa  752    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.471863 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4274  protein of unknown function DUF404  83.91 
 
 		 833 aa  1408    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306877  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3678  protein of unknown function DUF404  54.31 
 
 		 839 aa  882    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.227774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3725  protein of unknown function DUF404  50.12 
 
 		 846 aa  746    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.139455  normal  0.362947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3646  protein of unknown function DUF404  44.93 
 
 		 805 aa  657    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1713  hypothetical protein  92.8 
 
 		 833 aa  1543    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.788939  normal  0.45404 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3754  hypothetical protein  44.19 
 
 		 804 aa  649    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3609  protein of unknown function DUF404  49.15 
 
 		 846 aa  744    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.956305  normal  0.382472 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1705  hypothetical protein  80.79 
 
 		 855 aa  1374    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.12815 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3344  protein of unknown function DUF404  44.47 
 
 		 805 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2948  hypothetical protein  76.1 
 
 		 844 aa  1275    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139026 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4759  hypothetical protein  46.02 
 
 		 845 aa  666    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160273  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3584  hypothetical protein  100 
 
 		 833 aa  1653    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.260259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0516  hypothetical protein  52.32 
 
 		 855 aa  803    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2638  hypothetical protein  55.84 
 
 		 843 aa  867    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.12456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3416  hypothetical protein  49.76 
 
 		 867 aa  742    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.923692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2736  hypothetical protein  44.01 
 
 		 802 aa  652    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1622  hypothetical protein  49.47 
 
 		 845 aa  732    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.129702 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3018  hypothetical protein  43.95 
 
 		 794 aa  618  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.278023  normal  0.834834 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2613  hypothetical protein  43.58 
 
 		 794 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0953  hypothetical protein  43.58 
 
 		 794 aa  609  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0856  protein of unknown function DUF404  41.29 
 
 		 804 aa  556  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319945  normal  0.446218 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3009  hypothetical protein  39.93 
 
 		 839 aa  524  1e-147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.792033 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2559  hypothetical protein  39.56 
 
 		 907 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3878  protein of unknown function DUF404  41.86 
 
 		 868 aa  502  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1064  hypothetical protein  38.36 
 
 		 850 aa  492  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.801681  normal  0.150534 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0542  hypothetical protein  39.08 
 
 		 828 aa  485  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109218  normal  0.328341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3406  protein of unknown function DUF404  38.59 
 
 		 911 aa  482  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0656  hypothetical protein  38.58 
 
 		 828 aa  478  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.470429  hitchhiker  0.000190393 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3032  hypothetical protein  36.29 
 
 		 834 aa  476  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04330  hypothetical protein  39.71 
 
 		 831 aa  465  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1495  protein of unknown function DUF404  36.47 
 
 		 897 aa  462  9.999999999999999e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.843051  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65060  hypothetical protein  40.43 
 
 		 832 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0589  hypothetical protein  38.65 
 
 		 831 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5653  hypothetical protein  40.21 
 
 		 832 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4925  hypothetical protein  38.54 
 
 		 831 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4407  protein of unknown function DUF404  35.47 
 
 		 878 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.603248 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3160  hypothetical protein  36.31 
 
 		 901 aa  452  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.303283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1015  protein of unknown function DUF404  39.13 
 
 		 851 aa  451  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0726  hypothetical protein  34.79 
 
 		 887 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1219  hypothetical protein  33.45 
 
 		 870 aa  442  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.663605  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3098  hypothetical protein  36.38 
 
 		 853 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.915936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2497  hypothetical protein  36.91 
 
 		 871 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2604  hypothetical protein  35.89 
 
 		 935 aa  433  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4490  hypothetical protein  35.29 
 
 		 870 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0987  hypothetical protein  35.43 
 
 		 859 aa  431  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2552  hypothetical protein  39.32 
 
 		 890 aa  432  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.186394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1918  u1937b; B1937_F1_4  36.38 
 
 		 868 aa  423  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1777  hypothetical protein  35.03 
 
 		 898 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.862624  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4006  hypothetical protein  34.87 
 
 		 882 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.277098 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2056  hypothetical protein  35.03 
 
 		 898 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.737589  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1061  hypothetical protein  35.03 
 
 		 898 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.55028  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0768  hypothetical protein  35.03 
 
 		 898 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.777971  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2036  hypothetical protein  35.03 
 
 		 898 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0879212  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3411  hypothetical protein  35.7 
 
 		 868 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.032352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4254  hypothetical protein  35.7 
 
 		 868 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0925355  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0771  hypothetical protein  35.89 
 
 		 898 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0158843  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0680  hypothetical protein  35.03 
 
 		 898 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4112  hypothetical protein  35.7 
 
 		 868 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1932  hypothetical protein  35.07 
 
 		 868 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.86386 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3523  hypothetical protein  34.75 
 
 		 868 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3511  protein of unknown function DUF404  31.7 
 
 		 850 aa  414  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0068  hypothetical protein  35.14 
 
 		 895 aa  411  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4111  hypothetical protein  36.3 
 
 		 868 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0044  hypothetical protein  33.03 
 
 		 882 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0165  protein of unknown function DUF404  36.69 
 
 		 848 aa  377  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.089788  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0394  hypothetical protein  33.11 
 
 		 842 aa  362  1e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3861  protein of unknown function DUF404  35.52 
 
 		 835 aa  341  2.9999999999999998e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0998608 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2248  protein of unknown function DUF404  34.9 
 
 		 857 aa  330  5.0000000000000004e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.996786 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3333  protein of unknown function DUF404  32.65 
 
 		 871 aa  328  3e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.55913  decreased coverage  0.00915918 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2629  hypothetical protein  32.57 
 
 		 877 aa  324  5e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12587  hypothetical protein  32.87 
 
 		 884 aa  321  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.646817 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3770  hypothetical protein  32.83 
 
 		 877 aa  318  2e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.112816 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2360  hypothetical protein  31.43 
 
 		 885 aa  313  6.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2321  hypothetical protein  31.79 
 
 		 885 aa  313  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2368  hypothetical protein  31.79 
 
 		 885 aa  313  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179855  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1965  protein of unknown function DUF404  34.37 
 
 		 818 aa  295  3e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206535  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3437  hypothetical protein  32.77 
 
 		 464 aa  283  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2050  protein of unknown function DUF404  35.79 
 
 		 497 aa  283  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.591797  normal  0.273192 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0733  protein of unknown function DUF404  33.54 
 
 		 482 aa  281  2e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2114  hypothetical protein  34.74 
 
 		 486 aa  282  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.392163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0775  hypothetical protein  35.85 
 
 		 489 aa  282  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2901  protein of unknown function DUF404  32.84 
 
 		 469 aa  281  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00642999  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4768  protein of unknown function DUF404  32.35 
 
 		 480 aa  280  6e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5372  protein of unknown function DUF403  48.1 
 
 		 360 aa  279  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2198  hypothetical protein  34.84 
 
 		 507 aa  278  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.738171  normal  0.508584 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1063  protein of unknown function DUF404  33.26 
 
 		 482 aa  277  6e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.911809  normal  0.0320136 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1815  hypothetical protein  35.38 
 
 		 479 aa  277  7e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.02256  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3276  hypothetical protein  34.66 
 
 		 476 aa  277  8e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0241906  normal  0.380313 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2256  protein of unknown function DUF404  35.22 
 
 		 488 aa  276  9e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000764537 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3035  hypothetical protein  34.17 
 
 		 486 aa  276  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.896977  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2316  protein of unknown function DUF404  31 
 
 		 909 aa  276  1.0000000000000001e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3166  protein of unknown function DUF404  32.2 
 
 		 469 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.839276  normal  0.725586 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1742  hypothetical protein  32.91 
 
 		 482 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.208956  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3761  hypothetical protein  34.66 
 
 		 476 aa  275  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.534696  normal  0.0284704 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3101  hypothetical protein  33.61 
 
 		 481 aa  274  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5581  protein of unknown function DUF404  32.76 
 
 		 481 aa  273  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.658  normal  0.989755 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1913  protein of unknown function DUF404  33.4 
 
 		 480 aa  273  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2775  hypothetical protein  34.38 
 
 		 477 aa  272  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>