More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3678 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2948  hypothetical protein  56.81 
 
 		 844 aa  931    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139026 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3344  protein of unknown function DUF404  43.88 
 
 		 805 aa  667    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3646  protein of unknown function DUF404  43.46 
 
 		 805 aa  661    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2736  hypothetical protein  44.69 
 
 		 802 aa  677    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3725  protein of unknown function DUF404  48.76 
 
 		 846 aa  768    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.139455  normal  0.362947 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2638  hypothetical protein  57.72 
 
 		 843 aa  925    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.12456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1713  hypothetical protein  54.91 
 
 		 833 aa  894    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.788939  normal  0.45404 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4759  hypothetical protein  46.33 
 
 		 845 aa  675    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160273  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1705  hypothetical protein  55.41 
 
 		 855 aa  910    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.12815 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3281  hypothetical protein  69.54 
 
 		 834 aa  1190    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3678  protein of unknown function DUF404  100 
 
 		 839 aa  1685    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.227774 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3584  hypothetical protein  54.31 
 
 		 833 aa  884    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.260259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3609  protein of unknown function DUF404  49.23 
 
 		 846 aa  781    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.956305  normal  0.382472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5076  hypothetical protein  51.93 
 
 		 837 aa  762    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.471863 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3754  hypothetical protein  44.18 
 
 		 804 aa  677    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1622  hypothetical protein  49.28 
 
 		 845 aa  741    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.129702 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3416  hypothetical protein  48.88 
 
 		 867 aa  770    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.923692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0516  hypothetical protein  53.54 
 
 		 855 aa  815    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4274  protein of unknown function DUF404  56.39 
 
 		 833 aa  910    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306877  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0953  hypothetical protein  41.72 
 
 		 794 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2613  hypothetical protein  41.84 
 
 		 794 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0856  protein of unknown function DUF404  40.37 
 
 		 804 aa  598  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319945  normal  0.446218 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3018  hypothetical protein  41.64 
 
 		 794 aa  594  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.278023  normal  0.834834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2559  hypothetical protein  41.67 
 
 		 907 aa  550  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3009  hypothetical protein  41.54 
 
 		 839 aa  540  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.792033 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3878  protein of unknown function DUF404  41.54 
 
 		 868 aa  515  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0542  hypothetical protein  41.47 
 
 		 828 aa  511  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109218  normal  0.328341 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1064  hypothetical protein  36.93 
 
 		 850 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.801681  normal  0.150534 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3032  hypothetical protein  39.23 
 
 		 834 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3098  hypothetical protein  37.42 
 
 		 853 aa  489  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.915936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0589  hypothetical protein  40.79 
 
 		 831 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4925  hypothetical protein  39.95 
 
 		 831 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0656  hypothetical protein  39.28 
 
 		 828 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.470429  hitchhiker  0.000190393 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1015  protein of unknown function DUF404  40.67 
 
 		 851 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1495  protein of unknown function DUF404  36.48 
 
 		 897 aa  481  1e-134  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.843051  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65060  hypothetical protein  40.56 
 
 		 832 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5653  hypothetical protein  41.54 
 
 		 832 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04330  hypothetical protein  40.48 
 
 		 831 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3406  protein of unknown function DUF404  37.36 
 
 		 911 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0987  hypothetical protein  35.44 
 
 		 859 aa  449  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2604  hypothetical protein  38.18 
 
 		 935 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3160  hypothetical protein  36.52 
 
 		 901 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.303283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4407  protein of unknown function DUF404  37.74 
 
 		 878 aa  445  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.603248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1918  u1937b; B1937_F1_4  38.45 
 
 		 868 aa  432  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3511  protein of unknown function DUF404  33.92 
 
 		 850 aa  432  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0726  hypothetical protein  35.29 
 
 		 887 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2552  hypothetical protein  36.19 
 
 		 890 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.186394  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1777  hypothetical protein  38.04 
 
 		 898 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.862624  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2056  hypothetical protein  38.04 
 
 		 898 aa  425  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.737589  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1932  hypothetical protein  37.57 
 
 		 868 aa  425  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.86386 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1061  hypothetical protein  38.04 
 
 		 898 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.55028  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2036  hypothetical protein  38.04 
 
 		 898 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0879212  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0771  hypothetical protein  38.04 
 
 		 898 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0158843  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4254  hypothetical protein  37.78 
 
 		 868 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0925355  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0680  hypothetical protein  38.04 
 
 		 898 aa  425  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3411  hypothetical protein  37.78 
 
 		 868 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.032352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4112  hypothetical protein  37.78 
 
 		 868 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0768  hypothetical protein  38.04 
 
 		 898 aa  425  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.777971  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4490  hypothetical protein  36.6 
 
 		 870 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4006  hypothetical protein  37.57 
 
 		 882 aa  422  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.277098 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3523  hypothetical protein  37.57 
 
 		 868 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1219  hypothetical protein  34.76 
 
 		 870 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.663605  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4111  hypothetical protein  36.98 
 
 		 868 aa  412  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2497  hypothetical protein  37.09 
 
 		 871 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0068  hypothetical protein  35.49 
 
 		 895 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0044  hypothetical protein  35.31 
 
 		 882 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0165  protein of unknown function DUF404  33.33 
 
 		 848 aa  396  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.089788  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0394  hypothetical protein  34.52 
 
 		 842 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3861  protein of unknown function DUF404  35.19 
 
 		 835 aa  358  1.9999999999999998e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0998608 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3333  protein of unknown function DUF404  32.5 
 
 		 871 aa  354  2.9999999999999997e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.55913  decreased coverage  0.00915918 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2360  hypothetical protein  32.51 
 
 		 885 aa  348  2e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2321  hypothetical protein  32.51 
 
 		 885 aa  348  3e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2368  hypothetical protein  32.51 
 
 		 885 aa  348  3e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3770  hypothetical protein  31.91 
 
 		 877 aa  345  2e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.112816 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12587  hypothetical protein  32.43 
 
 		 884 aa  345  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.646817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2629  hypothetical protein  32.2 
 
 		 877 aa  341  4e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2248  protein of unknown function DUF404  31.41 
 
 		 857 aa  306  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.996786 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2316  protein of unknown function DUF404  30.62 
 
 		 909 aa  304  6.000000000000001e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3276  hypothetical protein  37.18 
 
 		 476 aa  296  9e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0241906  normal  0.380313 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1965  protein of unknown function DUF404  34.74 
 
 		 818 aa  295  2e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206535  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5372  protein of unknown function DUF403  49.32 
 
 		 360 aa  292  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3761  hypothetical protein  36.76 
 
 		 476 aa  291  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.534696  normal  0.0284704 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2050  protein of unknown function DUF404  34.88 
 
 		 497 aa  288  4e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.591797  normal  0.273192 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3415  hypothetical protein  36.44 
 
 		 480 aa  285  3.0000000000000004e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0733  protein of unknown function DUF404  33.27 
 
 		 482 aa  284  4.0000000000000003e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0775  hypothetical protein  36.44 
 
 		 489 aa  284  4.0000000000000003e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1742  hypothetical protein  33.75 
 
 		 482 aa  283  1e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.208956  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2098  hypothetical protein  35.93 
 
 		 526 aa  281  3e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1493  protein of unknown function DUF404  33.89 
 
 		 501 aa  281  3e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  decreased coverage  0.0051317  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1063  protein of unknown function DUF404  35 
 
 		 482 aa  281  5e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.911809  normal  0.0320136 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2256  protein of unknown function DUF404  35.64 
 
 		 488 aa  279  1e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000764537 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3437  hypothetical protein  33.26 
 
 		 464 aa  278  4e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3320  hypothetical protein  34.45 
 
 		 488 aa  276  1.0000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.748624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3166  protein of unknown function DUF404  31.78 
 
 		 469 aa  275  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.839276  normal  0.725586 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2901  protein of unknown function DUF404  31.57 
 
 		 469 aa  273  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00642999  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3035  hypothetical protein  33.89 
 
 		 486 aa  273  9e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.896977  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4768  protein of unknown function DUF404  32.51 
 
 		 480 aa  272  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1676  protein of unknown function DUF404  34.57 
 
 		 482 aa  272  2e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1401  hypothetical protein  33.33 
 
 		 482 aa  272  2e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.254392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2114  hypothetical protein  32.42 
 
 		 486 aa  272  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.392163  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>